第15章 申告、納付、還付等

(相続等があった場合の中間申告)

15−1−1 課税事業者である個人事業者(法第19条第1項第3号又は第3号の2《課税期間の特例》の規定による届出書を提出した個人事業者を除く。以下15−1−1において同じ。)が、相続により被相続人の事業を承継した場合であっても、当該個人事業者については、当該個人事業者の当該直前の課税期間に係る確定消費税額(法第42条第1項第1号、第4項第1号又は第6項第1号《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》に規定する消費税額をいう。以下この節において同じ。)に基づき法第42条第1項、第4項又は第6項の規定が適用されるのであるから留意する。(平13課消1−5、平15課消1−37、平27課消1-17により改正)

(注) 分割があった場合の分割承継法人についても同様である。

(前課税期間の確定消費税額がない場合の任意の中間申告)

15−1−1の2 法第42条第8項《任意の中間申告》に規定する「第6項第1号に掲げる金額が24万円以下であること」には、例えば、その課税期間の直前の課税期間において免税事業者であることにより法第45条第1項《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての確定申告》に規定する確定申告書を提出すべき義務がない場合や、法第46条第1項《還付を受けるための申告》に規定する申告書を提出している場合のように、法第42条第6項第1号《六月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定により計算した消費税額がない場合が含まれることに留意する。(平25課消1-34により追加、平27課消1-17により改正)

(注) 法第42条第6項第1号の規定により計算した消費税額がない場合の六月中間申告対象期間(同項に規定する「六月中間申告対象期間」をいう。以下15−1−9までにおいて同じ。)に係る同項の規定による中間申告書(以下15−1−7までにおいて「六月中間申告書」という。)の提出は、同項第1号により計算した消費税額を零円とする六月中間申告書又は法第43条《仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等》の規定による中間申告書により行うこととなる。
 なお、これらの中間申告書の提出がその提出期限までになかった場合には、法第42条第11項《任意の中間申告書の提出がない場合の特例》の規定により、当該六月中間申告対象期間の末日に同条第9項《任意の中間申告の取りやめ》に規定する届出書(以下この節において「任意の中間申告書を提出することの取りやめ届出書」という。)の提出があったものとみなされることに留意する。

(任意の中間申告書を提出する旨の届出書の効力)

15−1−1の3 法第42条第8項《任意の中間申告》に規定する届出書(以下この節において「任意の中間申告書を提出する旨の届出書」という。)の効力は、任意の中間申告書を提出することの取りやめ届出書を提出(法第42条第11項《任意の中間申告書の提出がない場合の特例》により任意の中間申告書を提出することの取りやめ届出書を提出したとみなされる場合を含む。)しない限り存続する。
 したがって、例えば、任意の中間申告書を提出する旨の届出書を提出している事業者が、その課税期間の基準期間における課税売上高が1,000万円以下となり免税事業者となった場合であっても、その後の課税期間において基準期間における課税売上高が1,000万円を超え課税事業者となったときは、六月中間申告対象期間(法第42条第6項第1号《六月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定により計算した消費税額が24万円以下であるものに限る。)について、六月中間申告書を提出することができることに留意する。(平25課消1-34により追加、平27課消1-17により改正)

(注) 免税事業者となった課税期間については、そもそも法第42条《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》に規定する中間申告書や法第45条第1項《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての確定申告》に規定する確定申告書を提出する義務がないことから、六月中間申告書の提出がないとしても法第42条第11項の規定は適用されず、任意の中間申告書を提出することの取りやめ届出書を提出したものとみなされないことに留意する。

(相続、合併又は分割があった場合の任意の中間申告書を提出する旨の届出書の効力)

15−1−1の4 相続、合併又は分割があった場合の任意の中間申告書を提出する旨の届出書の効力は、次のようになるのであるから留意する。(平25課消1-34により追加)

(1) 被相続人が提出した任意の中間申告書を提出する旨の届出書の効力は、相続により当該被相続人の事業を承継した相続人には及ばない。したがって、当該相続人が法第42条第8項《任意の中間申告》の規定の適用を受けようとするときは、新たに任意の中間申告書を提出する旨の届出書を提出しなければならない。

(2) 被合併法人が提出した任意の中間申告書を提出する旨の届出書の効力は、吸収合併又は新設合併により当該被合併法人の事業を承継した合併法人には及ばない。したがって、当該合併法人が同項の規定の適用を受けようとするときは、新たに任意の中間申告書を提出する旨の届出書を提出しなければならない。

(3) 分割法人が提出した任意の中間申告書を提出する旨の届出書の効力は、分割により当該分割法人の事業を承継した分割承継法人には及ばない。したがって、当該分割承継法人が同項の規定の適用を受けようとするときは、新たに任意の中間申告書を提出する旨の届出書を提出しなければならない。

