第3章 申請手続等
6−1 法第6条第1項（（電磁的記録による保存等の承認の申請等））に規定する「国税関係帳簿の備付けを開始する日」とは、当該国税関係帳簿を備え付けることとなる日をいうのであるが、課税期間の定めのある国税に係る国税関係帳簿について、原則として課税期間の初日が当該国税関係帳簿を備え付けることとなる日となることに留意する。（平17年課総4−5により改正）
(注) 課税期間の定めのない国税に係る国税関係帳簿又は保存義務者が国税関係帳簿に係る国税の納税者でない場合の当該保存義務者が備え付ける国税関係帳簿の備付けを開始する日については、保存義務者が、電磁的記録の備付けをもって国税関係帳簿の備付けに代えようとする日としている場合には、これを認める。
6−2 法第6条第1項又は第2項（（電磁的記録による保存等の承認の申請等））に規定する申請書が提出された場合の同条第3項各号（（申請の却下））に掲げる事実の有無の認定は、承認を受けようとする個々の国税関係帳簿書類ごとに行うことに留意する。
なお、次に掲げる場合は、同項第1号に掲げる事実に該当しないことに留意する。
(1) 法第4条各項（（国税関係帳簿書類の電磁的記録による保存等））の承認を受けた国税関係帳簿書類について、法第7条第1項（（取りやめの届出書の提出））に規定する届出書が提出され、又は法第8条第2項（（電磁的記録による保存等の承認の取消し））に規定する通知を受けた日以後1年以内に法第5条各項（（国税関係帳簿書類の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存等））の承認に係る申請書が提出された場合
(2) 法第5条各項の承認を受けた国税関係帳簿書類について、法第7条第1項に規定する届出書が提出され、又は法第8条第2項に規定する通知を受けた日以後1年以内に法第4条各項の承認に係る申請書が提出された場合
6−3 法第6条第6項（（申請書の便宜提出））（規則第3条第8項（（過去分重要書類の適用届出書の便宜提出））に規定する場合を含む。）に規定する便宜提出ができる「相当の理由」には、例えば、次に掲げる場合が、これに該当する。（令和元年課総10-5により改正）
(1) 金融機関の営業所等の長が、非課税貯蓄の限度額管理に関する帳簿について承認を受けようとする場合において、各営業所等ごとに行うべき申請手続を、その本店又は一の営業所等の所在地で一括して行う場合
(2) 複数の製造場を有する酒類製造者が、酒類の製造に関する事実を記載した帳簿について承認を受けようとする場合において、各製造場ごとに行うべき申請手続を、本店又は一の製造場の所在地で一括して行う場合
6−4 合併又は営業譲渡があった場合において、被合併法人又は営業譲渡を行った者（以下6−4において「被合併法人等」という。）が受けていた承認の効力は、合併法人又は営業譲渡を受けた者（以下6−4において「合併法人等」という。）の国税関係帳簿書類には及ばないことから、合併法人等は、被合併法人等が承認を受けていたことをもって、その承認を受けていた国税関係帳簿書類と同一名称等の国税関係帳簿書類について電磁的記録等による保存等ができることにはならないことに留意する。
(注) 被合併法人が承認を受けていた国税関係帳簿書類については、保存期間が満了するまで、被合併法人が承認を受けていた保存の方法により保存することができることに留意する。