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4. 措置法第37条の13《特定中小会社が発行した株式の取得に要した金額の控除等》関係

（払込みにより取得した者から贈与等により取得した場合）

37の13-1 「特定投資株式の取得に要した金額の控除等」は、措置法第37条の13第1項に規定する特定株式（以下37の13−3まで及び37の13−10において「特定株式」という。）を払込みにより取得した者に限り適用があるため、特定株式を払込みにより取得した者から当該特定株式を贈与、相続又は遺贈により取得した者については、同項の規定の適用はないことに留意する。
 なお、「特定投資株式が株式としての価値を失った場合の特例」、「特定投資株式に係る譲渡損失の損益の計算」及び「特定投資株式に係る譲渡損失の繰越控除」の規定の適用についても同様である。（平15課資3-2、平20課資3-4、課個2-33、課審6-18、平27課資3-4、課個2-19、課法10-5、課審7-13、令7課資3-3、課法11-13、課審7-8改正）

（控除対象特定株式数の計算）

37の13-2　措置法令第25条の12第3項に規定する控除対象特定株式数（次項において「控除対象特定株式数」という。）の計算における同項第2号に規定する譲渡又は贈与には、特定株式の払込みによる取得の日以前に行われたその年中の同号に規定する同一銘柄株式（次項及び37の13−８から37の13−10までにおいて「同一銘柄株式」という。）の譲渡又は贈与も含まれるのであるから留意する。（平15課資3-2、令5課資3-5、課法10-37、課審7-5、徴管6-27、令6課資3-10、課法10-40、課審7-6、令7課資3-3、課法11-13、課審7-8改正）

（払込みによる取得の後に株式の分割等があった場合の控除対象額の計算）

37の13-3 特定株式の払込みによる取得の後、その取得の日の属する年の12月31日までの期間内に、当該特定株式に係る同一銘柄株式につき分割、併合又は会社法第185条に規定する株式無償割当て（当該株式無償割当てにより当該特定株式と同一の種類の株式が割り当てられるものに限る。以下この項において同じ。）があった場合の措置法令第25条の12第2項に規定する控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額（以下この項において「控除対象額」という。）の計算は、同条第3項から第6項の規定に基づき、次のように行う。 （平15課資3-2、平18課資3-12、課個2-20、課審6-12、平19課資3-5、課個2-15、課審6-9、平21課資3-5、課個2-14、課審6-12、令5課資3-5、課法10-37、課審7-5、徴管6-27改正）

《計算例》

イ 払込みにより取得をした特定株式の取得に要した金額の合計額

1,000,000円（Aの取得）＋500,000円（Dの取得）＝　1,500,000円・・・

ロ 払込みにより取得をした特定株式の数

ハ 譲渡又は贈与をした同一銘柄株式の数

二 控除対象特定株式数

7,500株（）-3,000株（）　＝　4,500株・・・

ホ 控除対象額（その年の株式等に係る譲渡所得等の金額が限度）

（1,500,000円（）÷7,500株（））×4,500株（）　＝　900,000円

（注） 同条第5項に規定する分割又は併合の比率とは、分割又は併合後に有することとなった株式数を分割又は併合前に有していた株式数で除して得た数をいうことに留意する。したがって、上記ロ及びハの分割の比率は、2,000株÷1,000株＝2となる。

（還付の請求をすることができる金額の限度となる前年分の所得税の額）

37の13-4　措置法第37条の13第３項各号及び第６項各号に掲げる所得税の額は、各種の税額控除前の所得税の額をいうのであるが、同条第４項（同条第７項又は第９項第２号において準用する場合を含む。）に規定する還付の請求をすることができる金額の限度となる前年分の所得税の額（附帯税の額を除く。）は、措置法令第25条の８第15項（同令第25条の９第13項において準用する場合を含む。）の規定による読替え後の所得税法第120条第１項第３号に掲げる各種の税額控除後の一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額に係る所得税の額をいうことに留意する。（令和7年6月23日課資3-3、課法11-13、課審7-8追加）

