措置法第37条の11の5《確定申告を要しない上場株式等の譲渡による所得》関係
（適用を受けた場合の効果）
37の11の5−1 措置法第37条の11の5第1項の規定を適用する場合には、同項に規定する選択口座(以下37の11の5−4までにおいて「選択口座」という。)につき有する同項各号に掲げる各種所得の金額又は損失の金額(以下37の11の5−4までにおいて「所得又は損失の金額」という。)は、所得税法及び所得税法令の規定の適用上、次に掲げる金額又は合計額には含まれないのであるから留意する。
(1) 同法第2条第1項第30号に規定する「合計所得金額」
(2) 同令第11条第2項及び同令第11条の2第2項に規定する「総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額」
(3) 同法第120条第1項に規定する「その年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額」
(4) 同法第121条第1項に規定する「給与所得及び退職所得以外の所得金額」
（2以上の選択口座を有する場合）
37の11の5−2 その年分に係る措置法第37条の11の4第1項の規定の適用につき2以上の選択口座を有し、それぞれの選択口座に所得又は損失の金額が生じている場合の同法第37条の11の5第1項の規定の適用については、当該選択口座ごとに行うことができるのであるから留意する。ただし、一の選択口座において同法第37条の11の3第3項第2号に規定する特定保管勘定と同項第3号に規定する特定信用取引勘定のいずれをも設定している場合には、いずれかの勘定において生じた所得又は損失の金額のみについて同法第37条の11の5第1項の規定を適用することはできないのであるから留意する。
（選択口座において生じた所得の金額等を申告する場合の計算）
37の11の5−3 選択口座において生じた所得又は損失の金額を申告する場合の株式等に係る譲渡所得等の金額の計算は次の順序により行う。
(1) まず、申告しようとする選択口座が2以上ある場合には、証券業者から交付を受けた当該選択口座に係る特定口座年間取引報告書に基づき、それぞれの特定口座年間取引報告書に記載された年間取引損益の各欄の金額を合計する。
(2) 次に、選択口座以外の特定口座との間で同様の合計計算を行う。
(3) 最後に、上記(2)により合計された年間取引損益の各欄の金額について、特定口座以外の株式等に係る譲渡所得等の金額と合計する。この場合において、特定口座年間取引報告書に記載された年間取引損益の長短等区分は37の10−3に定めるそれぞれ次に掲げる譲渡区分に該当するものとして計算する。
一般上場分及び特定信用分 一般上場
長期所有上場分 長期所有上場
長期所有上場特定分 長期所有上場特定
（選択口座において生じた所得の金額等を申告した場合の効果）
37の11の5−4 選択口座において生じた所得又は損失の金額を株式等に係る譲渡所得等の金額に算入したところにより確定申告書を提出した場合には、その後においてその者が更正の請求をし、又は修正申告書を提出する場合においても、当該所得又は損失の金額を当該株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上除外することはできないことに留意する。