40の3の3-1 最も適切な方法(措置法第40条の3の3第2項に規定する「最も適切な方法」をいう。以下40の3の3-22の3において同じ。)の選定に当たり、同項の「当該内部取引の内容及び当該内部取引の当事者が果たす機能その他の事情を勘案して」とは、内部取引（法第161条第1項第1号に規定する内部取引をいう。以下同じ。）及び非関連者間取引（非居住者が非関連者（措置法第40条の3の3第2項第1号イに規定する特殊の関係にない者をいう。以下同じ。）との間で行う取引又は非居住者の非関連者が当該非関連者の他の非関連者との間で行う取引をいう。以下同じ。）に係る40の3の3−4に掲げる諸要素並びに次に掲げる点を勘案することをいうことに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加、平28課個2-24、課審5-19、令元課個2-24、課法11-4、課審5-13改正）。
40の3の3-2 独立企業間価格の算定の基礎となる取引（以下「比較対象取引」という。）は、内部取引との類似性の程度が十分な非関連者間取引をいうのであるから、例えば、措置法第40条の3の3第2項第1号に規定する棚卸資産の販売又は購入の場合にあっては、次に掲げる独立企業間価格の算定方法の区分に応じ、それぞれ次に掲げる取引となることに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加、令元課個2-24、課法11-4、課審5-13改正）。
40の3の3-3 措置法第40条の3の3第2項第1号イに規定する「同種の棚卸資産」又は措置法令第25条の18の3第3項、第4項及び第5項第1号から第5号までに規定する｢同種又は類似の棚卸資産」とは、内部取引に係る棚卸資産と性状、構造、機能等の面において同種又は類似である棚卸資産をいう。
ただし、これらの一部について差異がある場合であっても、その差異が措置法第40条の3の3第2項第1号イに規定する対価の額若しくは同号ロ及びハに規定する通常の利益率の算定又は措置法令第25条の18の3第5項第1号から第5号までに規定する割合の算定に影響を与えないと認められるときは、同種又は類似の棚卸資産として取り扱うことができる（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-4 措置法第40条の3の3の規定の適用上、比較対象取引に該当するか否かにつき内部取引と非関連者間取引との類似性の程度を判断する場合には、例えば、恒久的施設、その事業場等及び非関連者の事業の内容等並びに次に掲げる諸要素の類似性を勘案することに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加、令元課個2-24、課法11-4、課審5-13改正）。
40の3の3-5 内部取引に係る比較対象取引が複数存在し、独立企業間価格が一定の幅を形成している場合において、当該幅の中に当該内部取引の対価の額とした額があるときは、当該内部取引については措置法第40条の3の3第1項の規定の適用はないことに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-6 独立企業間価格の算定は、原則として、個別の内部取引ごとに行うのであるが、例えば、次に掲げる場合には、これらの内部取引を一体として独立企業間価格を算定することができる（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-7 措置法第40条の3の3の規定の適用上、一の内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格と異なる場合であっても、当該対価の額とした額と独立企業間価格との差額に相当する金額を同一の相手方との他の内部取引の対価の額とした額に含め、又は当該対価の額とした額から控除することにより調整していることが内部取引に関する資料の記載その他の状況からみて客観的に明らかな場合には、それらの内部取引は、それぞれ独立企業間価格で行われたものとすることができる（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-8 措置法第40条の3の3の規定の適用上、取引日の外国為替の売買相場と決済日の外国為替の売買相場との差額により生じた為替差損益は、独立企業間価格には含まれないことに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-9 措置法第40条の3の3の規定の適用上、比較対象取引における値引き、割戻し等の条件が、内部取引におけるこれらに相当するものと異なる場合には、当該値引き、割戻し等に係る条件の差異を調整したところにより、内部取引の対価の額とした額と独立企業間価格との差額を算定することに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-10 措置法第40条の3の3の規定の適用上、比較対象取引で用いられている会計処理方法（例えば、棚卸資産の評価方法、減価償却資産の償却方法）と、内部取引における会計処理方法との間に差異があり、その差異が独立企業間価格の算定に影響を与える場合には、当該差異を調整したところにより、内部取引の対価の額とした額と独立企業間価格との差額を算定することに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-11 原価基準法により独立企業間価格を算定する場合において、内部取引に係る棚卸資産をその売手である非居住者の恒久的施設又はその事業場等が、例えば、当該非居住者と措置法第40条の3の3第2項第1号イに規定する特殊の関係にある者（以下「特殊の関係にある者」という。）から通常の取引価格に満たない価格で購入しているためその購入価格をその算定の基礎とすることが相当でないと認められるときは、当該購入価格を通常の取引価格に引き直して当該内部取引に係る独立企業間価格を算定するものとする（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