（注） 当該前年分の所得税の額については、各種の税額控除につき次に掲げる所得税額から順次控除するものとして計算する。

（提出期限の意義）

37の13-5 措置法第37条の13第５項及び第８項に規定する各「提出期限」とは、それぞれ同法第２条第１項第14号《用語の意義》に規定する確定申告期限をいうことに留意する。（令和7年6月23日課資3-3、課法11-13、課審7-8追加）

（注） 措置法第２条第１項第14号に規定する確定申告期限とは、所得税法第120条第１項（同法第166条《申告、納付及び還付》において準用する場合を含む。）の規定による申告書の提出期限をいい、年の中途において死亡し、又は出国をした場合には、同法第125条第１項《年の中途で死亡した場合の確定申告》又は同法第127条第１項《年の中途で出国をする場合の確定申告》（これらの規定を同法第166条において準用する場合を含む。）の規定による申告書の提出期限をいうのであるから、同法第122条第１項《還付等を受けるための申告》の規定による申告書その他提出期限のない申告書を提出する者であっても、措置法第37条の13第３項又は第６項の規定の適用を受けるためには、原則として、その年の前年分の確定申告期限までに当該前年分の当該申告書を提出するとともに、その年分の確定申告期限までに当該年分の当該申告書を提出する必要があること、また、同条第９項第２号において準用するこれらの規定の適用を受けるためには、原則として、その年の前年分の確定申告期限までに当該前年分の当該申告書を提出する必要があることに留意する。

（還付請求書が確定申告書等と同時に提出されなかった場合）

37の13-6 措置法第37条の13第10項に規定する還付請求書が同条第３項に規定するその年分の確定申告書又は同条第６項の申告書（以下この項において「確定申告書等」という。）と同時に提出されなかった場合でも、同時に提出されなかったことについて税務署長においてやむを得ない事情があると認めるときは、これを同時に提出されたものとみなして同条第３項又は第６項の規定を適用して差し支えない。（令和7年6月23日課資3-3、課法11-13、課審7-8追加）

（注） 当該還付請求書は、通則法第２条第６号《定義》に規定する納税申告書に該当し、その法定申告期限（同条第７号に規定する法定申告期限をいう。）は、措置法第37条の13第９項第１号の還付の請求をする場合を除き、同時に提出される確定申告書等の前項に定める提出期限であることに留意する。

（端数計算）

37の13-7 措置法第37条の13第３項各号又は第６項各号に掲げる所得税の額を計算するに当たっては、通則法第118条第１項《国税の課税標準の端数計算等》及び第119条第１項《国税の確定金額の端数計算等》の規定を準用する。（令和7年6月23日課資3-3、課法11-13、課審7-8追加）

（適用年の翌年以後の取得価額の計算−控除対象特定株式の場合）

37の13-8 措置法第37条の13第１項に規定する控除対象特定株式（措置法令第25条の12第11項に規定する特例控除対象特定株式（以下この項及び次項において「特例控除対象特定株式」という。）を除く。以下この項及び次項において「控除対象特定株式」という。）の取得に要した金額の合計額につき、措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた場合又は同条第11項の規定による所得税の還付を受けた場合における、その適用を受けた年又はその還付の請求の基礎となった同条第３項に規定する特定株式控除未済額（以下この項及び次項において「特定株式控除未済額」という。）が生じた年（以下この項及び次項において「適用年」という。）の翌年以後の各年分における同条第１項の規定の適用を受けた控除対象特定株式又は当該適用年において生じた当該特定株式控除未済額に係る控除対象特定株式（以下この項において「適用控除対象特定株式」という。）に係る同一銘柄株式１株当たりの取得価額は、措置法令第25条の12第10項の規定により、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額による。（令和7年6月23日課資3-3、課法11-13、課審7-8追加）

