3−1 法令附則第17条第1項《適格退職年金契約の承認申請》又は措令第39条の36第5項の規定により適格年金契約の承認を受けようとする場合の申請書及び法令附則第17条第6項《適格退職年金契約の承認届出》又は措令第39条の36第12項の規定により適格年金契約の承認を受けようとする場合の届出書（以下当該申請書及び届出書（変更契約に係るものを含む。）を「申請書等」という。）の様式は、第1号様式「適格退職年金契約の承認申請書（届出書）」とする。
ただし、一般適格年金契約を特例適格年金契約に変更する場合における措令第39条の36第5項又は第12項の規定により特例適格年金契約の承認を受けようとするときの申請書等の様式は、3−2による。（平12年査調4-30、平14年査調4-13により改正）
（注） 適格年金契約の変更と同時に、新たに締結した年金指定信託契約若しくは年金指定金銭信託契約（以下「年金指定単契約」という。）、又は年金特定信託契約若しくは年金特定金銭信託契約（以下「年金特定契約」という。）について適格年金契約の承認を受けようとする場合の申請書等の様式は、上記にかかわらず、第2号の2様式「（特例）適格退職年金契約の承認申請書（届出書）及び変更の承認申請書（届出書）」とする。
3−2 適格年金契約の変更に係る申請書等の様式は、次による。（平12年査調4-30、平14年査調4-13により改正）
(1) 法令附則第17条第4項若しくは第7項《適格退職年金契約を変更する場合の承認申》又は措令第39条の36第5項、第8項、第9項、第12項若しくは第13項《特例適格退職年金契約を変更する場合の承認申請》の規定により提出する申請書等（第5項及び第12項の規定により提出する申請書等は3−1のただし書に規定する場合に限る。)の様式は、その契約の種類に応じて第2号様式「適格退職年金契約の変更の承認申請書（届出書）」とする。
(2) 法令附則第17条第6項又は措令第39条の36第12項の規定により適格年金契約の承認を受けた契約の変更のうち、3−9に定める事項を変更した場合の届出書の様式は、第2号様式「適格退職年金契約の変更の承認申請書（届出書）」とする。
(注) 適格年金契約に係る変更事項が二以上ある場合において、そのうちの一が申請書を提出すべき変更事項に該当するときは、他の変更事項が届出書の提出区分に該当するときであっても、すべての変更事項を申請書に記載してその提出を受けるものとする。
3−3 法規附則第6条第3項《適格退職年金契約の承認申請書の記載事項等の変更届》若しくは租税特別措置法施行規則（以下「措規」という。）第22条の21第3項《特例適格退職年金契約の承認申請書の記載事項等の変更届》に規定する承認申請書の記載事項等に変更が生じたときの届出書又は措令第39条の36第16項《特例適格退職年金契約に係る人数要件の届》に規定するその満たさない旨を記載した届出書その他の変更事項に係る届出書（以下これらを「諸届」という。）の様式は、次による。（平12年査調4-30、平13年査調4-33、平14年査調4-13により改正）
(1) 法規附則第6条第3項又は措規第22条の21第3項の規定による変更事項の届出書の様式は、第3号様式「異動事項の届」とする。
(2) 適格年金契約を解除した場合の届出書の様式は、第4号様式「適格退職年金契約の解除届」とする。
(3) 特例適格年金契約が措令第39条の36第4項第1号イ又はロの人数要件を満たさないこととなった場合における同条第16項に規定する届出書の様式は、第5号様式「特例適格退職年金契約に係る人数要件の届出書」とする。
（注） 上記(1)及び(2)の届出書については、所要事項を記載した連記式の様式でも差し支えない。
3−4 申請書等又は諸届の提出を受ける場合の添付書類その他の参考資料については、次による。（平12年査調4-30、平14年査調4-13により改正）
(1) 申請書等又は諸届の目録等
申請書等又は諸届の提出を受ける場合には、次の申請書等及び諸届の区分に応じそれぞれ次の目録又は一覧表（以下「目録等」という。）の提出を受けるものとする。
イ 申請書 第6号様式「適格退職年金契約の承認申請書目録」
ロ 届出書 第7号様式「適格退職年金契約の届出書一覧表」
