59の3(2)−1 措置法令第35条の３第１項に規定する建物の附属設備は、建物とともに取得をする場合における建物附属設備に限られないことに留意する。（令７年課法2-7「十四」により追加）
59の3(2)−2 措置法第59条の３の規定の適用上、同条第２項第４号に規定する研究開発費の額（以下「研究開発費の額」という。）の計算上控除される同号の「他の者から支払を受ける金額」には、次に掲げる金額を含むものとする。（令７年課法2-7「十四」により追加）
(1) 国等からその研究開発費の額に係る費用に充てるため交付を受けた補助金（法第42条第１項に規定する国庫補助金等を含む。）の額
(2) 国立研究開発法人科学技術振興機構と締結した新技術開発委託契約に定めるところにより、同機構から返済義務の免除を受けた開発費の額（当該免除とともに金銭の支払をした場合には支払った金銭を控除した額）から引渡した物件の帳簿価額を控除した金額
(3) 委託研究費の額
(注)1 国庫補助金等の額を法第43条第１項に規定する特別勘定を設ける方法により経理した場合又は同条第６項に規定する期中特別勘定を設けた場合には、当該国庫補助金等の額は、これらの項の規定の適用を受ける事業年度においては「他の者から支払を受ける金額」には含めないものとし、同条第３項の規定により益金の額に算入する日を含む事業年度において、当該益金の額に算入する金額（当該事業年度において返還すべきことが確定したことにより益金の額に算入する金額を除く。）を「他の者から支払を受ける金額」に含める。
2 法第42条第１項若しくは第５項又は第44条第１項若しくは第４項の規定により研究開発用の固定資産につき損金の額に算入した金額は、その損金の額に算入した日を含む事業年度の研究開発費の額に含める。
59の3(2)−3 措置法第59条の３第２項第４号イの「研究開発費として損金経理」をした金額には、研究開発費の科目をもって経理を行っていない金額であっても、法人の財務諸表の注記において研究開発費の総額に含まれていることが明らかなものが含まれるものとする。
措置法規則第21条の17の２第８項第２号の「研究開発費として損金経理」をした金額についても、同様とする。（令７年課法2-7「十四」により追加）
59の3(2)−4 措置法令第35条の３第８項に規定する「経済的な性質が利子に準ずるもの」には、基本通達２−１−34の調整差額で損金の額に算入されるものが含まれることに留意する。（令７年課法2-7「十四」により追加）
59の3(2)−5 措置法規則第21条の17の２第８項第１号に規定する「償却費として損金経理をした金額」には、基本通達７−５−１又は７−５−２の取扱いにより償却費として損金経理をした金額に該当するものとされる金額が含まれることに留意する。（令７年課法2-7「十四」により追加）
(注) 基本通達７−５−３の取扱いにおけるその確定した決算において法第64条の２第１項に規定するリース資産に係る同通達に定める使用権資産の減価償却費として経理した金額についても、同様とする。