1. (1) 適用年において当該適用控除対象特定株式と銘柄が異なる適用控除対象特定株式（(2)において「他の適用控除対象特定株式」という。）がない場合

   

2. (2) 適用年において他の適用控除対象特定株式がある場合

   

   

3. ※１　「適用控除対象額」とは、措置法規則第18条の15第14項の規定により、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額をいう。
   • �@　その年中に取得をした控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた場合（次の�Aに掲げる場合に該当する場合を除く。）　当該適用年に同項の規定の適用を受けた金額
   • �A　その年中に取得をした控除対象特定株式及び特例控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた場合　次の算式により計算した金額

     

     • Ｃ　措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた当該控除対象特定株式の取得に要した金額
     • Ｄ　措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた当該特例控除対象特定株式の取得に要した金額
4. ※２　「適用特定株式控除未済額」とは、措置法規則第18条の15第15項の規定により、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額をいう。
   • �@　その年中に取得をした控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第11項の規定による所得税の還付を受けた場合（次の�Aに掲げる場合に該当する場合を除く。）　当該還付の請求の基礎となった特定株式控除未済額
   • �A　その年中に取得をした控除対象特定株式及び特例控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第11項の規定による所得税の還付を受けた場合　次の算式により計算した金額

     

     • Ｅ　当該特定株式控除未済額に係る当該控除対象特定株式（措置法第37条の13第１項第１号又は第２号に定める特定株式に係るものに限る。）の取得に要した金額
     • Ｆ　当該特定株式控除未済額に係る当該特例控除対象特定株式の取得に要した金額
5. ※３　措置法第37条の13第１項第１号又は第２号に定める特定株式に係るものに限る。

(注)　措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けることができる者が年の中途において死亡し、その相続人等（同条第９項に規定する相続人等をいう。次項において同じ。）により被相続人に係る同条第１項の規定の適用を受ける旨の所得税法第125条に規定する申告書が提出された場合又は当該相続人等が、被相続人がその年中に取得をした控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第11項の規定による所得税の還付を受けた場合には、当該被相続人の死亡のときにおいて上記算式に準じて計算した取得価額が当該同一銘柄株式を相続又は遺贈により取得した者の取得価額となることに留意する。

（適用年の翌年以後の取得価額の計算−特例控除対象特定株式の場合）

37の13-9 特例控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき、措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた場合又は同条第11項の規定による所得税の還付を受けた場合における、適用年の翌年以後の各年分における同条第１項の規定の適用を受けた特例控除対象特定株式又は当該適用年において生じたその還付の請求の基礎となった特定株式控除未済額に係る特例控除対象特定株式（以下この項及び次項において「特例適用控除対象特定株式」という。）に係る同一銘柄株式１株当たりの取得価額は、措置法令第25条の12第11項の規定により、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額による。（令和7年6月23日課資3-3、課法11-13、課審7-8追加）

1. (1) 特例適用控除対象額(※１)及び適用特定株式控除未済額（※２）の合計額が20億円を超えた場合
   • イ 適用年において当該特例適用控除対象特定株式と銘柄の異なる特例適用控除対象特定株式（ロにおいて「他の特例適用控除対象特定株式」という。）がない場合

     

   • ロ 適用年において他の特例適用控除対象特定株式がある場合

     

   • Ａ　特例適用控除対象額(※１)及び適用特定株式控除未済額（※２）の合計額
   • Ｂ　当該特例適用控除対象特定株式の取得に要した金額
   • Ｃ　当該他の特例適用控除対象特定株式の取得に要した金額
2. (2) 特例適用控除対象額(※１)及び適用特定株式控除未済額（※２）の合計額が20億円以下であった場合
   当該特例適用控除対象特定株式に係る同一銘柄株式１株当たりの適用年の12月31日における取得価額