ハ 特例適格年金契約に係る人数要件の届出書 第8号様式「特例適格退職年金契約に係る人数要件の届出書一覧表」
(2) 申請書等の添付書類
新規契約又は変更契約の区分に応じ、それぞれ別表に定める「申請書等の添付書類」の添付を受けるものとする。
(3) 申請書等の審査結果等を明らかにした書類
適格年金契約の承認申請に当たっては、その申請書等と併せて当該承認申請の内容が法令附則第16条第1項各号《適格退職年金契約の適格要件》及び措令第39条の36第4項各号に掲げる要件を満たしていることにつき、受託機関が審査した結果を明らかにした書面の添付を受けるものとする。
（注） この場合の添付する書面については、次による。
1 当該年金契約の基礎となった退職年金規程が労働協約により定められているとき又は使用人全員の同意を得て定められているものであるときは、その旨を明記する。
2 審査を担当する職員の職名（当該担当者が保険計理人、共済計理人又は社団法人日本アクチュアリー会の正会員等であるときはその旨を付記すること。）及び氏名並びに数理関係の審査担当とその他の審査担当の別に法令附則第16条第1項各号及び措令第39条の36第4項各号に掲げる要件を満たしているかどうかの審査を了した旨を明記する。
3−5 国税庁長官は、申請書等及び諸届を次に掲げる日の翌月末日（特例適格年金契約に係る人数要件の届出書については毎年6月末日）までに受託機関から提出を受けるものとする。
ただし、3−6に掲げるような事由がある場合はこの限りでない。（平14年査調4-13により改正）
(1) 申請書等 退職年金規程の施行日（財政再計算及び財政再計算に併せて行う変更の場合は、財政再計算日から6か月以内の再計算終了の日）
(2) 諸届
イ 異動事項の届 異動の事実が生じた日
ロ 契約の解除届 契約を解除した日
(注) 申請書等及び諸届の受理等については、次のことに留意する。
1 法規附則第6条第1項第1号若しくは第2号《適格退職年金契約の承認申請書の記載事項》又は措規第22条の21第1項第1号若しくは第2号《特例適格退職年金契約の承認申請書の記載事項》に掲げる事項に変更があった場合には、上記の期限に関わらず速やかに変更届の提出を受けるものとする。
2 上記の(1)又は(2)に掲げた日が、日曜日、国民の祝日に関する法律（昭和23年法律第 178号)に規定する休日その他一般の休日又は国税通則法施行令第2条第2項《期限の特例》に規定する日に当たるときは、これらの日の翌日までに提出を受けるものとする。
3−6 国税庁長官は、申請書等又は諸届を3−5に掲げる日までに受理することができない次に掲げるような事由がある場合には、当該申請書等を提出することができることとなる日等を記載した第9号様式「（特例）適格退職年金契約の の提出の延長届」の提出を受けるものとする。（平14年査調4-13により改正）
(1) 災害
(2) 合併又はこれに準ずる事実
(3) その他やむを得ない事由
3−7 次に掲げる事実が生じたことにより締結した契約に係る法規附則第5条第1項各号の適用は、それぞれ次により取り扱うこととなることに留意する。（平14年査調4-13により追加、平18年査調4−4により改正）
(1) 複数の法人が共同して受託機関と適格年金契約を締結している場合において、当該契約に係る法人の合併（法人を設立する合併に限る。）が行われ、当該合併により設立された法人が当該適格年金契約に係る受益者等を受益者等とする退職年金に関する契約を締結したときの当該契約は、法規附則第5条第1項第2号に規定する退職年金に関する契約に該当する。
(2) 法規附則第5条第1項第3号に規定する分割には、適格年金契約を締結している法人である複数の事業主が法令第4条の2第4項第1号《適格組織再編成における要件》に規定する複数新設分割を行った場合の当該複数新設分割が含まれるが、適格年金契約を締結している法人である事業主が適格年金契約を締結していない法人である事業主との間で複数新設分割を行った場合の当該複数新設分割はこれに該当しない。
(3) 例えば、個人である事業主がいわゆる法人成した場合の当該法人は、法規附則第5条第1項第6号に規定する実質的に同一である者に該当する。
