この通達による改正後の4の2-5、4の2-6、4の2-7、4の2-42及び4の3-2の取扱いは、平成6年1月1日以後に提出する財形住宅貯蓄申告書若しくは財形住宅貯蓄限度額変更申告書又は財形年金貯蓄申告書若しくは財形年金貯蓄限度額申告書について適用する。
この通達による改正後の3の3-8（「措置法令第2条の3）を「措置法令第2条の2」に改める部分に限る。）、3の3-12及び3の3-13の取扱いは、平成6年1月1日以後適用する。
この通達による改正後の29-5注書の取扱いは、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成11年政令第120号）附則第7条の規定により改正後の規定が適用されることとなる経済的利益又は利子補給金等について適用する。
この通達により廃止された37の11-1から37の11-11までの取扱いは、租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成11年法律第9号）附則第15条第2項の規定により、なお効力を有するものとされる平成13年3月31日までの間に行う上場株式等の譲渡に係る株式等に係る譲渡所得等について、なお効力を有するものとする。
この通達による改正後の41の2-1及び41の2-2の取扱いは、新築等をした家屋又は増改築等をした部分を平成11年1月1日以後に居住の用に供した者に係る措置法第41条の2第1項に規定する申告書について適用し、同日前に居住の用に供した者に係るものについては、なお従前の例による。
改正法令（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成12年法律第13号）、過疎地域自立促進特別措置法（平成12年法律第15号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成12年政令第148号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成12年大蔵省令第31号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
個人が、平成12年において取得等して事業の用に供した措置法規則第5条の9第1項に規定する電子計算機の取得価額の合計額が160万円以上であるかどうかは、個人が平成12年4月1日前に取得等して事業の用に供した改正法令による改正前の措置法規則第5条の9第1項に規定する電子計算機の取得価額の合計額と同日以後に取得等して事業の用に供した改正法令による改正後の措置法規則第5条の9第1項に規定する電子計算機の取得価額の合計額を合算した金額が160万円以上であるかどうかによって判定することに留意する。
措置法規則第5条の9第3項に規定するリース費用の総額の合計額が210万円以上であるかどうかについても、同様とする。
措置法規則第5条の15第2項に規定する施設に含まれる建物及びその附属設備並びに構築物（以下「建物等」という。）の取得価額の合計額が1億円を超え1億2,000万円以下である場合において、個人が当該建物等の一部を平成12年4月1日前に取得等し、残余を同日以後に取得等しているときは、同日前に取得等した当該建物等の取得価額の合計額が1億円を超えるかどうかを問わず、その同日前に取得等した建物等については、改正法令による改正前の措置法第11条の4の規定を適用する。この場合において、平成12年4月1日以後に取得等した建物等については、同条の規定の適用はないことに留意する。
（注） 新過疎地域（旧過疎地域に該当する区域を除く。）内において一の事業計画により新設又は増設される生産等設備については、平成12年4月1日以後に取得したものの取得価額の合計額が2,500万円を超える場合に限り、措置法第12条の規定の適用があることに留意する。
改正法令（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成13年法律第7号）、法人税法等の一部を改正する法律（平成13年法律第6号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成13年政令第141号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成13年財務省令第32号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
措置法規則第5条の15第2項に規定する施設に含まれる建物及びその附属設備並びに構築物（以下「建物等」という。）の取得価額の合計額が1億2,000万円以上で1億3,000万円に満たない場合において、個人が当該建物等の一部を平成13年4月1日前に取得等し、残余を同日以後に取得等しているときは、同日前に取得等した当該建物等の取得価額の合計額が1億2,000万円以上であるかどうかを問わず、その同日前に取得等した建物等については、改正法令による改正前の措置法第11条の4の規定を適用する。この場合において、平成13年4月1日以後に取得等した建物等については、同条の規定の適用はないことに留意する。
改正法令（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成14年法律第15号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成14年政令第105号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成14年財務省令第27号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
措置法令第5条の8第2項に規定する機械及び装置並びに器具及び備品（以下「機械等」という。）の取得価額の合計額が160万円を超え230万円以下である場合において、個人が当該機械等の一部を平成14年4月1日前に取得等し、残余を同日以後に取得等しているときは、同日前に取得等した当該機械等の取得価額の合計額が160万円を超えるかどうかを問わず、その同日前に取得等した機械等については、改正法令による改正前の同法第5条の8の2第2項の規定を適用する。この場合において、平成14年4月1日以後に取得等した機械等については、同条の規定の適用はないことに留意する。
措置法施行令第5条の9第1項に規定する機械その他の減価償却資産の取得価額の合計額が200万円を超え230万円以下である場合において、個人が当該減価償却資産の一部を平成14年4月1日前に取得等し、残余を同日以後に取得等しているときは、同日前に取得等した当該減価償却資産の取得価額の合計額が200万円を超えるかどうかを問わず、その同日前に取得等した減価償却資産については、改正法令による改正前の同法第5条の9第1項の規定を適用する。この場合において、平成14年4月1日以後に取得等した減価償却資産については、同条の規定の適用はないことに留意する。
措置法施行令第6条の5第2項に規定する一の生産等設備でこれを構成する減価償却資産の取得価額の合計額が2,500万円を超え2,800万円以下である場合において、個人が当該減価償却資産の一部を平成14年4月1日前に取得等し、残余を同日以後に取得等しているときは、同日前に取得等した当該減価償却資産の取得価額の合計額が2,500万円を超えるかどうかを問わず、その同日前に取得等した減価償却資産については、改正法令による改正前の同法第6条の5第2項の規定を適用する。この場合において、平成14年4月1日以後に取得等した減価償却資産については、同条の規定の適用はないことに留意する。
（注） 措置法第12条第1項の同表の第3号及び第4号に掲げる地区又は地域において事業の用に供する減価償却資産については、平成14年4月1日以後に取得等をしたものについては取得価額の合計額が、2,500万円を超える場合に限り、措置法第12条の規定を適用する。
措置法施行令第6条の6第3項に規定する医療用の機械及び装置並びに器具及び備品（以下「機械等」という。）の取得価額の合計額が400万円を超え500万円以下である場合において、個人が当該機械等の一部を平成14年4月1日前に取得等し、残余を同日以後に取得等しているときは、同日前に取得等した当該機械等の取得価額の合計額が400万円を超えるかどうかを問わず、その同日前に取得等した機械等については、改正法令による改正前の同法第6条の6第3項の規定を適用する。この場合において、平成14年4月1日以後に取得等した機械等については、同条の規定の適用はないことに留意する。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成15年法律第8号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成15年政令第139号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成15年財務省令第34号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成15年法律第8号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成15年政令第139号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成15年財務省令第34号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
