令和元年度税制改正では、電子帳簿等保存制度について、以下のとおり、承認申請書の提出期限の特例の創設や、スキャナ保存の対象書類の範囲拡大といった制度改正がなされるとともに、運用上の見直しも講じることとされています。

法令の改正

  1. 新たに業務を開始した個人の電子帳簿保存等の承認申請書の提出期限の特例の創設
     現行、電子帳簿保存及びスキャナ保存の承認を受けようとする保存義務者は、原則として帳簿の備付開始日等の3月前までに承認申請書を提出しなければならないこととされています。
     なお、新たに設立した法人については、承認申請書の提出期限の特例(設立の日以後3月以内)が設けられていましたが、個人事業主には同様の特例はありませんでした。
     今般の改正により、新たに業務を開始した個人事業主についても、その業務を開始した日から2月を経過する日まで、承認申請書の提出を行うことができることとされます。(令和元年(2019年)9月30日以後に行う承認申請から適用されます。)
  2. 承認を受ける前に作成又は受領をした重要書類のスキャナ保存の可能化
     これまで、承認を受ける前に作成又は受領等をした重要書類(以下「過去分重要書類」といいます。)については、スキャナ保存を行うことができませんでした。
     今般の改正により、スキャナ保存の承認を受けている保存義務者は、過去分重要書類について、適用届出書を提出した場合には、一定の要件を満たすことで、スキャナ保存をすることが可能となります。(令和元年(2019年)9月30日以後に提出する適用届出書に係る過去分重要書類から適用されます。)
    (注)「重要書類」とは、国税関係書類のうち国税庁長官が定める資金や物の流れに直結・連動する書類であり、例えば、領収書や請求書などがこれに該当します。

運用上の見直し

  1. 承認申請手続の見直し
     電子帳簿保存及びスキャナ保存制度に関して、申請者の予見可能性を向上させ、またその手続負担を軽減させる観点から、市販のソフトウェアを対象に、公益社団法人日本文書情報マネジメント協会(JIIMA)による要件適合性の確認(「認証」)を受けたものを利用する場合については、承認申請書の記載事項や添付書類を一部省略することを可能とします。(令和元年(2019年)9月30日以後に行う承認申請から適用予定。)
     なお、JIIMAによる確認を受けたソフトウェアについては、国税庁ホームページに掲載する予定です。
  2. 事前相談体制の整備
     電子帳簿保存及びスキャナ保存制度に関して、申請者の予見可能性を向上させる観点から、受託開発されるシステムや自社開発のシステム等を対象に、要件適合性に関する事前相談の体制を整備します。(令和元年(2019年)7月頃を予定。)
  3. 通達等の改訂
    1. (1) 入力等に係る期間制限に関する解釈の見直し
       スキャナ保存制度においては、国税関係書類(適時に入力することができる一般書類を除きます。)に係る記載事項の入力等を一定期間内に行うこととしていますが、その解釈を次のとおり見直します。具体的には、
      1. 1受領後速やかに入力する場合について、受領後1週間以内に入力することとしていますが、おおむね7営業日以内に入力していれば要件を充足するものとして取り扱うものとし、
      2. 2業務の処理に係る通常期間を経過した後に速やかに入力する場合について、最長1か月プラス1週間以内に入力することとしていますが、最長2か月プラスおおむね7営業日以内に入力していれば要件を充足するものとして取り扱うものとし、
      3. 3受領者が自ら読み取る場合、受領後3日以内にタイムスタンプを付すこととしていますが、おおむね3営業日以内であれば要件を充足するものとします。
    2. (2) 定期的な検査に関する解釈の見直し
       スキャナ保存制度においては、受領から入力までの事務処理の内容を定期的に検査することとしており、その頻度については、全ての事業所等を対象として1年に1回以上行うこととしていましたが、事業規模に応じた柔軟な対応を可能とするため、おおむね5年のうちに全ての事業所等の検査を行う場合についても要件を充足しているものと取り扱うこととします。
    3. (3) 検索機能の確保に関する解釈の見直し
       スキャナ保存制度においては、入力データを請求書や領収書など書類の種類別に検索できることとしていますが、その解釈を見直します。具体的には、勘定科目別に検索が可能な場合も要件を充足しているものと取り扱うこととします。

 この他に、スキャンミスが判明した場合の取扱いについて一定の明確化を図るなど、所要の見直しを行います。

 以上の通達等の改訂は、令和元年(2019年)7月頃を予定しています。