第6款 その他
（民法上の組合が行った土地等の譲渡）
62の3（6）-1 民法上の組合が土地等の譲渡をした場合には、当該土地等の譲渡に係る対価の額、原価の額及び経費の額は、各組合員の持分に応じ、それぞれ各組合員に対応する額を計算し、各組合員において措置法第62条の3の規定を適用するものとする。（平3年課法2-4「十九」により追加）
（注） 土地の所有者及び建築業者等が、それぞれ土地又は建築資金を出資して建物を建築し、これを共同で譲渡してその利益をそれぞれの持分に応じて分配する民法上の組合契約を締結している場合には、土地所有者が建築業者から取得する建物の持分及び建築業者等が土地所有者から取得する土地の持分は、当該建物を第三者に譲渡した時に、その持分の算定の基礎とした価額により、それぞれ譲渡及び取得があったものとした上、本文の取扱いを適用する。
（匿名組合等が行った土地等の譲渡）
62の3（6）-2 法人を営業者とする匿名組合が土地等を譲渡した場合における措置法第62条の3第1項又は第9項の規定の適用については、当該営業者である法人にその譲渡利益金額の全額が帰属するものとして計算するのであるが、この場合においてその匿名組合員に対する利益の配当は、当該譲渡利益金額の計算上直接又は間接に要した費用の額に算入しないものとする。
法人が融資を受けて土地の購入、造成及び譲渡をしている場合（融資者と民法上の組合契約を締結している場合を除く。）において、当該融資をした者に対する支払額があらかじめ定められた融資期間に対応する利率を基に計算されていないため支払利子ではなく、譲渡利益金額の分配であると認められるときも同様とする。（平3年課法2-4「十九」により追加、平5年課法2-1「二十二」、平6年課法2-5「三十三」、平29年課法2−17「二十五」により改正）
（注） 匿名組合員が分配を受ける金額又は融資をした者が受ける分配額については、措置法第62条の3第1項又は第9項の規定は適用しない。
（縄伸び等により収益の額に異動が生じた場合の調整）
62の3（6）-3 法人が土地等の譲渡をし、後日実測面積によりその土地代金の精算をすることとしている場合において、その譲渡の日を含む事業年度（以下「譲渡事業年度」という。）後の事業年度においてその代金が確定したときは、当該土地等の譲渡につき譲渡事業年度にその確定金額で譲渡したものとして計算される譲渡利益金額に対する税額と譲渡事業年度の現況により申告した譲渡利益金額に対する税額との差額に相当する税額は、当該代金の確定があった日を含む事業年度の法人税額に加算し、又は減算するものとする。（平3年課法2-4「十九」により追加、平15年課法2-7「五十八」、平28年課法2-11「三十二」、令4年課法2−14「四十四」により改正）
（注） 当該確定のあった日を含む事業年度の翌事業年度において法第71条若しくは第144条の3の規定による中間申告をする場合の中間納付額又は当該確定のあった日を含む事業年度を法第80条第1項若しくは第144条の13第1項第1号若しくは第2号若しくは第2項に規定する還付所得事業年度としてこれらの規定による還付請求をする場合の還付請求金額は、本文の取扱いによる加算又は減算がなかったものとした場合の法人税額を基礎として計算することに留意する。
（見積もった原価の額が増加した場合等の調整）
62の3（6）-4 法人が譲渡事業年度において土地等の原価の額が確定しないため原価の額を見積って譲渡利益金額の計算をした場合（当該譲渡事業年度が基本通達2-2-2の（1）に定める事業年度である場合を除く。）において、その後の事業年度（譲渡事業年度終了の日から3年以内に終了した事業年度に限る。）において見積もった原価の額が確定し当該譲渡利益金額が減少したときは、法人の申告を条件に、62の3（6）-3に準じて当該原価の額が確定した事業年度の法人税の額を調整することができるものとする。
譲渡事業年度後の事業年度において売上値引きをした場合も、同様とする。（平3年課法2-4「十九」により追加、平15年課法2-7「五十八」、令4年課法2−14「四十四」により改正）
（注） 当該譲渡利益金額が減少した場合においてこの取扱いによっていないとき及び譲渡事業年度終了の日から3年を経過した日以後に終了する事業年度においてその額が確定し当該譲渡利益金額が減少した場合には、増加した原価の額はその額が確定した事業年度の販売費及び一般管理費とする。
