第2節 還付
（連結中間申告書の提出を要しない連結親法人の還付申告）
20−2−1 法第81条の19第1項ただし書((連結中間申告))又は第81条の19の2((連結中間申告書の提出を要しない場合))の規定により連結中間申告書の提出を要しないこととされている連結親法人であっても、当該連結中間事業年度において生じた災害損失金額（法第81条の20第4項((仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項等))に規定する災害損失金額をいう。）がある場合には、同条第1項各号及び第4項各号に掲げる事項を記載した連結中間申告書を提出することができることに留意する。（平29年課法2−17「二十四」により追加）
(注) 法第2条第31号の2((定義))に規定する連結中間申告書には期限後申告書は含まれないのであるから、法第81条の29第1項((所得税額等の還付))の規定により同項の連結中間申告書の提出による所得税額の還付を受けようとする場合には、当該連結中間申告書は法第81条の19第1項の提出期限までに提出しなければならないことに留意する。
（仮決算の連結中間申告による所得税額の還付における災害損失の額の計算）
20−2−1の2 20−2−8から20−2−20まで《災害損失の対象となる固定資産に準ずる繰延資産の範囲等》は、法第81条の20第4項《仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項等》の規定を適用する場合の災害損失の額(令第155条の47第2項《仮決算をした場合の連結中間申告》において準用する令第150条の2第4項《仮決算をした場合の中間申告》に規定する損失の額をいう。)の計算について準用する。(平29年課法2−2「三」により追加、平29年課法2−17「二十四」により改正)
（連結欠損金の繰戻しによる還付における還付金額の計算）
20−2−2 法第81条の31第1項《連結欠損金の繰戻しによる還付》の規定による連結所得に対する法人税の還付請求があった場合において、当該還付請求について還付すべき金額は、当該金額の算定を行う時において確定している還付所得連結事業年度(同項に規定する還付所得連結事業年度をいう。以下この節において同じ。)の連結所得の金額及び連結所得に対する法人税の額並びに欠損連結事業年度(同項に規定する欠損連結事業年度をいう。)の連結欠損金額(当該連結欠損金額が請求に係る還付金額の計算の基礎として連結親法人が還付請求書に記載した連結欠損金額を超える場合には、その記載した金額)を基礎として同項の規定により計算した金額による。(平29年課法2−2「三」により改正)
(注) 同条第4項又は第5項において準用する同条第1項の規定による連結所得に対する法人税の還付請求があった場合においても、同様とする。
（還付請求書だけが期限後に提出された場合の特例）
20−2−3 連結親法人が法第81条の22《連結確定申告》の規定による連結確定申告書を期限内に提出し、当該申告書に記載された連結欠損金額に基づいて連結所得に対する法人税の還付請求書を期限後に提出した場合において、その期限後の提出が錯誤に基づくものである等期限後の提出について税務署長が真にやむを得ない理由があると認めるときは、法第81条の31《連結欠損金の繰戻しによる還付》の規定を適用することができるものとする。(平29年課法2−2「三」により改正)
(注) 同条第5項において準用する同条第1項の規定による連結所得に対する法人税の還付請求があった場合においても、同様とする。
（還付所得連結事業年度が2以上ある場合の繰戻し還付）
20−2−4 法第81条の31《連結欠損金の繰戻しによる還付》の規定の適用に当たり、還付所得連結事業年度が2以上ある場合、連結欠損金額又は災害損失欠損金額をいずれの還付所得連結事業年度に配分するかは連結親法人の計算によることに留意する。(平29年課法2−2「三」により追加)
（更生手続の開始の意義）
20−2−5 法第81条の31第4項《連結欠損金の繰戻しによる還付の特例》に規定する「更生手続の開始」とは、更生手続の開始の申立て(会社更生法第234条《更生手続の終了事由》等に規定する更生手続開始の申立てを棄却する決定があった場合のその申立てを除く。)があったことをいうものとする。(平15年課法2−22「十三」、平22年課法2−1「三十九」、平29年課法2−2「三」により改正)
