59の3(3)−1 措置法第59条の３第１項第１号イに規定する「その契約において特許権譲渡等取引の対価の額が明らかにされている場合」に該当するかどうかは、原則として、個々の特定特許権等（同条第２項第２号に規定する特定特許権等をいう。以下同じ。）に係る取引ごとに判定するのであるが、特定特許権等の譲渡又は貸付け（特定特許権等に係る権利の設定その他他の者に特定特許権等を使用させる行為を含む。以下同じ。）に係る契約において複数の特定特許権等が一括して譲渡又は貸付けの対象とされている場合（個々の特定特許権等の譲渡又は貸付けについて対価の額が算定されておらず、その一括して譲渡又は貸付けをした特定特許権等の対価の額が算定されている場合に限る。）には、その一括して対象とされている譲渡又は貸付けを一の取引として判定を行うこととして差し支えない。（令７年課法2-7「十四」により追加）
(注) 本文に定めるところにより区分した単位を一の取引の単位とすることとした場合には、当該単位により同条第１項第１号に掲げる金額の計算を行うことに留意する。
59の3(3)−2 措置法第59条の３第１項第１号イに規定する特許権譲渡等取引（以下「特許権譲渡等取引」という。）に係る契約において、特定特許権等の譲渡又は貸付けと当該特定特許権等に係るノウハウ又はデータの譲渡又は貸付けその他役務の提供（以下「ノウハウ等の譲渡等」という。）とがあわせて行われる場合には、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額は、原則として、措置法令第35条の３第２項に規定する「特許権譲渡等取引（……）に係る収益の額として当該対象事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入される金額」に含まれないことに留意する。（令７年課法2-7「十四」により追加）
(1) 特定特許権等の譲渡又は貸付けに係る対価の額とノウハウ等の譲渡等に係る対価の額とが契約において区分されている場合 当該ノウハウ等の譲渡等に係る対価の額に係る収入金額
(2) 上記(1)に掲げる場合以外の場合 当該特許権譲渡等取引に係る全ての収入金額
(注) 特定特許権等の譲渡又は貸付けとあわせてノウハウ等の譲渡等が行われる場合であっても、当該ノウハウ等の譲渡等が、通常単独では取引の対象とならないものであり、かつ、当該ノウハウ等の譲渡等がなければ、当該取引の対象となる特定特許権等の利用が困難であると認められる場合など、当該ノウハウ等の譲渡等が当該特定特許権等の譲渡又は貸付けの一環として行われるに過ぎないと認められる場合には、当該ノウハウ等の譲渡等を含めた取引に係る収入金額を特許権譲渡等取引に係る収入金額として取り扱って差し支えない。
59の3(3)−3 法人が特許権譲渡等取引を行った事業年度（以下「取引年度」という。）後の事業年度において当該特許権譲渡等取引の対価の額につき値引き、割戻しその他当該対価の額が減少することとなる事実（以下「値引き等」という。）があった場合には、取引年度に遡って当該値引き等があった特許権譲渡等取引に係る措置法第59条の３第１項の規定による損金算入額の修正を行うものとする。（令７年課法2-7「十四」により追加）