33の4-1 収用交換等によりその年中に譲渡した資産のうちに、例えば最初に買取り等の申出のあった日から6か月を経過した日までに譲渡した資産と同日後に譲渡した資産とがあるなど、5,000万円控除の特例が受けられる資産と受けられない資産とがある場合において、その受けられる資産につき5,000万円控除の特例の適用を受けたときは、5,000万円控除の特例が受けられない資産については、措置法第33条《収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例》及び第33条の2《交換処分等に伴い資産を取得した場合の課税の特例》の規定は適用されないのであるから留意する。
33の4-1の2 受益者等課税信託の信託財産に属する資産について収用交換等があった場合における措置法第33条の4の規定の適用に関しては次の点に留意する。（平19課資3-5、課個2-15、課審6-9追加）
(1) 同条第3項第1号に規定する「最初に当該申出のあった日」とは、受益者等課税信託の受託者が、同号に規定する公共事業施行者から当該受益者等課税信託の信託財産に属する資産につき、最初に買取り等の申出を受けた日をいう。
(2) 同項第2号に規定する「一の収用交換等に係る事業につき第1項に規定する資産の収用交換等による譲渡が二以上あった場合」に該当するかどうかは、受益者等が有する受益者等課税信託の信託財産に属する資産の譲渡とそれ以外の資産の譲渡とを通じて判定する。
(3) 収用交換等による譲渡の時における受益者等課税信託の信託財産に属する資産の譲渡をした受益者等が、当該受益者等課税信託の信託財産に属する資産につき最初に買取り等の申出を受けた時における当該受益者等課税信託の受益者等以外の者（当該申出を受けた時における受益者等の死亡によりその者から当該受益者等課税信託の受益者等としての権利を取得した者を除く。）である場合には、同項第3号の規定に該当することとなる。
33の4-2 措置法第33条の4第1項の規定は、原則として、最初に買取り等の申出のあった日から6か月を経過した日までに当該申出に係る資産を譲渡しなかった場合には適用がないのであるが、最初に買取り等の申出があった日から6か月を経過した日までに当該申出に係る資産につき次に掲げる申請等が行われている場合には、当該申請等に係る資産の譲渡については、当該譲渡が最初に買取り等の申出があった日から6か月を経過した日後に行われた場合であっても、同項の規定の適用があるのであるから留意する。(平21課資3-8、課個2-24、課審6-23、令2課資3-7、課個2-18、課法11-4、課審7-9、令5課資3-5、課法10-37、課審7-5、徴管6-27改正)
（1） 土地収用法第15条の7第1項の規定による仲裁の申請（同法第15条の11第1項に規定する仲裁判断があった場合に限る。)
（2） 土地収用法第46条の2第1項《補償金の支払請求》の規定による補償金の支払の請求
（3） 農地法第3条第1項又は第5条第1項の規定による許可の申請
（4） 農地法第5条第1項第6号の規定による届出。ただし、同法第18条第1項《農地又は採草放牧地の賃貸借の解約等の制限》の規定による許可を受けた後同法第5条第1項第6号の規定による届出をする場合には、当該許可の申請
33の4-2の2 措置法令第22条の4第2項第3号に規定する「当該申請をした日後に当該許可を要しないこととなつた場合」とは、農地又は採草放牧地（以下この項において「農地等」という。）の譲渡につき農地法第5条第1項の規定による許可の申請をした日後において、次に掲げるような事由が生じたため、許可を要しないこととなった場合をいい、同号に規定する「その要しないこととなった日」とは、次に掲げる区分に応じ、それぞれ次に掲げる日をいうのであるから留意する。(平21課資3-8、課個2-24、課審6-23、平28課資3-4、課個2-33、課審7-11、徴管6-24、令2課資3-7、課個2-18、課法11-4、課審7-9、令5課資3-5、課法10-37、課審7-5、徴管6-27改正)