(注) 法第12条第7項第2号又は第3号《分割等の意義》に該当する分割等により新設分割親法人の事業を引き継いだ新設分割子法人についても同様である。

(中間申告における法第42条と第43条の併用)

15−1−2 法第42条第1項又は第4項《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》の規定により中間申告書を提出すべき事業者は、一月中間申告対象期間(同条第1項に規定する「一月中間申告対象期間」をいう。以下15−1−9までにおいて同じ。)又は三月中間申告対象期間(同条第4項に規定する「三月中間申告対象期間」をいう。以下15−1−11までにおいて同じ。)の末日の翌日(当該一月中間申告対象期間がその課税期間開始の日以後1月の期間である場合には、当該課税期間開始の日から2月を経過した日)から2月以内(令第63条の2第1項《申告期限延長法人に係る中間申告等の特例》若しくは第76条第3項《国、地方公共団体等の申告期限の特例》又は租特法令第46条の4第1項《個人事業者に係る中間申告等の特例》の規定の適用がある場合には、その規定による期限内)に中間申告書を提出しなければならないのであるが、各中間申告対象期間について、それぞれ法第42条《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》又は法第43条《仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等》の規定のいずれかを適用して中間申告書を提出することができるのであるから留意する。(平15課消1−37、平27課消1-17、平29課消2-5、令2課消2-9により改正)

(中間申告における簡易課税制度の適用)

15−1−3 簡易課税制度を適用すべき事業者が法第43条第1項《仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等》の規定により、同項に規定する中間申告対象期間について仮決算をして中間申告書を提出する場合には、簡易課税制度を適用して納付すべき消費税額を計算するのであるから留意する。(平15課消1−37により改正)

(仮決算による申告額が400万円、100万円又は24万円以下である場合の中間申告の要否)

15−1−4 事業者が法第43条第1項《仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等》の規定により中間申告を行う場合において、法第42条第1項第1号《一月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定により計算した消費税額が400万円を超えるとき、同条第4項第1号《三月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定により計算した消費税額が100万円を超えるとき又は同条第6項第1号《六月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定により計算した消費税額が24万円を超えるときは、仮決算により計算した法第43条第1項に規定する中間申告対象期間の同項第4号に規定する消費税額が400万円以下、100万円以下又は24万円以下となるときであっても中間申告書を提出しなければならないのであるから留意する。(平9課消2−5、平15課消1−37により改正)

(申告期限が同一の日となる一月中間申告書の取扱い)

15−1−4の2 法第42条第1項《一月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定により中間申告書(法第43条第1項《仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等》の規定に基づく中間申告書を含む。以下15−1−4の2において同じ。)を提出する場合において、その課税期間開始の日から2月を経過した日の前日までの間に終了した各一月中間申告対象期間に係る中間申告書の提出期限は同一の日となるのであるが、それぞれの一月中間申告対象期間ごとに中間申告書を提出しなければならないのであるから留意する。
 なお、令第63条の2第1項《申告期限延長法人に係る中間申告等の特例》若しくは第76条第3項《国、地方公共団体等の申告期限の特例》又は租特法令第46条の2第1項《個人事業者に係る中間申告等の特例》の規定により提出期限が同一の日とされる各一月中間申告対象期間についても同様である。 (平15課消1−37、令2課消2-9により改正)

(仮決算において控除不足額(還付額)が生じた場合)

15−1−5 事業者が法第43条第1項《仮決算をした場合の中間申告》の規定により仮決算をして中間申告書を提出する場合において、同項第2号《課税標準額に対する消費税額》に掲げる金額から同項第3号《控除されるべき消費税額》に掲げる金額を控除して控除不足額が生じるとしても、当該控除不足額につき還付を受けることはできないことに留意する。

(注) 控除不足額が生じた場合の中間納付額は、零円となる。 

(中間申告書の提出がない場合の特例)

15−1−6 法第42条第1項、第4項又は第6項《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》の規定により中間申告書を提出すべき事業者が、その提出期限までに中間申告書又は法第43条第1項《仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等》に規定する申告書を提出しなかった場合には、その事業者については、それぞれの提出期限において中間申告書の提出があったものとして、法第42条第1項第1号、第4項第1号又は第6項第1号の規定により計算した消費税額が直ちに確定することになるのであるから留意する。(平15課消1−37、平25課消1-34、平27課消1-17により改正)

(注) 任意の中間申告書を提出する旨の届出書を提出している事業者が、当該提出をした日以後にその末日が最初に到来する六月中間申告対象期間以後の六月中間申告対象期間に係る六月中間申告書をその提出期限までに提出しなかった場合には、法第42条第11項《任意の中間申告書の提出がない場合の特例》の規定により、当該六月中間申告対象期間の末日に任意の中間申告書を提出することの取りやめ届出書の提出があったものとみなされ、法第44条《中間申告書の提出がない場合の特例》の規定により中間申告書の提出があったものとはみなされないことに留意する。

