【新設】（名義株がある場合の適格合併等の判定）
1−4−3 法第2条第12号の8イ又はロ《適格合併》の規定の適用上、被合併法人と合併法人との間に一方の法人が他方の法人の株式を保有する関係があるかどうかは、株主名簿又は社員名簿に記載されている株主等により判定するのであるが、その株主等が単なる名義人であって、当該株主等以外の者が実際の権利者である場合には、その実際の権利者が保有するものとして判定する。
同条第12号の11イ若しくはロ《適格分割》又は第12号の14イ若しくはロ《適格現物出資》における判定についても、同様とする。
【解説】
商法上、会社が記名株式を発行した場合には、株主名簿に株主の氏名及び住所その他所要事項を記載することを要し（商法223
）、また、会社の株主に対する通知又は催告は株主名簿に記載された株主の住所又は株主が会社に通知した住所に宛てることをもって足りることとされている（同法224）。
このため、適格合併、適格分割又は適格現物出資に当たるかどうかの判定上、被合併法人等と合併法人等との間に一方の法人が他方の法人の株式を保有する関係があるかどうか等の判定は、原則として法人の株主名簿又は社員名簿に記載された株主等により行うこと
となる。
しかしながら、現実の問題としては株主名簿又は社員名簿に記載されている株主等が単なる名義人であって、真実の株主等は他にいるという場合（すなわち名義株である場合）もある。このような場合には、適格合併等の判定上、税法における実質主義などの観点から、当然、その名義人ではなく、真実の株主等により株式の保有関係を判定することとなる。本通達はこのことを明らかにしている。