（契約の解除があった場合の更正の請求）
62の3（6）-5 譲渡利益金額につき特別税率が適用された土地等の譲渡について、その後の事業年度において契約が解除された場合（再売買と認められる場合を除く。）には、譲渡事業年度の当該譲渡に係る土地譲渡利益金額に対する税額について、通則法第23条第2項の規定による更正の請求をすることができる。（平3年課法2-4「十九」により追加、平15年課法2-7「五十八」により改正）
（取得の日の引継ぎの特例の適用を受ける土地等の区分）
62の3（6）-6 法人の有する一筆の土地等のうちに、措置法令第38条の4第39項第2号から第5号までの規定による取得の日の引継ぎの特例の適用を受ける部分とその適用を受けない部分とがある場合において、当該土地等の一部を譲渡したときは、当該規定の適用を受ける部分とその適用を受けない部分とが平均的に譲渡されたものとして取り扱う。（平3年課法2-4「十九」により追加、平5年課法2-1「二十二」、平6年課法2-5「三十三」、平14年課法2-1「四十六」、平15年課法2-7「五十八」、平15年課法2-22「二十九」、平16年課法2-14「十八」、平17年課法2-14「二十四」、平19年課法2-3「三十八」、平20年課法2-1「二十八」、平29年課法2−17「二十五」、令元年課法2-10「三十二」、令4年課法2−14「四十四」により改正）
（土地等以外の資産がある場合の取得日）
62の3（6）-7 法人の有する土地等が措置法令第38条の4第39項第3号から第5号までの規定の適用を受けた代替資産又は交換取得資産（以下「代替資産等」という。）である場合において、当該代替資産等に係る譲渡資産のうちに土地等以外の資産があるときは、まず譲渡資産に含まれている土地等の取得の日をこれらの号に掲げる代替資産等の取得の日として取り扱う。（平3年課法2-4「十九」により追加、平5年課法2-1「二十二」、平6年課法2-5「三十三」、平14年課法2-1「四十六」、平15年課法2-7「五十八」、平15年課法2-22「二十九」、平16年課法2-14「十八」、平17年課法2-14「二十四」、平19年課法2-3「三十八」、平20年課法2-1「二十八」、平29年課法2−17「二十五」、令元年課法2-10「三十二」、令4年課法2−14「四十四」により改正）
（取得日の異なる土地等がある場合の区分）
62の3（6）-8 法人の有する土地等が措置法令第38条の4第39項第3号から第5号までの規定の適用を受けた代替資産等である場合において、当該代替資産等に係る譲渡資産の取得の日が2以上あるときは、その取得の日の異なる譲渡資産が平均的に対応するものとして取り扱う。（平3年課法2-4「十九」により追加、平5年課法2-1「二十二」、平6年課法2-5「三十三」、平14年課法2-1「四十六」、平15年課法2-7「五十八」、平15年課法2-22「二十九」、平16年課法2-14「十八」、平17年課法2-14「二十四」、平19年課法2-3「三十八」、平20年課法2-1「二十八」、平29年課法2−17「二十五」、令元年課法2-10「三十二」、令4年課法2−14「四十四」により改正）
（注） この場合、平均的に対応する部分の計算は62の3（6）-7により、まず、譲渡資産に含まれる土地等の取得の日によるものとその他の譲渡資産の取得の日によるものとに区分し、その区分ごとに次による。
（譲渡利益金額から控除する損金算入額）
62の3（6）-9 資産の譲渡につき措置法第64条から第65条の5までの規定の適用を受けた場合に、当該譲渡した資産が一般土地等と当該土地等以外の資産とであるとき（64（3）-1により差益割合を計算している場合に限る。）における措置法第62条の3第10項の規定により同項の土地等の譲渡に係る譲渡利益金額から控除する損金算入額は、これらの規定による損金算入額のうち一般土地等の譲渡利益金額に達するまでの金額による。（平3年課法2-4「十九」により追加、平5年課法2-1「二十二」、平6年課法2-5「三十三」、平14年課法2-1「四十六」、平15年課法2-7「五十八」、平29年課法2−17「二十五」、令4年課法2−14「四十四」により改正）
