強制執行が開始されている船舶で登記されるもの（第19条関係1参照）に対する滞納処分については、この条関係2に定めるところによるほか、強制競売の開始決定があった不動産に対する滞納処分に関する第29条関係から第33条関係までに定めるところに準ずる（この条において準用する法29条から33条まで、令24条1項において準用する令18条から22条まで、規則38条1項において準用する規則33条、36条）。
(1) 執行裁判所に対する船舶国籍証書等の引渡し徴収職員は、強制競売の開始決定後に滞納処分による差押えをした船舶で登記されるものについて、徴収法第70条第3項に規定する「監守及び保存のため必要な処分」として船舶国籍証書等を取上げたときは、執行裁判所に対し、船舶国籍証書等を引渡さなければならない（令24条2項）。この場合には、事件番号、事件名及び令第24条第2項に定めるところにより引渡す旨を記載した書面に受領書を添付して交付するものとする。
（注）
1 船舶国籍証書等を執行裁判所に引渡した場合には、その旨を滞納者に通知するものとする。
2 執行官が強制競売の開始決定の発せられた日から2週間以内に船舶国籍証書等を取上げることができないときは、執行裁判所は、強制競売の手続を取消すことになっている（執行法120条）。
(2) 徴収職員に対する船舶国籍証書等の返還
執行裁判所は、上記（1）により徴収職員から船舶国籍証書等の引渡しを受けた場合において、強制競売の申立てが取下げられ、若しくは強制競売の手続を取消す決定が効力を生じたとき又は滞納処分続行承認の決定をしたときは、徴収職員に対し船舶国籍証書等を引渡すことになっている（規則38条2項）。
（注）
1 執行裁判所から船舶国籍証書等の引渡しを受けたときは、その旨を滞納者に通知するものとする。
2 執行官が執行裁判所の取上命令により船舶国籍証書等を取上げて執行裁判所に提出した場合において、強制競売の申立てが取下げられ又は強制競売の手続を取消す決定が効力を生じたときは、船舶国籍証書等は、債務者（滞納者）に返還されることに留意する。
(3) 管海官庁に対する通知
徴収職員は、船舶国籍証書等を執行裁判所に引渡したとき又は執行裁判所から引渡しを受けたときは、その旨を船舶の船籍港を管轄する管海官庁（地方運輸局又は地方運輸局海運支局）の長に通知するものとする。
滞納処分は、仮差押えの執行によりその執行を妨げられない（徴収法140条）から、仮差押えの執行がされている船舶で登記されるものに対しても滞納処分による差押え及び換価等の手続を進めることができる。この場合には、仮差押えの執行の方法に応じ、次により取扱う。（平15徴徴4-3により改正）
(1) 仮差押えの登記をする方法による仮差押えの執行がされている場合仮差押えの登記をする方法による仮差押えの執行（船舶国籍証書等の取上げを命ずる方法を併用する場合を含む。）がされた船舶で登記されるものに対して滞納処分による差押えをした場合には、仮差押えの執行がされた不動産に対する滞納処分に関する第34条関係（1を除く。）に定めるところに準じて取扱う（この条において準用する法34条、令24条の2において準用する令10条及び18条）。
（注） 船舶国籍証書等の取上げを命ずる方法を併用した場合における船舶国籍証書等の取扱いは、（2）の口に準ずる。
(2) 船舶国籍証書等の取上げを命ずる方法による仮差押えの執行がされている場合船舶国籍証書等の取上げを命ずる方法による仮差押えの執行がされた船舶で登記されるものに対して滞納処分による差押えをした場合には、次に定めるところによるほか、第34条関係3から5までに定めるところに準じて取扱う。
イ 徴収職員は、船舶で登記されるものに対して滞納処分による差押えをした場合において、当該船舶に対して既に船舶国籍証書等の取上げを命ずる方法による仮差押えの執行がされていることを知つたときは、保全執行裁判所に対し当該船舶を差し押さえた旨の通知をしなければならない（徴収法55条3号）。
ロ 保全執行裁判所が執行官から提出された船舶国籍証書等を保管している場合の取扱いは、第19条関係5に定めるところに準ずる。
ハ 徴収職員は、船舶を換価したときは、換価手続が終了した旨を速やかに保全執行裁判所に通知するものとする。
ニ 滞納処分による売却代金について、滞納者に交付すべき残余が生じた場合には、滞納者に交付するものとする。