（平5課法8-3、課所4-7）
この通達による改正後の4の2-5、4の2-6、4の2-7、4の2-42及び4の3-2の取扱いは、平成6年1月1日以後に提出する財形住宅貯蓄申告書若しくは財形住宅貯蓄限度額変更申告書又は財形年金貯蓄申告書若しくは財形年金貯蓄限度額変更申告書について適用する。
この通達による改正後の3の3-8（「措置法令第2条の3」を「措置法令第2条の2」に改める部分に限る。）、3の3-12及び3の3-13の取扱いは、平成6年1月1日以後適用する。
附則
（平11課法8-6、課所4-9）
この通達による改正後の29-5注書の取扱いは、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成11年政令第120号）附則第7条の規定により改正後の規定が適用されることとなる経済的利益又は利子補給金等について適用する。
この通達により廃止された37の11-1から37の11-11までの取扱いは、租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成11年法律第9号）附則第15条第2項の規定により、なお効力を有するものとされる平成14年12月31日までの間に行う上場株式等の譲渡による株式等に係る譲渡所得等について、なお効力を有するものとする。（平13課法8-3、課個2-8改正、平14課法8-7、課個2-9、課審3-144改正）
附則
（平15課法8-5、課個2-15、課審3-21）
この法令解釈通達による改正後の4の2-1、4の3-1、8の2-1、8の2-2、8の3-1、8の3-2、8の3-3、8の4-1及び8の4-2の取扱いについては、平成16年1月1日以後適用する。
附則
（平16課法8-5）
この法令解釈通達による改正後の41の20-2及び41の20-3の取扱いについては、平成17年1月1日以後適用する。
附則
（平17課法8-11、課個2-35、課審4-217）
この法令解釈通達による改正後の取扱いは、平成18 年1月1日から適用する。
附則
（平22課法9-3、課個2-20、課審4-34）
この法令解釈通達により廃止される29-1から29-26までの取扱いについては、平成23年1月1日以後適用する。
なお、改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成22年法律第6号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成22年政令第58号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成22年財務省令第17号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則並びに改正法令の附則の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この法令解釈通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱い《源泉所得税関係》について」の取扱いによる。
附則
（平24課法9-8、課審5-42）
平成25年1月1日前にこの法令解釈通達による改正前の3の3-13、4の2-32、4の2-33、4の3-10、4の3-11及び4の3-13に定める支払の取扱者、金融機関の営業所等の長、勤務先の長又は出国時勤務先等の長が受理した申告書等については、なお従前の例による。
平成24年7月1日前に支払うべき租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成24年法律第16号）第1条の規定による改正前の租税特別措置法第41条の6第1項に規定する給与等及び退職手当等に係るこの法令解釈通達による改正前の41の6-1及び41の6-2の取扱いについては、なお従前の例による。
平成25年1月1日前に支払うべき懸賞金等に係るこの法令解釈通達による改正前の41の9-3の取扱いについては、なお従前の例による。
附則
（平27課法10-1、課審5-1）
この法令解釈通達による改正後の4の2-1（（31）を除く。）、4の2-8、4の2-15の2、4の2-25、4の2-31の2、4の2-32、4の3-1（（22）を除く。）、4の3-2及び4の3-7の取扱いは、平成27年4月1日から適用する。
この法令解釈通達による改正後の4の2-1（（31）に限る。）、4の2-43、4の3-1（（22）に限る。）及び4の3-14の取扱いは、行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（平成25年法律第27号）附則第1条第4号に掲げる規定の施行の日から適用する。
附則
（平27課法10-9、課個2-21、課資3-6、課審5-10）
この法令解釈通達による3-1、3の3-1から3の3-3まで、3の3-5、3の3-6、3の3-9、3の3-10の2、3の3-11、3の3-14から3の3-16まで、8-4、8-5、8の3-2、9の2-5及び41の12の2-1から41の12の2-6までの取扱いは、平成28年分以後の所得税について適用し、平成27年分以前の所得税については、なお従前の例による。
附則
（平27課法10-18、課審5-14）
この法令解釈通達による改正後の各項の取扱いは、平成28年1月1日から適用する。
附則
（平29課法10-1、課審5-1）
この法令解釈通達による改正後の各項の取扱いは、平成29年4月1日から適用する。
附則
（平29課法10-15、課審5-9）
この法令解釈通達による改正後の取扱いは、平成30年分以後の所得税について適用し、平成29年分以前の所得税については、なお従前の例による。
附則
（令3課法11-23、課審5-3）
この法令解釈通達による改正後の「租税特別措置法に係る所得税の取扱い((源泉所得税関係))について」は、所得税法等の一部を改正する法律（令和３年法律第11号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（令和３年政令第119号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和３年財務省令第21号）（以下「改正法等」という。）による改正後の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則の規定を適用する場合について適用し、改正法等による改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則の規定を適用する場合については、なお従前の例による。