12 繰越欠損金
【新設】（名義株がある場合の特定資本関係の判定）
12−1−2 被合併法人等（被合併法人又は分割法人をいう。）と合併法人等（合併法人又は分割承継法人をいう。）との間に法第57条第3項《被合併法人等からの青色欠損金の引継ぎに係る制限》又は同条第6項《青色欠損金の繰越しに係る制限》に規定する特定資本関係があるかどうかを判定する場合において、一方の法人が他方の法人の株式（出資を含む。）を保有する関係かどうかは、株主名簿又は社員名簿に記載されている株主等により判定するのであるが、その株主等が単なる名義人であって、当該株主等以外の者が実際の権利者である場合にはその実際の権利者が保有するものとして判定する。
【解説】
（1） 適格合併等に係る被合併法人等と合併法人等（新設合併等の場合には、他の被合併法人等）との間に特定資本関係（発行済株式等の総数の50%超の株式等を直接又は間接に保有する等の関係）があり、かつ、当該特定資本関係が合併等事業年度開始の日から5年以内に生じている場合において、当該適格合併等が共同事業を営むための適格合併等に該当しないときは、当該被合併法人等の青色欠損金額の合併法人等への引継ぎについて一定の制限が行われることになっている（法57
）。また、合併法人等における青色欠損金額の繰越控除についても一定の制限が行われることになっている（法57
）。
（2） この場合、特定資本関係の有無等の判定、すなわち発行済株式等の保有者が誰であるか等の判定は、原則として、株主名簿又は社員名簿に記載されている株主等を基礎として行うことになる。
しかし、株主名簿等に記載された株主等が単なる名義人であって、他に真実の株主等がいる場合（すなわち名義株である場合）には、税法における実質主義などの観点から、その名義人ではなく、真実の株主等を基礎にして特定資本関係の有無等の判定が行われる。本通達ではこのことを明らかにしている。
なお、本通達は、基本通達1−3−1の2《名義株についての株主等の判定》、1−4−3《名義株がある場合の適格合併等の判定》又は12の2−2−1《名義株がある場合の特定資本関係の判定》と同趣旨である。