（注） この取扱いを適用する場合の「通常の取引価格」は、独立企業間価格の算定方法に準じて計算する。
40の3の3-12 措置法令第25条の18の3第5項第1号に掲げる方法（以下「利益分割法」という。）は、同号イからハまでに掲げるいずれかの方法によって、内部取引に係る棚卸資産の販売等により恒久的施設及びその事業場等に生じた所得（以下「分割対象利益等」といい、原則として、当該恒久的施設に係る営業利益又は営業損失に当該事業場等に係る営業利益又は営業損失を加算した金額を用いるものとする。）を当該恒久的施設及び当該事業場等に配分することにより独立企業間価格を算定する方法をいうことに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-13 利益分割法の適用に当たり、分割対象利益等又は措置法令第25条の18の3第5項第1号ハ(2)に規定する残余利益等（以下「残余利益等」という。）の配分に用いる要因が複数ある場合には、それぞれの要因が分割対象利益等又は残余利益等の発生に寄与した程度に応じて、合理的に計算するものとする（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-14 利益分割法の適用に当たり、内部取引に係る事業場等の営業利益等を換算する際に用いる外国為替の売買相場については、基本通達57の3−7の取扱いを準用する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-15 残余利益分割法の適用に当たり、基本的利益とは、40の3の3−2の（5）に掲げる取引に基づき算定される独自の機能を果たさない非関連者間取引において得られる所得をいうのであるから、分割対象利益等と恒久的施設及びその事業場等に係る基本的利益の合計額との差額である残余利益等は、原則として、内部取引に係る棚卸資産の販売等において、当該恒久的施設及び当該事業場等が独自の機能を果たすことにより当該恒久的施設及び当該事業場等に生じた所得となることに留意する。
また、残余利益等を恒久的施設及びその事業場等で配分するに当たっては、その配分に用いる要因として、例えば、当該恒久的施設及び当該事業場等が無形資産(重要な価値のあるものに限る。以下この項において同じ。)を用いることにより独自の機能を果たしている場合には、当該無形資産による寄与の程度を推測するに足りるものとして、当該恒久的施設及び当該事業場等に帰せられる無形資産の価額、当該無形資産の開発のために支出した費用の額等を用いることができることに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加、令元課個2-24、課法11-4、課審5-13改正）。
40の3の3-16 措置法令第25条の18の3第5項第2号から第5号までに掲げる方法に係る同項第7号に規定する「準ずる方法」とは、例えば、次のような方法がこれに該当する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加、令元課個2-24、課法11-4、課審5-13改正）。
（1） 内部取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を用いて製品等の製造をし、これを非関連者に対して販売した場合において、当該製品等のその非関連者に対する販売価格から次に掲げる金額の合計額を控除した金額をもって当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法
（2） 事業場等がその恒久的施設から内部取引により取得したものとされる棚卸資産を当該恒久的施設を有する非居住者と特殊の関係にある者を通じて非関連者に対して販売した場合において、当該事業場等と当該特殊の関係にある者との取引価格を通常の取引価格に引き直した上で、措置法令第25条の18の3第5項第2号又は第4号に掲げる算定方法に基づいて計算した金額をもって当該恒久的施設と当該事業場等との間で行う内部取引に係る対価の額とされるべき額とする方法
（注） この取扱いを適用する場合の「通常の取引価格」は、独立企業間価格の算定方法に準じて計算する。
40の3の3-16の2 措置法令第25条の18の３第５項第６号に規定する「これに準ずるもの」には、例えば、内部取引に係る棚卸資産の使用その他の行為によるキャッシュ・フローが含まれる。（令元課個2-24、課法11-4、課審5-13追加）
40の3の3-16の3 措置法令第25条の18の３第５項第６号に掲げる方法の適用に当たり、同号に規定する合理的と認められる割引率については、貨幣の時間価値に加え、同号に規定する利益の額として当該販売又は購入の時に予測される金額（以下この項において「予測利益の金額」という。）の計算における内部取引に係る事業のリスク（予測利益の金額の変動リスクを含む。）の反映の程度に応じ、当該事業のリスクが合理的に反映されていると認められる割引率を用いることに留意する。
