P社は、いわゆる設立事業年度等の承認申請特例を適用し、設立事業年度から通算制度の規定の適用を受けるために、通算制度の承認申請書をその提出期限内に提出しました。
ここで、P社は、この通算制度の申請が却下された場合でも設立事業年度から青色申告を行うことができるよう、「青色申告の承認申請書」についてもその提出期限内に提出しました。
内国法人が青色申告を行うためには、その内国法人は「青色申告の承認申請書」をその提出期限内に提出し、青色申告の承認を受ける必要があります(法122)。また、青色申告の承認を受けていない内国法人が通算制度の承認を受けた場合には、その通算制度の承認の効力が生じた日において青色申告の承認があったものとみなされます(法125)。
ここで、設立事業年度から通算制度の適用を受けようとする場合、通算制度の承認申請書を提出した日から二月を経過する日までに通算制度の承認の申請が承認又は却下されなかった場合には、その二月を経過する日において、その通算制度の承認があったものとみなされ(法64の9)、設立事業年度開始の日以後の期間についてその通算制度の承認の効力が生ずることとなり、その開始の日において、青色申告の承認があったものとみなされます(法64の9二、125)。
また、青色申告の承認申請について、その事業年度終了の日までに承認又は却下されなかったときは、その日において青色申告の承認があったものとみなされます(法125)。
したがって、(2)のお尋ねのように通算制度の承認の申請が却下された場合でも、青色申告の承認とは関係がありませんので、その青色申告の承認申請について設立事業年度終了の日までに承認又は却下されなかったときは、その日において青色申告の承認があったものとみなされます。
(参考)
通算制度へ移行しなかった法人及び通算制度から離脱した法人に係る青色申告の承認申請については、次のQ&Aを参照してください。