（連結中間申告書の提出を要しない連結親法人の還付請求）
20−2−6 連結中間事業年度(災害(法第81条の31第5項《連結欠損金の繰戻しによる還付》に規定する災害をいう。以下この節において同じ。)のあった日から同日以後6月を経過する日までの間に終了するものに限る。)について、法第81条の19第1項ただし書《連結中間申告》又は第81条の19の2《連結中間申告書の提出を要しない場合》の規定により連結中間申告書の提出を要しないこととされている連結親法人であっても、当該連結中間事業年度において生じた災害損失欠損金額(法第81条の31第5項に規定する災害損失欠損金額をいう。以下この節において同じ。)について同項において準用する同条第1項の規定による災害損失の繰戻しによる連結所得に対する法人税の還付を請求することができることに留意する。(平29年課法2−2「三」により追加、平29年課法2−17「二十四」により改正)
(注) 法第2条第31号の2((定義))に規定する連結中間申告書には期限後申告書は含まれないのであるから、法第81条の20第1項に規定する連結中間申告書の提出と同時に提出する法第81条の31第6項において準用する法第80条第6項((欠損金の繰戻しによる還付))の還付請求書についても、当該連結中間申告書の法第81条の19第1項の提出期限までに提出しなければならないことに留意する。
（滅失損等の計上時期）
20−2−7 令第156条第3項《連結欠損金の繰戻しによる還付》において読み替えて準用する令第154条の3第4項第1号《欠損金の繰戻しによる還付をする場合の解散等に準ずる事実等》に掲げる損失の額は、災害のあった日の属する連結事業年度(以下この節において「被災連結事業年度」という。)又は災害のやんだ日の属する連結事業年度において損金経理をした金額に限る。ただし、同号括弧書に規定する取壊費等については、災害のやんだ日の翌日から1年を経過した日の前日までに支出したものを当該支出の日の属する連結事業年度において損金経理をしたときは、これを認める。(平29年課法2−2「三」により追加)
（災害損失の対象となる固定資産に準ずる繰延資産の範囲）
20−2−8 令第156条第3項《連結欠損金の繰戻しによる還付》において準用する令第154条の3第3項《欠損金の繰戻しによる還付をする場合の解散等に準ずる事実等》の固定資産に準ずる繰延資産とは、繰延資産のうち他の者の有する固定資産を利用するために支出されたものをいうのであるから、次に掲げるような繰延資産が該当する。(平29年課法2−2「三」により追加)
(1) 自己が便益を受ける公共的施設又は共同的施設の設置又は改良のために支出した費用
(2) 固定資産を賃借し又は使用するために支出した権利金、立退料その他の費用
(3) 広告宣伝の用に供する固定資産を贈与したことにより生じた費用
(注) 繰延資産を計上している連結法人がその繰延資産の対象となった固定資産の損壊等により復旧に要する費用を支出した場合において、その復旧に要する費用が支出時の損金として認められるときは、その支出した費用の額は令第156条第3項《連結欠損金の繰戻しによる還付》において読み替えて準用する令第154条の3第4項《欠損金の繰戻しによる還付をする場合の解散等に準ずる事実等》に規定する損失の額（以下この節において「災害損失の額」という。）に該当することに留意する。
（災害損失の額に含まれる棚卸資産等の譲渡損）
20−2−9 棚卸資産又は固定資産の譲渡による損失の額は、災害損失の額には含まれないのであるが、被災連結事業年度において、連結法人が、災害により著しく損傷したこれらの資産を譲渡したことにより生じた損失の額のうち被害を受けたことに基因する金額を災害損失の額に含めているときは、これを認める。（平29年課法2−2「三」により追加）
（災害損失の額に含まれない費用の範囲）
20−2−10 災害損失の額には、けが人への見舞金、被災者への弔慰金等のように滅失又は損壊した資産に直接関連しない費用は含まれないことに留意する。（平29年課法2−2「三」により追加）
（災害損失特別勘定を設定した場合の災害損失の範囲）