措置法令第6条の5第2項に規定する一の生産等設備で、これを構成する減価償却資産の取得価額の合計額が2,300万円を超え2,500万円以下である場合において、個人が当該減価償却資産の一部を平成15年4月1日前に取得等し、残余を同日以後に取得等しているときは、同日前に取得等した当該減価償却資産の取得価額の合計額が2,300万円を超えるかどうかを問わず、その同日前に取得等した減価償却資産については、改正法令による改正前の措置法第12条第1項の規定を適用する。この場合において、平成15年4月1日以後に取得等した減価償却資産については、同条の規定の適用はないことに留意する。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成16年法律第14号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成16年政令第 105号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成16年財務省令第31号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達による改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
措置法令第5条の5第2項に規定する器具及び備品（以下「器具等」という。）の取得価額の合計額が100万円を超え120万円以下である場合において、個人が当該器具等の一部を平成16年4月1日前に取得等し、残余を同日以後に取得等しているときは、同日前に取得等した当該器具等の取得価額の合計額が100万円を超えるかどうかを問わず、その同日前に取得等した器具等については、改正法令による改正前の措置法令第5条の5第2項の規定を適用する。この場合において、平成16年4月1日以後に取得等した減価償却資産については、同条の規定の適用はないことに留意する。
この法令解釈通達による改正後の28の4-53、41-33、41の2の2-3、41の4-4及び41の4の2-1の取扱いは、信託法（平成18年法律第108号）の施行の日から適用する。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成19年法律第6号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成19年政令第92号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成19年省令第19号、第34号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えられて適用される改正前の措置法、措置法令、措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この法令解釈通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いによる。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成20年法律第23号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成20年政令第161号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成20年省令第30号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えられて適用される改正前の措置法、措置法令、措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この法令解釈通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いによる。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成21年法律第13号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成21年政令第108号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成21年財務省令第19号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えられて適用される改正前の措置法、措置法令、措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この法令解釈通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いによる。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成21年法律第13号）、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成21年法律第61号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成21年政令第108号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成21年政令第166号）、租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成21年財務省令第19号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成21年財務省令第47号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この法令解釈通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いによる。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成22年法律第6号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成22年政令第58号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成22年財務省令第17号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この法令解釈通達の改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いによる。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成22年法律第6号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成22年政令第58号）及び租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成22年財務省令第17号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達による改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
改正法令（現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成23年法律第82号）、経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成23年法律第114号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成23年政令第199号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（平成23年財務省令第35号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達による改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
また、法令解釈通達による改正後の25の2-4の取扱い及び41の19の5-1を削る取扱いは、平成23年分の所得税から適用し、平成22年分以前の所得税については、なお従前の例による。
改正法令（現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成23年法律第82号）、経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成23年法律第114号）、高齢者の居住の安定確保に関する法律等の一部を改正する法律（平成23年法律第32号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成23年政令第199号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（平成23年財務省令第35号））による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この通達による改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