（1） 当該許可前に、当該農地等の所在する地域が都市計画法第7条第1項《区域区分》に規定する市街化区域に該当することとなったことに伴い、農地法第5条第1項第6号の規定による届出をし、当該届出が受理されたこと 当該受理の日
（2） 農地法施行規則第53条第12号《許可の例外》に掲げる都道府県以外の地方公共団体、独立行政法人都市再生機構、地方住宅供給公社、土地開発公社、独立行政法人中小企業基盤整備機構又は同規則第29条第14号の規定により農林水産大臣が指定する法人（以下この項において「指定法人」という。）が当該農地等を買い取る場合において、当該許可前に当該農地等の所在する地域が都市計画法第7条第1項に規定する市街化区域（指定法人にあっては同号に規定する指定計画に係る市街化区域）に該当することとなったこと 当該市街化区域に関する都市計画の決定に係る告示があった日
33の4-2の3 農地法第5条第1項の規定による許可の申請をした日後に、当該許可を要しないこととなったため又は当該申請に代えて同項第6号の規定による届出をするため、当該申請を取り下げた場合には、措置法令第22条の4第2項第3号の規定の適用については、同号に規定する「当該許可の申請をした日」は、当該取下げに係る申請をした日として取り扱う。(平21課資3-8、課個2-24、課審6-23、令2課資3-7、課個2-18、課法11-4、課審7-9、令5課資3-5、課法10-37、課審7-5、徴管6-27改正)
33の4-2の4 措置法施行規則第15条第2項第2号に規定する「当該買取り等につき施行令第22条の4第2項各号に掲げる場合のいずれかに該当する場合には、その旨を証する書類」とは、次の書類をいうのであるが、同規則第15条第2項第2号の「公共事業施行者の買取り等の年月日及び当該買取り等に係る資産の明細を記載した買取り等があったことを証する書類」に措置法第33条の4第3項第1号に規定する公共事業施行者（以下33の4-7までにおいて「公共事業施行者」という。)が(1)から(4)に掲げる日を記載している場合には、それぞれ(1)から(4)に掲げる書類の提出を省略しても差し支えないものとする。
（1） 仲裁判断があった場合
仲裁の申請をした日及び仲裁判断のあった日の記載のある仲裁判断書の写し
（2） 補償金の支払請求があった場合
補償金の支払の請求をした日の記載のある収用裁決書の写し
（3） 農地法の許可を受ける場合
申請をした日及び許可があった日の記載のある許可申請書の写し
（4） 農地法の届出をする場合
届出書を提出した日及び受理した日の記載のある受理通知書の写し
33の4-3 土地収用法の規定により補償金の支払の請求ができる資産は土地及び土地に関する所有権以外の権利に限られているが、これらの資産につき最初に買取り等の申出があった日から6か月を経過した日までに補償金の支払の請求があった場合には、これらの資産の上にある建物等の資産の譲渡についても法第33条の4第3項第1号かっこ内に規定する「土地収用法第46条の2第1項の規定による補償金の支払の請求があった場合」に準じて取り扱う。
33の4-3の2 漁業権又は入漁権（以下この項において「漁業権等」という。）の消滅（価値の減少を含む。以下この項において同じ。）により漁業協同組合等の組合員が補償金又は対価（以下この項において「補償金等」という。）を取得する場合における措置法第33条の4第3項第1号の規定の適用については、漁業権等につき公共事業施行者から漁業協同組合等に対して最初に買取り等の申出があった日から6か月を経過した日後において当該組合員の漁業法第105条に規定する組合員行使権（当該買取り等の申出の対象となった漁業権等に係るものに限る。以下この項において同じ。）の消滅に伴う補償金等の額が確定した場合であっても、当該公共事業施行者と当該漁業協同組合等の間で締結された当該漁業権等の消滅に関する契約の効力が最初に買取り等の申出があった日から6か月を経過した日までに生じているときは、当該組合員行使権の収用交換等による譲渡は、最初に買取り等の申出のあった日から6か月を経過した日までにされているものとして取り扱う。（令3課資3-5、課個2-8、課法11-25、課審7-11改正）