(中間申告書を提出した者の意義)

15−1−7 法第45条第1項第6号《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての確定申告》、第48条《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告による納付》、第53条第1項《中間納付額の控除不足額の還付》及び第55条第1項《確定申告等に係る更正等又は決定による中間納付額の控除不足額の還付》に規定する「中間申告書を提出した事業者」又は「中間申告書を提出した者」には、法第44条《中間申告書の提出がない場合の特例》の規定により中間申告書の提出があったものとみなされる事業者を含むのであるから留意する。 (平25課消1-34、平27課消1-17により改正)

(注) 任意の中間申告書を提出する旨の届出書を提出している事業者が、当該提出をした日以後にその末日が最初に到来する六月中間申告対象期間以後の六月中間申告対象期間に係る六月中間申告書をその提出期限までに提出しなかった場合には、法第42条第11項《任意の中間申告書の提出がない場合の特例》の規定により、当該六月中間申告対象期間の末日に任意の中間申告書を提出することの取りやめ届出書の提出があったものとみなされ、法第44条《中間申告書の提出がない場合の特例》の規定により中間申告書の提出があったものとはみなされないことに留意する。

(中間納付額の意義)

15−1−8 法第2条第1項第20号《中間納付額の意義》に規定する「中間納付額」とは、法第48条《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告による納付》の規定により納付すべき法第42条第1項第1号、第4項第1号及び第6項第1号《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》に掲げる金額又は法第43条第1項第4号《仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等》に掲げる残額に相当する消費税額をいい、事業者が納付した消費税額ではないことに留意する。(平14課消1−12、平15課消1−37、平27課消1-17により改正)

(中間申告書の提出義務)

15−1−9 法第42条第1項、第4項又は第6項《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》の規定による中間申告書の提出義務は、前課税期間の確定消費税額の増減の有無にかかわらず、それぞれ次に掲げる区分に応じ、それぞれ次の場合に生ずることに留意する。(平15課消1−37、平25課消1-34、平27課消1-17により改正)

(1) 法第42条第1項《一月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定による中間申告書
 一月中間申告対象期間の末日(当該一月中間申告対象期間がその課税期間開始の日以後1月の期間である場合には、当該課税期間開始の日から2月を経過した日の前日)までに確定した前課税期間の確定消費税額を前課税期間の月数で除した金額が400万円を超える場合

(2) 法第42条第4項《三月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定による中間申告書
 三月中間申告対象期間の末日までに確定した前課税期間の確定消費税額を前課税期間の月数で除し、これに3を乗じて計算した金額が100万円を超える場合((1)に該当する場合を除く。)

(3) 法第42条第6項《六月中間申告対象期間に係る申告義務》の規定による中間申告書

 イ 六月中間申告対象期間の末日までに確定した前課税期間の確定消費税額を前課税期間の月数で除し、これに6を乗じて計算した金額が24万円を超える場合((1)又は(2)に該当する場合を除く。)

 ロ 任意の中間申告書を提出する旨の届出書を提出している事業者で、六月申告対象期間の末日までに確定した前課税期間の確定消費税額を前課税期間の月数で除し、これに6を乗じて計算した金額が24万円以下の場合(⑴又は⑵に該当する場合を除く。)

(災害等による期限の延長により中間申告書の提出を要しない場合の法第42条第11項の適用関係)

15−1−10 任意の中間申告書を提出する旨の届出書を提出している事業者が、法第42条の2《災害等による期限の延長により中間申告書の提出を要しない場合》の規定の適用を受ける場合には、法第42条《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》の規定による中間申告書の提出を要しないことから、法第42条第11項《任意の中間申告書の提出がない場合の特例》の規定は適用されず、任意の中間申告書を提出することの取りやめ届出書を提出したものとはみなされないことに留意する。(平29課消2-5により追加。)

(中間申告書の提出期限のみが同一となった場合の取扱い)

15−1−11 法第42条の2《災害等による期限の延長により中間申告書の提出を要しない場合》の規定により、提出を要しないこととなる消費税の中間申告書とは、通則法第11条の規定に基づき申告等の期限が延長されたことにより、法第42条《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての中間申告》の規定による中間申告書の提出期限とその課税期間に係る法第45条《課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについての確定申告》の確定申告書の提出期限とが同一の日となる場合の当該中間申告書をいうのであるから、例えば、法第42条第4項の中間申告書で同一課税期間内の異なる三月中間申告対象期間の提出期限が同一の日となった場合のように、中間申告書の提出期限のみが同一の日となっても、法第42条の2の規定の適用はないのであるから留意する。

(注) 中間申告書の提出期限のみが同一となる場合には、それぞれの中間申告対象期間について、それぞれ申告書の提出が必要となる。これは、法第43条《仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等》の規定に基づき、仮決算による中間申告書を提出する場合も同様である。(平29課消2-5により追加。)