No.5923 イノベーションボックス税制（特許権等の譲渡等による所得の課税の特例）
[令和7年4月1日現在法令等]
対象税目
法人税
概要
この制度は、青色申告書を提出する法人が、令和7年4月1日から令和14年3月31日までの間に開始する各事業年度（以下「対象事業年度」といいます。）において、特許権等譲渡取引（※）を行った場合に、特許権譲渡等取引に係る所得の金額を基礎として計算した金額の合計額の30％相当額を損金の額に算入するものです。
※ 居住者（注1）もしくは内国法人（関連者（注2）であるものを除きます。）に対する特定特許権等（注3）の譲渡または他の者（関連者であるものを除きます。以下同じです。）に対する特定特許権等の貸付け（特定特許権等に係る権利の設定その他他の者に特定特許権等を使用させる行為を含みます。）をいいます。
（注1）居住者とは、国内に住所を有し、または現在まで引き続いて1年以上居所を有する個人をいいます。
（注2）関連者とは、法人で、この制度を適用する法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式または出資（その他方の法人が有する自己の株式または出資を除きます。）の総数または総額の50パーセント以上の数または金額の株式または出資を直接または間接に保有する関係その他の一定の特殊の関係のあるものをいいます。
（注3）特定特許権等とは、特許権または人工知能関連技術を活用した著作権法上のプログラムの著作物のうち、我が国の国際競争力の強化に資する一定のもので、この制度を適用する法人が令和6年4月1日以後に取得または製作をしたものをいいます。
損金算入限度額
損金算入限度額は、次の1と2の金額のうち、いずれか少ない金額の30％相当額です。
1 その対象事業年度の所得の金額として一定の方法により計算した金額
2 その対象事業年度において行った特許権譲渡等取引ごとに、次の算式により計算した金額の合計額（注1）
その特許権譲渡等取引に係る所得の金額×(1)の金額／(2)の金額（※）
※ (2)の金額が0である場合には、(2)の金額のうちに占める(1)の金額の割合は0となります。
(1) 分母である(2)の金額に含まれる適格研究開発費（注2）の額の合計額
(2) その対象事業年度およびその対象事業年度開始前の各事業年度（令和7年4月1日以後に開始する事業年度に限ります。）において生じた研究開発費の額のうち、その特許権譲渡等取引に係る特定特許権等に直接関連する研究開発に係る金額とされる一定の金額の合計額
（注1）令和9年4月1日前に開始する事業年度において、その対象事業年度において行った特許権等取引に係る特定特許権等のうちに令和7年4月1日以後最初に開始する事業年度開始の日前に開始した研究開発に直接関連するものがある場合には、上記2の金額は、次のイの金額に次のロの金額のうちに次のハの金額の占める割合（※）を乗じた金額とされます。
※ ロの金額が0である場合には、割合は0となります。
イ その対象事業年度において行った特許権譲渡等取引に係る所得の金額の合計額
ロ その対象事業年度およびその対象事業年度開始の日前2年以内に開始した各事業年度において生じた研究開発費の額の合計額
ハ 上記ロの金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額
（注2）適格研究開発費とは、研究開発費の額のうち、特許権等譲受等取引（※）により生じた研究開発費の額、国外関連者に対する委託試験研究費の額および国外事業所等を通じて行う事業に係る研究開発費の額以外のものをいいます。
※ 他の者からの適格特許権等の譲受け又は借受け（適格特許権等に該当する特許権に係る専用実施権の他の者による設定、特許を受ける権利に基づいて取得すべき適格特許権等に該当する特許権に係る仮専用実施権の他の者による設定その他他の者が適格特許権等を独占的に使用させる行為を含みます。）をいいます。
なお、関連者との間で特許権譲受等取引を行った場合に、その関連者に支払う対価の額が独立企業間価格に満たないときは、本制度の適用において独立企業間価格で行われたものとされ、所要の書類を確定申告書の提出期限までに作成または取得し、保存しなければならないこととされています（一の関連者との間で行った特許権譲受等取引につき支払う対価の額が3億円未満である場合等については除かれます。）。
手続き
この制度の所得の特別控除の適用を受けるためには、控除を受ける金額を確定申告書等に記載するとともに、その金額に関する明細書等を添付して申告する必要があります。
根拠法令等
措法59の3、措令35の3、措規21の17の2
お問い合わせ先
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