この法令解釈通達（以下「通達」という。）により廃止される20の2-1及び20の2-2の取扱い並びにこの通達による改正後の20の3-1から20の3-4までの取扱いについては、平成25年1月1日以後適用する。
この通達による改正後の41-1、41-19、41-22、41-23、41-26の2、41-26の4、41-33及び41-34の取扱いは、都市の低炭素化の促進に関する法律の施行の日以後に居住の用に供した場合に適用し、同日前に居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
平成25年1月1日前にこの法令解釈通達による改正前の41の2の2-2に定める支払者が受理した申告書等については、なお従前の例による。
改正法令（所得税法等の一部を改正する法律（平成27年法律第9号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成27年政令第148号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（平成27年財務省令第30号）をいう。以下同じ。）による改正前の措置法、措置法令及び措置法規則（改正法令の附則により読み替えて適用される改正前の措置法、措置法令及び措置法規則を含む。）の規定の適用を受ける場合の取扱いについては、この法令解釈通達による改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の取扱いの例による。
この法令解釈通達による改正後の取扱いは、平成29年分以後の所得税について適用する。
この法令解釈通達による改正後の第29条の２関係の見出し、29の２−２から29の２−４までの取扱いは、中小企業の事業活動の継続に資するための中小企業等経営強化法等の一部を改正する法律（令和元年法律第21号）の施行の日から適用する。
この法令解釈通達による改正後の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」（以下「新措置法通達」という。）は、この附則に別段の定めのあるものを除き、所得税法等の一部を改正する法律（平成31年法律第６号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成31年政令第102号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（平成31年財務省令第14号）（以下「改正法等」という。）による改正後の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則の規定を適用する場合について適用し、改正法等による改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則（改正法等の附則により読み替えて適用される改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則を含む。）の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
新措置法通達の25の２-１、25の２-４、41の３の３-１、41の３の３-２及び41の３の４-１の取扱いは、令和２年分以後の所得税について適用し、令和元年分以前の所得税に係るこの法令解釈通達による改正前の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」の25の２-１及び25の２-４の取扱いについては、なお従前の例による。
この法令解釈通達による改正後の取扱いは、令和２年分以後の所得税について適用し、令和元年分以前の所得税については、なお従前の例による。
この法令解釈通達による改正後の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」は、所得税法等の一部を改正する法律（令和２年法律第８号）、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（令和２年政令第121号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和２年財務省令第21号）（以下「改正法等」という。）による改正後の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則の規定を適用する場合について適用し、改正法等による改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則（改正法等の附則により読み替えて適用される改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則を含む。）の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
この法令解釈通達による改正後の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」は、所得税法等の一部を改正する法律（令和３年法律第11号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（令和３年政令第119号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和３年財務省令第21号）（以下「改正法等」という。）による改正後の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則の規定を適用する場合について適用し、改正法等による改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則（改正法等の附則により読み替えて適用される改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則を含む。）の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
この法令解釈通達による改正後の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」は、所得税法等の一部を改正する法律（令和４年法律第４号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（令和４年政令第148号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和４年財務省令第32号）（以下「改正法等」という。）による改正後の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則の規定を適用する場合について適用し、改正法等による改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則（改正法等の附則により読み替えて適用される改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則を含む。）の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
改正後の29の２−１の取扱いは、この通達の発遣日以後に新株予約権の行使を行う場合について適用する。
この法令解釈通達による改正後の「租税特別措置法に係る所得税の取扱いについて」は、所得税法等の一部を改正する法律（令和５年法律第３号）、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（令和５年政令第145号）及び租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和５年財務省令第19号）（以下「改正法等」という。）による改正後の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則の規定を適用する場合について適用し、改正法等による改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則（改正法等の附則により読み替えて適用される改正前の租税特別措置法、租税特別措置法施行令及び租税特別措置法施行規則を含む。）の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
この法令解釈通達による改正後の10−２（(6)に係る部分に限る。）の取扱いは、個人の令和６年分以後の所得税について適用し、個人の令和５年分以前の所得税については、なお従前の例による。
この法令解釈通達による改正後の10の２〜15共−３（(2)に係る部分に限る。）の取扱いは、個人がこの法令解釈通達の日付の日以後に取得又は製作若しくは建設をする10の２〜15共−３に定める税額控除対象機械装置等について適用し、個人が同日前に取得又は製作若しくは建設をする10の２〜15共−３に定める特定事業用機械等、特定建物等、特定経営力向上設備等、認定特定高度情報通信技術活用設備、情報技術事業適応設備又は生産工程効率化等設備等については、この法令解釈通達による改正前の10の４−６、10の４の２−４、10の５の３−９、10の５の５−２又は10の５の６−４の取扱いの例による。