41の5-1 総合短期譲渡所得（譲渡所得のうち所得税法第33条第3項第1号に掲げる所得で、措置法第32条第1項の規定の適用がない所得をいう。以下この項において同じ。）の金額又は総合長期譲渡所得（譲渡所得のうち所得税法第33条第3項第2号に掲げる所得で、措置法第31条第1項及び措置法第32条第1項の規定の適用がない所得をいう。以下この項において同じ。）の金額を計算する場合において、これらの所得の基因となった資産のうちに譲渡損失の生じた資産があるときは、その年中に譲渡した資産を総合短期譲渡所得の基因となる資産及び総合長期譲渡所得の基因となる資産に区分して、これらの資産の区分ごとにそれぞれの総収入金額から当該資産の取得費及び譲渡費用の合計額を控除して譲渡損益を計算する。この場合において、その区分ごとに計算した金額の一方に損失の金額が生じた場合又は居住用財産の譲渡損失の金額（措置法第41条の5第1項に規定する居住用財産の譲渡損失の金額をいう。以下41の5−11までにおいて同じ。）がある場合のその損失の金額の譲渡益からの控除は次による。
（1） 総合長期譲渡所得の損失の金額は、総合短期譲渡所得の譲渡益から控除する。
（2） 総合短期譲渡所得の損失の金額は、総合長期譲渡所得の譲渡益から控除する。
（3） 居住用財産の譲渡損失の金額は、（1）又は（2）による控除後の譲渡益について、総合短期譲渡所得の譲渡益、総合長期譲渡所得の譲渡益の順に控除する。ただし、納税者がこの取扱いと異なる順序で控除して申告したときはその計算を認める。
41の5-1の2 前年以前3年内の年において生じた措置法第41条の5第4項に規定する通算後譲渡損失の金額（以下41の5-11までにおいて「通算後譲渡損失の金額」という。）に相当する金額をその年の総所得金額、土地等に係る事業所得等の金額、分離長期譲渡所得の金額、分離短期譲渡所得の金額、山林所得金額又は退職所得金額（41の5-11においてこれらを「総所得金額等」という。）の計算上控除する場合には、次の(1)から(4)の順序で控除するのであるから留意する。
（1） まず、その年分の各種所得の金額の計算上生じた損失の金額がある場合には、所得税法第69条第1項《損益通算》の規定による控除を行う。
（2） 次に所得税法第70条第1項又は第2項《純損失の繰越控除》に規定する純損失の金額がある場合には、同条第1項又は第2項の規定による控除を行う。
（3） その上で、通算後譲渡損失の金額に相当する金額について、措置法第41条の5第4項の規定による繰越控除を行う。この場合、その年分の分離長期譲渡所得の金額、分離短期譲渡所得の金額、総所得金額、土地等に係る事業所得等の金額、山林所得金額又は退職所得金額から順次控除する。
（4） 更に、所得税法第71条第1項《雑損失の繰越控除》に規定する雑損失がある場合には、同項の規定による控除を行う。
41の5-2 削除
41の5-3 措置法第41条の5第7項第1号ハに規定する「イ又はロに掲げる家屋及び当該家屋の敷地の用に供されている土地又は当該土地の上に存する権利」とは、同号イ又はロに掲げる家屋とともにこれらの家屋の敷地の用に供されている土地等（土地又は当該土地の上に存する権利をいう。以下41の5-17までにおいて同じ。）でその年の1月1日において所有期間（同法第31条第2項に規定する所有期間をいう。以下41の5-12までにおいて同じ。）が5年を超えるものを譲渡した場合の当該家屋及び敷地の用に供されている土地等をいうのであるから留意する。
（注）
1 措置法第41条の5第7項第1号ハに該当する家屋及び土地等の譲渡に係る居住用財産の譲渡損失の金額の計算は、当該家屋及び土地等に係る譲渡損益の合計額により行うことになる。したがって、そのいずれか一方の資産に係る譲渡損失のみをもって居住用財産の譲渡損失の金額の計算を行うことはできない。