（注） 漁業協同組合等が有する漁業権等の消滅により、当該漁業協同組合等の組合員がその組合員行使権の消滅に伴って取得する補償金等を譲渡所得の総収入金額に算入すべき時期は、当該組合員ごとの補償金等の額が確定した日により判定することに留意する。
33の4-3の3 土地収用法第16条《事業の認定》に規定する関連事業は、本体事業から独立した別個の事業ではなく、本体事業に付随する事業として、本体事業とともに、措置法第33条の4第3項第2号に規定する「一の収用交換等に係る事業」に該当するのであるから留意する。
33の4-4 一の収用交換等に係る事業が次に掲げる場合に該当することとなった場合において、その事業の施行につき合理的と認められる事情があるときは、次に掲げる地域ごとにそれぞれ別個の事業として取り扱い、措置法第33条の4第3項第2号の規定を適用する。
（1） 事業の施行地について計画変更があり、当該変更に伴い拡張された部分の地域について事業を施行する場合 当該変更前の地域と当該変更に伴い拡張された部分の地域
（注） この取扱いは、一の収用交換等に係る事業の施行地の変更前において当該変更前の地域にある資産を当該事業のために譲渡した者が、当該変更後において当該変更に伴い拡張された部分の地域にある資産を当該事業のために譲渡する場合に限って適用があることに留意する。
（2） 事業を施行する営業所、事務所その他の事業場が2以上あり、当該事業場ごとに地域を区分して事業を施行する場合 当該区分された地域
（3） 事業が1期工事、2期工事等と地域を区分して計画されており、当該計画に従って当該地域ごとに時期を異にして事業を施行する場合 当該区分された地域
33の4-5 一の収用交換等に係る事業につき譲渡した資産のうちに土地（土地に関する所有権以外の権利を含む。以下この項において同じ。）とその土地の上にある建物等があり、その土地の譲渡は権利取得裁決により、その建物等の譲渡は明渡裁決により行われたため、これらの譲渡が2以上の年にわたった場合において、その建物等につき権利取得裁決前に明渡裁決の申立てをしており、かつ、その土地の譲渡があった年にその建物等の譲渡があったものとして申告したときは、建物等はその年において収用等による譲渡があったものとして取り扱う。
33の4-6 措置法第33条の4第3項第3号かっこ内に規定する「当該申出を受けた者の死亡によりその者から当該資産を取得した者」とは、当該申出を受けた者から相続又は遺贈（死因贈与を含む。）により当該資産を取得した者をいうのであるから留意する。
33の4-7 公共事業施行者の買取り等の申出に関する事務に従事した者が、その公共事業施行者の本店又は主たる事務所以外の営業所、事務所その他の事業場に勤務する者であるときは、確定申告書等に添付する「買取り等の申出があったことを証する書類」は、当該事業場の長が発行したものによることができるものとする。
33の4-8 措置法規則第14条第5項第2号から第4号の2まで、第4号の5から第5号まで、第5号の12、第5号の13、第8号、第11号又は第12号《収用証明書》の規定により、事業の施行者に代わり、事業の施行者以外の者（以下この項において「代行買収者」という。）が資産の買取り等をする場合には、措置法規則第15条第2項第1号又は第2号《買取り等の申出証明書等》に規定する「買取り等の申出があつたことを証する書類」又は「買取り等があつたことを証する書類」は、当該資産の買取り等の申出又は買取り等をした代行買収者が発行するのであるが、措置法規則第14条第5項第2号から第4号の2まで、第4号の5から第5号まで、第5号の12、第5号の13、第8号、第11号又は第12号に掲げる証明書は、これらの規定に規定する者で代行買収者以外の者が発行することに留意する。（平25課資3-4、課個2-14、課法9-4、課審7-15、平29課資3-4、課個2-20、課法10-4、課審7-14、令元課資3-3、課個2-20、課法11-5、課審7-3、令2課資3-7、課個2-18、課法11-4、課審7-9改正）