3−8 適格年金契約を締結している事業主に関して合併等があった場合において、やむを 得ない事情により、合併法人、分割承継法人又は営業の譲渡を受けた者（以下これらを「合併法人等」という。）がその使用人全員を対象とした退職年金契約を締結することが困難であると認められるときは、合併等前のいずれかの法人に係る使用人を対象とした退職年金契約に基づき、申請書等を提出することができる。（平13年査調4-33、平14年査調4-13により改正）
(注) 合併法人等がこの規定の適用を受けた日以後にその使用人全員を対象とした退職年金契約を締結したときであっても、合併等が合併法人等又は被合併法人等（被合併法人、分割法人又は営業の譲渡を行った者をいう。）のいずれかの法人等が合併等の日（合併の日、分割の日又は営業の譲渡の日をいう。）前において適格年金契約を締結していない法人等の間で行われたものである場合には、その締結した退職年金契約は適格年金契約として承認を受けることができないことに留意する。
3−9 適格年金契約の変更は、当該契約の締結後又は前回の変更後1年以内はできないものとする。ただし、次に掲げる場合はこの限りでない。（平12年査調4-30、平14年査調4-13により改正）
(1) 財政再計算に伴う退職年金規程の変更があった場合
(2) 定年年齢の変更があった場合
(3) 給料又は賃金等の体系に変更があったことに伴い年金給付額の算定の基礎となる基準給与を変更した場合
(4) 合併等の事実が生じた場合
(5) 共同委託者の追加又は脱退があった場合
(6) 給付の増額等に係る変更時期を労働組合等との協定により変更した場
(7) 年金数理計算時において予測できなかった事由等が発生したことに起因して年金積立金が不足し、給付に必要な原資の額を一時に払い込む必要が生じた場合
(8) 加入者が次に掲げる他の年金等の制度（以下「他の年金等の制度」という。）の加入員等となったため、又は既に中小企業退職金共済契約以外の他の年金等の制度の加入員等となっている者に係る適格年金契約に基づく給付の額の一部を当該他の年金等の制度に係る給付の額に含めるため、当該適格年金契約の一部を解除する場合
イ 厚生年金基金
ロ 確定給付企業年金
ハ 他の適格年金契約
ニ 中小企業退職金共済契約又は所得税法施行令第73条第1項第1号《特定退職金共済団体の要件》に規定する退職金共済契約
ホ 確定拠出年金法第2条第2項《定義》に規定する企業型年金
(9) 受託機関の間で要留保額の移受管を行った場合
3−10 定型的な契約書の範囲内における適格年金契約の変更の取扱いは、次による。（平成14年査調4-13により改正）
(1) 法令附則第17条第7項及び措令第39条の36第13項に規定する定型的な契約書（その附属明細書を含む。以下同じ。）の範囲内における変更とは、法令附則第17条第6項及び措令第39条の36第12項の規定により承認された適格年金契約について行われる次に掲げる事項がこれに該当する。
イ 加入者となる資格（加入者となる資格の取得期間の延長を除く。）の変更
ロ 給付に関する事項（給付の種類の廃止、受給資格の取得基準の引上げ及び給付額の減額を除く。）の変更
ハ 予定脱退率又は予定昇給率の変更
ニ 受託機関の間で要留保額の移受管を行う変更
ホ その他適格要件に関連する次の事項の変更
(イ) 定年年齢又は通常の退職年齢
(ロ) 年金給付額算定の基礎となる基準給与
(ハ) 休職期間等の取扱い
(ニ) 使用人の転籍又は出向に関する取扱い
(ホ) 共同委託者
(ヘ) 年金の受給権を取得した者に関する規定
(2) (1)に該当しない事項の変更であっても、当該契約が法令附則第17条第6項又は措令第39条の36第12項に規定する定型的な契約書によるものであり、かつ、3−4(3)の注1に定める事項を明記したときは、法令附則第17条第7項又は措令第39条の36第13項に規定する届出書の提出により承認があったものとして変更することができるものとする。この場合において、当該契約の変更が給付の額の減額を行うものであるときは、同注書に定める「使用人全員の同意」とあるのは1−26に準じて取り扱うものとする。