2 措置法第41条の5第7項第1号イ又はロに規定する家屋とともに当該家屋の敷地の用に供されている土地等の譲渡があった場合において、当該家屋又は当該土地等のいずれか一方のその年1月1日における所有期間が5年以下であるときは、当該家屋及び土地等は措置法第41条の5第7項第1号に規定する譲渡資産（以下41の5-16までにおいて「譲渡資産」という。）に該当しないので、その譲渡損失については、同条第1項及び第4項の規定を適用することはできない。
41の5-4 措置法第41条の5第7項第1号イ又はロに掲げる家屋とともにこれらの家屋の敷地の用に供されている土地等の譲渡があった場合において、当該土地等のうちにその年1月1日における所有期間が5年を超える部分とその他の部分があるときは、その土地等のうち当該5年を超える部分のみが同号ハに掲げる土地等に該当するのであるから留意する。
（注） これらの家屋の敷地の用に供されている一の土地が、その取得の日を所得税基本通達33-10《借地権者等が取得した底地の取得時期等》の定めにより借地権等に相当する部分と底地に相当する部分とに区分して判定するものであるときは、当該土地のうちその年の1月1日における所有期間が5年を超えることとなる部分のみが措置法第41条の5第7項第1号ハに掲げる土地等に該当することになる。
41の5-5 措置法第41条の5第7項第1号イ又はロに掲げる家屋を取り壊し、当該家屋の敷地の用に供されていた土地等を譲渡した場合（その取壊し後、当該土地等の上にその土地等の所有者が建物等を建設し、当該建物等とともに譲渡する場合を除く。）において、当該譲渡した土地等が次に掲げる要件の全てを満たすときは、当該土地等は譲渡資産に該当するものとして取り扱うことができるものとする。
ただし、当該土地等のみの譲渡であっても、その家屋を引き家して当該土地等を譲渡する場合の当該土地等は譲渡資産に該当しない。（平23課資3-2、課個2-26、課審6-13改正）
（1） 当該土地等は、当該家屋が取り壊された日の属する年の1月1日において所有期間が5年を超えるものであること。
（2） 当該土地等は、当該土地等の譲渡に関する契約が当該家屋を取り壊した日から1年以内に締結され、かつ、当該家屋をその居住の用に供さなくなった日以後3年を経過する日の属する年の12月31日までに譲渡したものであること。
（3） 当該土地等は、当該家屋を取り壊した後譲渡に関する契約を締結した日まで、貸付けその他の用に供していないものであること。
（注） その取壊しの日の属する年の1月1日において所有期間が5年を超えない家屋の敷地の用に供されていた土地等の譲渡に係る譲渡損失については、措置法第41条の5第1項及び第4項の規定の適用はない。
41の5-6 災害により滅失したその居住の用に供している家屋の敷地の用に供されていた土地等の譲渡、その居住の用に供している家屋でその居住の用に供されなくなったものの譲渡又は当該家屋とともにする当該家屋の敷地の用に供されている土地等の譲渡が、これらの家屋をその居住の用に供されなくなった日から同日以後3年を経過する日の属する年の12月31日までの間に行われている場合には、その譲渡した資産は、当該居住の用に供されなくなった日以後どのような用途に供されている場合であっても、譲渡資産に該当するものであるから留意する。
41の5-7 その居住の用に供している家屋でその居住の用に供されなくなったものが災害により滅失した場合において、その居住の用に供されなくなった日から同日以後3年を経過する日の属する年の12月31日までの間に、当該家屋の敷地の用に供されていた土地等を譲渡したときは、当該譲渡は、譲渡資産の譲渡に該当するものとして取り扱うことができるものとする。
この場合において、当該家屋の所有期間の判定に当たっては、当該譲渡の時まで当該家屋を引き続き所有していたものとする。
41の5-8 土地区画整理法による土地区画整理事業、新都市基盤整備法による土地整理又は大都市地域住宅等供給促進法による住宅街区整備事業の施行地区内にある従前の宅地（当該宅地の上に存する建物の所有を目的とする借地権を含む。）を仮換地の指定又は使用収益の停止があった後に譲渡した場合並びに次に掲げる事業の施行地区内にその居住の用に供している家屋（当該家屋でその居住の用に供されなくなったものを含む。）及び当該家屋の敷地の用に供されている土地等（災害により滅失した当該家屋の敷地であった土地等を含む。）を有する者につき、それぞれに掲げるところによる譲渡があった場合又は譲渡があったものとみなされる場合には、31の3-16及び31の3-17に準じて取り扱うことができるものとする。（平27課資3-4、課個2-19、課法10-5、課審7-13改正）