20−2−11 法第81条の31第5項《連結欠損金の繰戻しによる還付》の規定の適用に当たり、被災連結事業年度において20−2−12《災害損失特別勘定の設定》により災害損失特別勘定に繰り入れた金額は、当該被災連結事業年度の災害損失の額に含まれることに留意する。(平29年課法2−2「三」により追加)
（災害損失特別勘定の設定）
20−2−12 連結法人が被災資産の修繕等のために要する費用を見積もった場合には、被災連結事業年度において20−2−13《災害損失特別勘定の繰入限度額》に定める繰入限度額以下の金額を損金経理により災害損失特別勘定に繰り入れることができる。(平29年課法2−2「三」により追加)
(注)
1 この節において、被災資産とは、次に掲げる資産で災害により被害を受けたものをいう。
(1) 連結法人の有する棚卸資産及び固定資産(連結法人が賃貸をしている資産で、契約により賃借人が修繕等を行うこととされているものを除く。)
(2) 連結法人が賃借をしている資産又は販売等をした資産で、契約により当該連結法人が修繕等を行うこととされているもの
2 災害のあった日の属する連結中間事業年度(以下この節において「被災連結中間期間」という。)に係る法第81条の20《仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項等》の規定による連結中間申告書を提出する場合には、その被災連結中間期間において災害損失特別勘定に繰り入れることができることに留意する。
（災害損失特別勘定の繰入限度額）
20−2−13 20−2−12《災害損失特別勘定の設定》の災害損失特別勘定の繰入限度額は、次の(1)又は(2)に掲げる金額のうちいずれか多い金額の合計額(当該被災資産に係る保険金、損害賠償金、補助金その他これらに類するもの(以下この節において「保険金等」という。)により補
される金額がある場合には、当該金額の合計額を控除した残額)とする。(平29年課法2−2「三」により追加)
(1) 被災資産(法第33条第2項《資産の評価損の損金算入》の規定の適用を受けたものを除く。)の被災連結事業年度終了の日における価額がその帳簿価額に満たない場合のその差額に相当する金額
(2) 被災資産について、災害のあった日から1年を経過する日までに支出すると見込まれる次に掲げる費用その他これらに類する費用(以下この節において「修繕費用等」という。)の見積額(被災連結事業年度終了の日の翌日以後に支出すると見込まれるものに限る。)
イ 被災資産の滅失、損壊又は価値の減少による当該被災資産の取壊し又は除去の費用その他の付随費用
ロ 土砂その他の障害物を除去するための費用
ハ 被災資産の原状回復のための修繕費(被災資産の被災前の効用を維持するために行う補強工事、排水又は土砂崩れの防止等のために支出する費用を含む。)
ニ 被災資産の損壊又はその価値の減少を防止するための費用
ホ 被災資産に係る被害の拡大を防止するため緊急に必要な措置を講ずるための費用（災害により棚卸資産及び固定資産にまさに被害が生ずるおそれがあると見込まれる場合のこれらの資産に係る被害の発生を防止するため緊急に必要な措置を講ずるための費用を含む。）
(注)
1 法令の規定、地方公共団体の定めた復興計画等により、一定期間修繕等の工事に着手できないこととされている場合には、上記(2)の「災害のあった日から1年を経過する日」は、「修繕等の工事に着手できることとなる日から1年を経過する日」と読み替えることができる。
2 上記(2)掲げる金額により災害損失特別勘定に繰り入れる場合には、次のことに留意する
(1) 6−7−2《有姿除却》の適用を受けた資産については、上記イ、ロ及びホに掲げる費用に限り災害損失特別勘定への繰入れの対象とすることができる。
(2) 法第33条第2項の規定により評価損を計上した資産については、上記ロ、ニ及びホに掲げる費用に限り災害損失特別勘定への繰入れの対象とすることができる。
（被災資産の修繕費用等の見積りの方法）
20−2−14 20−2−13《災害損失特別勘定の繰入限度額》の(2)の修繕費用等の見積額は、その修繕等を行うことが確実な被災資産につき、例えば次の金額によるなど合理的に見積もるものとする。(平29年課法2−2「三」により追加)