（開発許可等を受けることができると見込まれる日の認定）
62の3（6）-10 措置法令第38条の4第34項から第36項までに規定する「開発許可等を受けることができると見込まれる日」は、一の事業ごとに所轄税務署長が認定するのであるから、当該認定した日（以下62の3（6）-10において「認定日」という。）は、同条第33項に規定する確定優良住宅地造成等事業を行う個人又は法人に対する当該一の事業に係る全ての土地等の譲渡について同一となることに留意する。（平6年課法2-5「三十三」により追加、平14年課法2-1「四十六」、平15年課法2-7「五十八」、平15年課法2-22「二十九」、平16年課法2-14「十八」、平17年課法2-14「二十四」、平19年課法2-3「三十八」、平20年課法2-1「二十八」、平21年課法2-5「十九」、平23年課法2-17「三十一」、平29年課法2−17「二十五」、令元年課法2-10「三十二」、令2年課法2-17「二十二」により改正）
（注） 当該認定日の属する年の12月31日において当該土地等の譲渡が措置法第62条の3第4項第13号から第16号までに掲げる土地等の譲渡に該当しないこととなったときは、同条第5項の規定の適用を受けた当該一の事業に係る全ての土地等の譲渡について、同条第9項の規定を適用することに留意する。
（予定期間内において優良住宅地等のための譲渡に該当しないこととなった場合の取扱い）
62の3（6）-11 措置法第62条の3第5項の規定の適用を受けた土地等の譲渡の全部又は一部が同項に規定する予定期間（以下62の3（6）-11において「予定期間」という。）の中途において同条第4項第13号から第16号までに掲げる土地等の譲渡に該当しないこととなった場合においても、予定期間の末日を含む事業年度において同条第9項の規定を適用することに留意する。（平5年課法2-1「二十二」により追加、平6年課法2-1「三十」、平6年課法2-5「三十三」、平14年課法2-1「四十六」、平15年課法2-7「五十八」、平15年課法2-22「二十九」、平16年課法2-14「十八」、平17年課法2-14「二十四」、平20年課法2-1「二十八」、平21年課法2-5「十九」、平29年課法2−17「二十五」、令2年課法2-17「二十二」、令4年課法2−14「四十四」により改正）
（証明書類の添付がなかったことについてやむを得ない事情がある場合の除外規定の適用）
62の3（6）-12 法人が、措置法第62条の3第4項又は第5項の規定の適用を受ける旨の確定申告書等に措置法規則第21条の19第2項各号又は第９項各号に掲げる書類を添付していない場合であっても、当該確定申告書等の提出後にこれらの書類が提出され、かつ、その添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認められるときは、措置法第62条の3第4項又は第5項の規定の適用を認めて差し支えない。（平11年課法2-9「四十」により追加、平14年課法2-1「四十六」、平15年課法2-22「二十九」、平26年課法2-6「三十三」、平27年課法2-8「二十三」、平28年課法2-11「三十二」、令2年課法2-17「二十二」、令5年課法2−8「十七」により改正）
（信託財産に属する土地等の譲渡に係る証明書類の添付）
62の3（6）-13 受益者等課税信託（法第12条第1項に規定する受益者（同条第2項の規定により同条第1項に規定する受益者とみなされる者を含む。以下62の3（6）-13において「受益者等」という。）がその信託財産に属する資産及び負債を有するものとみなされる信託をいう。）の受益者等である法人が、信託財産に属する土地等の譲渡について措置法第62条の3第4項又は第5項の規定の適用を受ける場合には、これらの項の規定により、措置法規則第21条の19第2項各号又は第９項各号に掲げる書類をその確定申告書等に添付する必要があるのであるが、その添付に当たっては、これらの書類が当該法人の有する信託財産に属する土地等の譲渡に係るものである旨の受託者の証明を受けるものとする。（平19年課法2-5「三」により追加、平26年課法2-6「三十三」、平27年課法2-8「二十三」、平28年課法2-11「三十二」、令2年課法2-17「二十二」、令5年課法2−8「十七」により改正）