（1） 都市再開発法による市街地再開発事業に係る権利変換又は収用若しくは買取りに伴い取得した施設建築物の一部を取得する権利（当該権利とともに取得した施設建築敷地若しくはその共有持分又は地上権の共有持分を含む。）又は建築施設の部分の給付を受ける権利を譲渡した場合又は建築施設の部分につき同法第118条の5第1項《譲受け希望の申出等の撤回》に規定する譲受け希望の申出を撤回した場合（同法第118条の12第1項《仮登記等に係る権利の消滅について同意が得られない場合における譲受け希望の申出の撤回》又は第118条の19第1項《譲受け希望の申出を撤回したものとみなす場合》の規定により、譲受けの申出を撤回したものとみなされる場合を含む。）において、措置法第33条の3第3項の規定による旧資産の譲渡があったものとみなされる場合
（2） 密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業に係る権利変換に伴い取得した防災施設建築物の一部を取得する権利（当該権利とともに取得した防災施設建築敷地若しくはその共有持分又は地上権の共有持分を含む。）を譲渡した場合において、同項の規定による防災旧資産の譲渡があったものとみなされる場合
（3） マンションの建替え等の円滑化に関する法律によるマンション建替事業に係る権利変換に伴い取得した施行再建マンションに関する権利を取得する権利（当該権利とともに取得した施行再建マンションに係る敷地利用権を含む。）を譲渡した場合において、同項の規定による変換前資産の譲渡があったものとみなされる場合
41の5-9 その居住の用に供している家屋（当該家屋でその居住の用に供されなくなったものを含む。）の敷地の用に供されている土地等、災害により滅失した当該家屋の敷地の用に供されていた土地等（以下次項までにおいて「災害跡地」という。）又は41の5-5に定める取り壊した家屋の敷地の用に供されていた土地等（以下次項までにおいて「取壊し跡地」という。）の一部を区分して譲渡した場合には、次の点に留意する。（平23課資3-2、課個2-26、課審6-13改正）
（1） 現に存する当該家屋の敷地の用に供されている土地等の一部の譲渡である場合 当該譲渡が当該家屋の譲渡と同時に行われたものであるときは、当該譲渡は譲渡資産の譲渡に該当するが、当該譲渡が当該家屋の譲渡と同時に行われたものでないときは、当該譲渡は譲渡資産の譲渡には該当しない。
（2） 災害跡地の一部の譲渡である場合 居住の用に供している家屋が災害により滅失した場合には当該災害があった日（居住の用に供されなくなった家屋が災害により滅失した場合には当該家屋が居住の用に供されなくなった日）から、同日以後3年を経過する日の属する年の12月31日までに行われた譲渡は、全て譲渡資産の譲渡に該当する。
（3） 取壊し跡地の一部の譲渡である場合 当該譲渡は、41の5-5により判定する。
41の5-10 その年において2以上の譲渡資産の措置法第41条の5第7項第1号に規定する特定譲渡（以下41の5-13までにおいて「特定譲渡」という。）がある場合には、その者が選定した一の特定譲渡に係る譲渡損失の金額をもって同号に規定する居住用財産の譲渡損失の金額を計算するのであるが、同一年中に、居住の用に供している家屋（当該家屋でその居住の用に供されなくなったものを含む。）の敷地の用に供されている土地等の一部を区分して当該家屋の譲渡と同時に譲渡した場合又は災害跡地若しくは取壊し跡地を2以上に区分して譲渡した場合（当該譲渡のいずれもが41の5-9(2)若しくは(3)により譲渡資産の譲渡に該当する場合に限る。）には、これらを一の譲渡資産の譲渡として取り扱うことができるものとする。