14 特定資産に係る譲渡等損失額
【新設】（名義株がある場合の特定資本関係の判定）
12の2−2−1 被合併法人等（被合併法人、分割法人又は現物出資法人をいう。）と合併法人等（合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人をいう。以下この章において同じ。）との間に法第62条の7第1項（同条第3項において読み替えて準用される場合を含む。以下この章において同じ。）《特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入》に規定する特定資本関係（以下この章において「特定資本関係」という。）があるかどうかを判定する場合において、一方の法人が他方の法人の株式（出資を含む。）を保有する関係かどうかは、株主名簿又は社員名簿に記載されている株主等により判定するのであるが、その株主等が単なる名義人であって、当該株主等以外の者が実際の権利者である場合にはその実際の権利者が保有するものとして判定する。
【解説】
（1） 共同事業を営むための適格合併等に該当しない適格合併等が行われた場合において、当該適格合併等に係る被合併法人等と合併法人等（新設合併等の場合は、他の被合併法人等）との間に特定資本関係（発行済株式等の総数の50%超の株式等を直接又は間接に保有する等の関係）があり、かつ、当該特定資本関係が特定合併等事業年度開始の日から5年以内に生じているときは、当該合併法人等の適用期間において生ずる特定資産譲渡等損失額は、損金の額に算入されないこととされている（法62の7
）。
（2） この場合、特定資本関係の有無等の判定、すなわち発行株式等の保有者が誰であるか等の判定は、原則として、株主名簿又は社員名簿に記載されている株主等を基礎として行うことになる。
しかし、株主名簿等に記載された株主等が単なる名義人であって、他に真実の株主がいる場合（すなわち名義株である場合）には、税法における実質主義などの観点から、その真実の株主等を基礎にして特定資本関係の有無等の判定が行われる。本通達ではこのことを明らかにしている。
なお、本通達は、基本通達1−3−1の2《名義株についての株主等の判定》、1−4−3《名義株がある場合の適格合併等の判定》又は12−1−2《名義株がある場合の特定資本関係の判定》と同趣旨である。