なお、当該事業のリスクについては、予測利益の金額の計算及び割引率に二重に反映してはならないことに留意する。（令元課個2-24、課法11-4、課審5-13追加）
40の3の3-17 措置法第40条の3の3第2項第2号に規定する「同等の方法」とは、棚卸資産の売買に相当する内部取引以外の内部取引（例えば、有形資産の貸借、金銭の貸借、役務提供、無形資産の使用許諾又は譲渡等に相当する内部取引）において、当該内部取引の類型に応じて同項第1号に掲げる方法に準じて独立企業間価格を算定する方法をいう（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-17の2 無形資産とは、有形資産及び措置法令第25条の18の３第７項第２号に規定する金融資産以外の資産で、その譲渡若しくは貸付け（資産に係る権利の設定その他他の者に資産を使用させる一切の行為を含む。）又はこれらに類似する取引に相当する取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従って行われるとした場合にその対価の額とされるべき額があるものをいうのであるから、例えば、次に掲げるものはこれに含まれることに留意する。（令元課個2-24、課法11-4、課審5-13追加）
40の3の3-18 有形資産の貸借に相当する内部取引について、独立価格比準法と同等の方法を適用する場合には、比較対象取引に係る資産が内部取引に係る資産と同種であり、かつ、当該比較対象取引に係る貸借時期、貸借期間、貸借期間中の資産の維持費用等の負担関係、転貸の可否等貸借の条件が当該内部取引におけるこれらに相当するものと同様であることを要することに留意する。また、有形資産の貸借に相当する内部取引について、原価基準法と同等の方法を適用する場合には、比較対象取引に係る資産が内部取引に係る資産と同種又は類似であり、かつ、上記の貸借の条件が当該内部取引におけるこれらに相当するものと同様であることを要することに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-19 恒久的施設とその事業場等との間に、製品等の製造委託に相当する内部取引と、当該製造委託に相当する内部取引に係る機械設備等の資産の貸与に相当する内部取引がある場合には、これらの内部取引が一体として行われているものとして独立企業間価格を算定することができる（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
（注） 借入金等の借換えをした場合には、41-16の適用がある場合があることに留意する。
40の3の3-20 金銭の貸借に相当する内部取引について独立価格比準法と同等の方法又は原価基準法と同等の方法を適用する場合には、比較対象取引に係る通貨が内部取引に係る通貨と同一であり、かつ、当該比較対象取引における貸借時期、貸借期間、金利の設定方式（固定又は変動、単利又は複利等の金利の設定方式をいう。）、利払方法（前払い、後払い等の利払方法をいう。）、借手の信用力その他の利率に影響を与える諸要因が当該内部取引におけるこれらに相当するものと同様であることを要することに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
（注） 内部取引の借手が銀行等から当該内部取引と同様の条件の下で借り入れたとした場合に付されるであろう利率を比較対象取引における利率として独立企業間価格を算定する方法は、独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法となることに留意する。
40の3の3-21 内部取引に該当する役務提供について独立価格比準法と同等の方法を適用する場合には、比較対象取引に係る役務が内部取引に係る役務と同種であり、かつ、当該比較対象取引に係る役務提供の時期、役務提供の期間等の役務提供の条件が当該内部取引におけるこれらに相当するものと同様であることを要することに留意する。また、内部取引に該当する役務提供について、原価基準法と同等の方法を適用する場合には、比較対象取引に係る役務が内部取引に係る役務と同種又は類似であり、かつ、上記の役務提供の条件が当該内部取引におけるこれらに相当するものと同様であることを要することに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-22 無形資産の使用許諾又は譲渡に相当する内部取引について、独立価格比準法と同等の方法を適用する場合には、比較対象取引に係る無形資産が内部取引に係る無形資産と同種であり、かつ、当該比較対象取引に係る使用許諾又は譲渡の時期、使用許諾の期間等の使用許諾又は譲渡の条件が当該内部取引におけるこれらに相当するものと同様であることを要することに留意する。また、無形資産の使用許諾又は譲渡に相当する内部取引について、原価基準法と同等の方法を適用する場合には、比較対象取引に係る無形資産が内部取引に係る無形資産と同種又は類似であり、かつ、上記の無形資産の使用許諾又は譲渡の条件が当該内部取引におけるこれらに相当するものと同様であることを要することに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-22の2 内部取引に係る無形資産が、措置法令第25条の18の３第８項に規定する「固有の特性を有し、かつ、高い付加価値を創出するために使用されるもの」に該当するかどうかは、当該無形資産が、当該内部取引の時において、その独自性から比較対象取引を見いだすことが困難なもので、かつ、恒久的施設又はその事業場等の事業において重要な価値を有し所得の源泉となるものかどうかにより判定することに留意する。（令元課個2-24、課法11-4、課審5-13追加）
