平成18年4月1日に「公益通報者保護法」（平成16年法律第122号）が施行されました。
同法においては、公益通報の対象となる法律に関して処分又は勧告等を行う権限を有する省庁が公益通報を受け付ける仕組みとなっており、国税庁において公益通報を受け付ける法律については、次のとおりです。
<公益通報を受け付ける法律>
○ 公益通報関係事務取扱要領（外部の労働者からの通報編）の制定について（事務運営指針）
○ 公益通報者保護法の概要等（クリックすると消費者庁のホームページにリンクします。） (別ウィンドウ)
特定秘密の指定及びその解除並びに適性評価の実施に関し統一的な運用を図るための基準の策定について（平成26年10月14日閣議決定。以下「運用基準」という。）Ⅴ4に基づき、国税庁に設置される通報窓口は以下のとおりです。
本窓口は、運用基準Ⅴ4に基づき、以下の者が、特定秘密の指定及びその解除又は特定行政文書ファイル等の管理が特定秘密の保護に関する法律（以下「特定秘密保護法」という。）等に従って行われていないと思料する場合に行う通報を受け付けるものです。
（通報を行える者）
（通報窓口）
国税庁長官官房総務課審査企画係
電話：03-3581-4161（代表）
なお、特定秘密保護法に関する制度全般については、特定秘密保護法関連（内閣官房のウェブサイト）を参照ください。
重要経済安保情報の指定及びその解除、適性評価の実施並びに適合事業者の認定に関し、統一的な運用を図るための基準の策定について（令和７年１月31日閣議決定。以下「運用基準」という。）第６章第３節に基づき、国税庁に設置される通報窓口は以下のとおりです。
本窓口は、運用基準第６章第３節に基づき、以下の者が、重要経済安保情報の指定及びその解除又は重要経済安保情報行政文書ファイル等の管理が重要経済安保情報の保護及び活用に関する法律（以下「重要経済安保情報保護活用法」という。）等に従って行われていないと思料する場合に行う通報を受け付けるものです。
（通報を行える者）
（通報窓口）
国税庁長官官房総務課審査企画係
電話：03-3581-4161（代表）
なお、重要経済安保情報保護活用法に関する制度全般については、重要経済安保情報保護活用法（内閣府のウェブサイト）を参照ください。
国税庁の職員等からの公益通報及び職務上の法令違反に関する通報を受け付けています。
※ 国税庁の職員からセクシュアル・ハラスメントを受けた方からの通報についても、こちらの窓口にて受け付けています。