（昭55直所3-20、直法6-9）
41の2の2-1 措置法第41条の2の2の規定の適用を受けようとする者が、同条第1項に規定する申告書（以下この項において「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」という。）の同条第2項に規定する提出しなければならない日までに、住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書（以下この項において「借入金の年末残高等証明書」という。）の交付を受けられないため、同法第41条第1項、第6項、第10項、第13項又は第16項の規定の適用を受けなかった場合において、翌年1月31日までに借入金の年末残高等証明書を添付して給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書を提出したときは、その提出を受けた給与等の支払者は、その提出に係る給与等につき同条第1項、第6項、第10項、第13項又は第16項の規定を適用したところにより年末調整の再計算を行って差し支えない。（昭61直所3-18、直法6-11、直資3-6追加、昭63直所3-21、直法6-11、平11課所4-11、課法8-8、課評2-10、平16課個2-25、課法8-10、課審4-35、平19課個2-13、課資3-3、課法9-7、課審4-28、平21課個2-12、課資3-3、課審4-27、平25課個2-18、課審5-34、令元課個2-24、課法11-4、課審5-13改正）
（注） 住宅借入金等特別控除は、上記によらないで確定申告により控除を受けることもできることに留意する。
41の2の2-2 措置法第41条の規定の適用を受けた受益者等課税信託（法第13条第1項に規定する受益者（同条第2項の規定により同条第1項に規定する受益者とみなされる者を含む。以下この項において同じ。）がその信託財産に属する資産及び負債を有するものとみなされる信託をいう。）の受益者が、措置法第41条の2の2の規定の適用を受けるに当たっては、41-32の（1）、（4）のロ及びハの取扱いを準用する。（平19課個2-13、課資3-3、課法9-7、課審4-28追加、平21課個2-12、課資3-3、課審4-27、平25課個2-18、課審5-34、平27課個2-11、課法10-16、課審5-7改正）