65の6-1 措置法第65条の６の規定による5,000万円の限度額は、完全支配関係法人グループ（当該法人及び同条に規定する完全支配関係法人（以下「完全支配関係法人」という。）によって構成されたグループをいう。以下同じ。）全体の年を通ずる損金算入限度額であるから、当該法人に完全支配関係法人がある場合における各年に係る損金算入限度額の計算に当たっては、次のことに留意する。（令４年課法２−14｢五十三」により追加）
(1) 当該法人の当該年中にした譲渡に係る個別控除適用額（同条の適用対象となる措置法第65条の２第１項、第２項若しくは第７項、第65条の３第１項、第65条の４第１項、第65条の５第１項又は第65条の５の２第１項の規定の適用を受けて損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額をいう。以下同じ。）の合計額が5,000万円を超えない場合であっても、当該法人及び完全支配関係法人の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額（完全支配関係法人グループに属している期間中にした譲渡に係る個別控除適用額をいう。以下同じ。）の合計額が5,000万円を超えるときには、その超える部分の金額（以下「グループ超過額」という。）については措置法第65条の６の規定の適用がある。
(2) 当該法人が当該年中に完全支配関係法人グループに加入し、又は完全支配関係法人グループから離脱した法人である場合、当該法人は、次に掲げる金額の合計額を損金の額に算入することができる。ただし、当該合計額が5,000万円を超える場合には、その超える部分の金額は、当該法人の損金の額に算入しない。
イ 当該法人の当該加入前又は当該離脱後にした譲渡（当該年中にしたものに限る。）に係る個別控除適用額の合計額
ロ 当該法人の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額の合計額から当該合計額のうち同条の規定により損金不算入とされる金額を除いた金額
(3) (1)の各特別控除の規定の適用がある譲渡が同一事業年度中に２以上あり、かつ、これらの譲渡が年を異にして行われたときは、各年中にした譲渡に係る個別控除適用額についてそれぞれ同条の規定の適用がある。
65の6-2 当該法人及び完全支配関係法人の各年のグループ個別控除適用額に係る譲渡が２以上あり、かつ、これらの譲渡の日の属する当該法人及び完全支配関係法人の事業年度終了の日が異なる場合における措置法第65条の６の規定の適用については、次のことに留意する。（令４年課法２−14｢五十三」により追加）
(1) 当該法人及び完全支配関係法人の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額は、先行して終了する当該法人又は完全支配関係法人の事業年度から順次、損金の額に算入し、当該法人及び完全支配関係法人の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額の合計額が5,000万円を超えることとなった場合には、その超えることとなった当該法人又は完全支配関係法人の事業年度（以下「超過事業年度」という。）終了の日以前に終了した各事業年度（当該年中に終了した事業年度に限る。）について、同条の規定によるグループ超過額のあん分計算を行い、当該法人又は完全支配関係法人に配賦されるグループ超過額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。この場合において、当該配賦されるグループ超過額が、当該法人又は完全支配関係法人の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額の合計額から当該合計額のうち当該法人又は完全支配関係法人の超過事業年度終了の日前に終了した事業年度（当該年中に終了したものに限る。）において既に損金の額に算入された金額の合計額を控除した金額を超える場合は、当該事業年度に遡って、当該事業年度の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額について損金の額に算入された金額の修正を行う。
(注) 超過事業年度終了の日後に終了する当該法人又は完全支配関係法人の事業年度において新たにグループ個別控除適用額が生ずる場合には、再度同条の規定によるグループ超過額のあん分計算をすることとなる。
(2) (1)の取扱いにかかわらず、当該法人又は完全支配関係法人のうち、超過事業年度終了の日に終了する事業年度の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額がある全ての法人が、当該配賦されるグループ超過額を次の算式により計算して、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しないこととしている場合で、完全支配関係法人グループに属する全ての法人が、同日前に終了した事業年度にそのグループ超過額を配賦せず、かつ、同日後に終了する事業年度にした譲渡（当該年中にした譲渡で完全支配関係法人グループに属している期間中にしたものに限る。）について65の６−１(1)の各特別控除の規定の適用をしない場合には、これを認める。
（算式）
| グループ 超過額 |
× | 超過事業年度終了の日に終了する当該法人又は完全支配関係法人の事業年度の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額の合計額 |
| 超過事業年度終了の日に終了する当該法人又は完全支配関係法人の事業年度の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額の合計額と同日に終了する完全支配関係法人グループに属する他の法人の事業年度の当該年中にした譲渡に係るグループ個別控除適用額の合計額とを合計した金額 |