   ※１　「特例適用控除対象額」とは、措置法規則第18条の15第17項の規定により、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額をいう。

   • �@　その年中に取得をした特例控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた場合（次の�Aに掲げる場合に該当する場合を除く。）　当該適用年に同項の規定の適用を受けた金額
   • �A　その年中に取得をした控除対象特定株式及び特例控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた場合　次の算式により計算した金額

     

     • Ｄ　措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた当該控除対象特定株式の取得に要した金額
     • Ｅ　措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けた当該特例控除対象特定株式の取得に要した金額

   ※２　「適用特定株式控除未済額」とは、措置法規則第18条の15第18項の規定により、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額をいう。

   • �@　その年中に取得をした特例控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第11項の規定による所得税の還付を受けた場合（次の�Aに掲げる場合に該当する場合を除く。）　当該還付の請求の基礎となった特定株式控除未済額
   • �A　その年中に取得をした控除対象特定株式及び特例控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第11項の規定による所得税の還付を受けた場合　次の算式により計算した金額

     

     • Ｆ　当該特定株式控除未済額に係る当該控除対象特定株式（措置法第37条の13第１項第１号又は第２号に定める特定株式に係るものに限る。）の取得に要した金額
     • Ｇ　当該特定株式控除未済額に係る当該特例控除対象特定株式の取得に要した金額

(注)　措置法第37条の13第１項の規定の適用を受けることができる者が年の中途において死亡し、その相続人等により被相続人に係る同項の規定の適用を受ける旨の所得税法第125条に規定する申告書が提出された場合又は当該相続人等が、被相続人がその年中に取得をした特例控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額につき措置法第37条の13第11項の規定による所得税の還付を受けた場合には、当該被相続人の死亡のときにおいて上記算式に準じて計算した取得価額が当該同一銘柄株式を相続又は遺贈により取得した者の取得価額となることに留意する。

（特例適用控除対象特定株式の譲渡の判定）

37の13-10 措置法令第25条の12第12項の規定の適用対象となる特例適用控除対象特定株式の同項に規定する譲渡をした場合に該当するかどうかの判定に当たっては、次の点に留意する。（令和7年6月23日課資3-3、課法11-13、課審7-8追加）

1. (1)　 当該譲渡の直前において、特例適用控除対象特定株式及び当該特例適用控除対象特定株式に係る同一銘柄株式のうち、払込みにより取得をした特定株式（特例適用控除対象特定株式に該当するものを除く。）、払込み以外の方法により取得をした特定株式又は特定株式に該当しないものを有する場合には、措置法令第25条の12第13項及び第25条の12の３第12項の規定により、まず、当該譲渡の直前における当該同一銘柄株式に係る同条第15項に規定する特定残株数に達するまでの部分に相当する数につき、当該特例適用控除対象特定株式、当該払込みにより取得をした特定株式の順序で譲渡をしたものとされること。
2. (2)　 当該譲渡の直前において、同一銘柄の特例適用控除対象特定株式のうちに２以上の年にわたって取得をしたものを有する場合には、措置法令第25条の12第13項の規定により、先に取得をしたものから順次譲渡をしたものとされること。
3. (注)１　措置法令第25条の12第12項に規定する適用年の翌年１月１日から同項に規定する譲渡をするまでの間において、特例適用控除対象特定株式に係る同一銘柄株式の贈与をした場合における上記判定に当たっては、当該贈与をした株式は、上記(1)に準じた順序で贈与をしたものとするとともに、当該贈与の直前において、同一銘柄の特例適用控除対象特定株式のうちに２以上の年にわたって取得をしたものを有する場合には、後に取得をしたものから順次贈与をしたものとして取り扱う。
4. ２　上記判定に基づき措置法令第25条の12第12項に規定する譲渡をしたものとされる特例適用控除対象特定株式の数が、同項第２号イ及びロにおける「当該譲渡をした当該特例適用控除対象特定株式の数」となることに留意する。