40の3の3-22の3 措置法令第25条の18の３第８項に規定する「利益の額として当該無形資産内部取引の時に予測される金額を基礎として算定するもの」には、同項に規定する無形資産内部取引（以下「無形資産内部取引」という。）に係る対価の額とした額が、実際に同項に規定する利益の額として当該無形資産内部取引の時に予測される金額（以下「予測利益の金額」という。）を基礎として算定されていない場合であっても、当該無形資産内部取引に係る独立企業間価格を算定するに当たり、予測利益の金額を基礎として算定する独立企業間価格の算定方法が最も適切な方法であると認められるときにおける当該無形資産内部取引に係る無形資産が含まれることに留意する。（令元課個2-24、課法11-4、課審5-13追加）
40の3の3-22の4 無形資産内部取引に係る無形資産が、措置法令第25条の18の３第８項に規定する「独立企業間価格を算定するための前提となる事項（当該無形資産内部取引の時に予測されるものに限る。）の内容が著しく不確実な要素を有していると認められるもの」に該当するかどうかは、当該無形資産の使用その他の行為により生ずることが予測される利益に係る予測の根拠及び目的、当該利益に係る同項に規定する予測される期間の長短、当該利益に係る予測の基礎となる過去の収益実績の有無、当該無形資産内部取引に係る事業の将来性、当該無形資産内部取引に係る価格調整又は条件付支払の条項が定められた内部取引における契約条件に相当するものの有無等のような無形資産内部取引に係る独立企業間価格を算定するための前提となる事項の内容を総合的に勘案して判定するものとする。（令元課個2-24、課法11-4、課審5-13追加）
40の3の3-22の5 措置法第40条の３の３第６項第２号に規定する「その他これに類するもの」とは、同条第５項に規定する特定無形資産内部取引（以下「特定無形資産内部取引」という。）の時においてやむを得ない事由により予測することが明らかに困難であった事由をいうのであるから、例えば、次に掲げる事由はこれに該当することに留意する。（令元課個2-24、課法11-4、課審5-13追加）
40の3の3-23 措置法第40条の3の3第1項に規定する「当該内部取引は、独立企業間価格によるものとする」とは、非居住者の事業場等とその恒久的施設との間の内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格と異なることにより、当該非居住者のその年分の恒久的施設帰属所得（法第161条第1項第1号イに掲げる国内源泉所得をいう。以下同じ。）に係る各種所得の金額の計算上、収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額（以下この項において「収入金額等の額」という。）が過少となる場合にはその差額をその年分の収入金額等の額に算入し、必要経費に算入すべき金額又は支出した金額に算入すべき金額（以下この項において「必要経費等の額」という。）が過大となる場合にはその差額をその年分の必要経費等の額に算入しないことをいうことに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
（注）この差額の調整が、外国税額の控除限度額等に影響を及ぼす場合には、それらについても再計算することに留意する。
40の3の3-24 恒久的施設がその事業場等から支払を受けることとされる内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格を超える場合又は当該事業場等に支払うこととされる内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格に満たない場合における独立企業間価格との差額については、恒久的施設帰属所得に係る各種所得の金額の計算上、確定申告書等において減額できないことに留意する（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
40の3の3-25 内部取引に該当する資産の移転につき、恒久的施設がその事業場等に支払うこととされる当該内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格を超える場合において、当該対価の額とした額と独立企業間価格との差額の全部又は一部に相当する金額がその年12月31日において当該恒久的施設に帰せられる当該資産の取得価額に算入されているためその年分の恒久的施設帰属所得に係る各種所得の金額の計算上必要経費の額に算入されていないときは、その必要経費の額に算入されていない部分の金額に相当する金額を当該資産の取得価額から減額することができる（平28課個2−5、課法11−9、課審5−3追加）。
（注） この取扱いにより減価償却資産の取得価額を減額した場合には、その減額した後の金額を基礎としてその年分の償却費を計算することに留意する。