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- 第9章 平成28年６月28日付査調７−２ほか３課共同｢連結法人の国外事業所等帰属所得に係る連結所得に関する調査等に係る事務運営要領の制定について｣（事務運営指針）（以下「連結指針」という。）の廃止に伴う経過的取扱い
（連結法人の国外事業所等帰属所得に係る連結所得に関する事務運営）
9-1 令和４年４月１日以後の連結法人の国外事業所等帰属所得に係る連結所得に関する事務運営についてはこの章の取扱いによることとし、この場合の用語の意義及び事務運営の基本方針、国別報告事項、事業概況報告書及びローカルファイル、調査並びに独立企業間価格の算定等における留意点の取扱いについては第１章、第２章、第４章及び第５章の取扱いを準用する。
（事前確認に係る取扱いの準用）
9-2 連結事業年度に係る事前確認の事務運営については、第７章の取扱いを準用する。
この場合における７−14の取扱いについては、事前確認を受けようとする内部取引に係る連結法人が連結事業年度において連結子法人である場合には、事前確認の申出を行った連結親法人の納税地を所轄する局担当課は、次に掲げる連結子法人の区分に応じ、速やかにそれぞれ次に定める部署に所要の連絡を行うことに留意する。
- イ 調査課所管法人に該当する連結子法人 当該連結子法人の本店等所在地を所轄する局調査課
- ロ 調査課所管法人に該当しない連結子法人 当該連結子法人の本店等所在地を所轄する局法人課税課を経由して当該連結子法人の本店等所在地を所轄する署法人課税部門
（連結法人が行った事前確認の申出のうち、事前確認を行う旨の通知を受けていないものの取扱い）
9-3
- (1) 事前確認（連結事業年度及び令和４年４月１日以後に開始する事業年度について確認を受けようとする事前確認に限る。）を受けようとする内部取引に係る法人（以下９−３において「継続確認対象法人」という。）が、当該事業年度において行う当該内部取引（以下９−３において「継続確認対象内部取引」という。）について引き続き事前確認の申出を行ったものとして取り扱われることを求める場合には、当該継続確認対象法人の所轄税務署長等は、当該継続確認対象法人に対し、「連結納税制度の廃止に伴う内部取引に係る事前確認継続届出書」（以下「継続届出書」という。）を別紙様式６により作成し、速やかに当該所轄税務署長等に提出するよう求める。
なお、継続届出書の提出部数は、調査課所管法人に該当する継続確認対象法人にあっては１部（継続確認対象法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には２部）、調査課所管法人に該当しない継続確認対象法人にあっては３部（継続確認対象法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には４部）とする。
- (2) 継続確認対象法人からその所轄税務署長等に対し、継続届出書の提出があった場合には、７−４及び７−５の取扱いに準じて処理を行う。この場合において、当該継続確認対象法人が連結事業年度において連結子法人であったときは、当該所轄税務署長等は、当該継続届出書の写しを当該継続確認対象法人の連結親法人であった法人の所轄税務署長等に送付する。
- (3) 継続確認対象法人から継続届出書の提出があった場合の当該継続確認対象法人に係る事前確認については、当該継続確認対象法人から当該継続確認対象法人の所轄税務署長等に対し、７−１に定める事前確認の申出が行われたものとして取り扱う。
- (4) 継続確認対象法人が、継続確認対象内部取引について、事前確認の申出を行ったものとして取り扱われることを求めない場合又は継続届出書の提出がない場合には、(1)の事前確認の申出を行った連結親法人であった法人の所轄税務署長等は、当該法人に対して継続確認対象内部取引については事前確認を受けない旨の事前確認の申出の修正を求める。
（連結法人が行った事前確認の申出のうち、既に事前確認を行う旨の通知を受けているものの取扱い）
9-4
- (1) 事前確認（連結事業年度及び令和４年４月１日以後に開始する事業年度について確認を受けようとする事前確認に限る。）を受けた内部取引に係る法人（以下９−４において「継続確認法人」という。）が、当該事業年度において行われる当該内部取引（以下９−４において「継続確認内部取引」という。）について、引き続き事前確認を受けたものとして取り扱われることを求める場合には、当該継続確認法人の所轄税務署長等は、当該継続確認法人に対し、継続届出書を別紙様式６により作成し、速やかに当該所轄税務署長等に提出するよう求める。
なお、継続届出書の提出部数は、調査課所管法人に該当する継続確認法人にあっては１部（継続確認法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には２部）、調査課所管法人に該当しない継続確認法人にあっては３部（継続確認法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には４部）とする。
- (2) 継続確認法人からその所轄税務署長等に対し、継続届出書の提出があった場合には、７−４及び７−５の取扱いに準じて処理を行う。この場合において、継続確認法人が連結事業年度において連結子法人であったときは、当該所轄税務署長等は、当該継続届出書の写しを当該連結子法人の連結親法人であった法人の所轄税務署長等に送付する。
- (3) 継続確認法人から継続届出書の提出があった場合の継続確認内部取引については、当該継続確認法人の所轄税務署長等から当該継続確認法人に対し、７―14に定める事前確認を行う旨の通知が行われたものとして取り扱う。
- (4) 継続確認法人が、継続確認内部取引について事前確認を受けたものとして取り扱われることを求めない場合又は継続届出書の提出がない場合には、(1)の事前確認を受けた連結親法人であった法人の所轄税務署長等は、当該法人に対して継続確認内部取引については事前確認を受けない旨の９−３により準用して取り扱われる７−19に定める事前確認の改定の申出を求める。
（令和４年４月１日以後に開始する事業年度のみを確認対象事業年度とする事前確認の申出）
9-5 法人が、令和４年４月１日以後に開始する事業年度において行う内部取引についてのみ事前確認を受けようとする場合には、当該法人が連結事業年度において連結子法人に該当するときであっても、第７章の取扱いによることとする。この場合においては、連結指針を廃止するまでの間であっても、当該法人が事前確認の申出を行うことに留意する
（経過的取扱い・・・グループ通算制度の導入に係る改正通達の適用時期）
令和２年改正法第３条の規定による改正に伴うこの事務運営指針の取扱いの改正（９−５を除く。）は、令和４年４月１日から適用し、９−５の取扱いは、令和４年４月１日以後に開始する事業年度に係る事前確認の申出について適用する。
(別添）