(1) 建設業者、製造業者等による当該被災資産に係る修繕費用等の見積額
(2) 相当部分が損壊等をした当該被災資産につき、次のイからロを控除した金額
イ 再取得価額又は国土交通省建築物着工統計の工事費予定額から算定した建築価額等を基礎として、その取得の時から被災連結事業年度終了の日まで償却を行ったものとした場合に計算される未償却残額
ロ 被災連結事業年度終了の日における価額
(注) 被災連結中間期間において災害損失特別勘定に繰り入れる場合には、上記の「被災連結事業年度終了の日」は「被災連結中間期間終了の日」と読み替えることに留意する。
（災害損失特別勘定の損金算入に関する明細書の添付）
20−2−15 災害損失特別勘定への繰入れを行う場合には、その繰入れを行う被災連結事業年度の連結確定申告書又は被災連結中間期間に係る法第81条の20《仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項等》の規定による連結中間申告書に災害損失特別勘定の損金算入に関する明細書を添付するものとする。
この場合、当該明細書の書式は、法人税基本通達12−2−9《災害損失特別勘定の損金算入に関する明細書の添付》の付表の書式(これに準ずる書式を含む。)による。(平29年課法2−2「三」により追加)
（災害損失特別勘定の益金算入）
20−2−16 次に掲げる連結事業年度の区分に応じ、災害損失特別勘定の金額のうちそれぞれ次に掲げる金額を当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。（平29年課法2−2「三」により追加）
(1) 災害のあった日から1年を経過する日の属する連結事業年度（以下この節において「1年経過連結事業年度」という。） 当該1年経過連結事業年度終了の日における災害損失特別勘定の金額
(2) 1年経過連結事業年度前の各連結事業年度（被災連結事業年度後の連結事業年度に限る。） 当該連結事業年度において被災資産に係る修繕費用等として損金の額に算入した金額の合計額（保険金等により補された金額がある場合には、当該金額の合計額を控除した残額）
(注)
1 20−2−13《災害損失特別勘定の繰入限度額》の(注)1の適用を受けている場合であっても、1年経過連結事業年度は「修繕等の工事に着手できることとなる日から1年を経過する日」の属する連結事業年度とはならないことに留意する。
2 上記(2)の「1年経過連結事業年度」及び「被災連結事業年度」は、その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度とする。
（災害損失特別勘定の益金算入に関する明細書の添付）
20−2−17 20−2−16《災害損失特別勘定の益金算入》の(1)又は(2)に掲げる連結事業年度において災害損失特別勘定の金額を益金の額に算入する場合には、当該連結事業年度の連結確定申告書に災害損失特別勘定の益金算入に関する明細書を添付するものとする。
この場合、当該明細書の書式は、法人税基本通達12−2−11《災害損失特別勘定の益金算入に関する明細書の添付》の付表の書式（これに準ずる書式を含む。）による。（平29年課法2−2「三」により追加）
（修繕等が遅れた場合の災害損失特別勘定の益金算入の特例）
20−2−18 連結法人が、被災資産に係る修繕等がやむを得ない事情により1年経過連結事業年度終了の日までに完了しなかったため、同日において災害損失特別勘定の残額(次の(1)に掲げる金額から(2)に掲げる金額を控除した金額をいう。以下20−2−18において同じ。)を有している場合において、当該連結法人に係る連結親法人が当該1年経過連結事業年度終了の日までに災害損失特別勘定の益金算入時期の延長確認申請書を所轄税務署長(当該連結親法人が国税局の調査課所管法人である場合には、所轄国税局長)に提出し、その確認を受けたときは、修繕等が完了すると見込まれる日の属する連結事業年度(以下20−2−18において「修繕完了連結事業年度」という。)をもって20−2−16《災害損失特別勘定の益金算入》の(1)の1年経過連結事業年度とすることができる。(平29年課法2−2「三」により追加)
(1) 被災連結事業年度において災害損失特別勘定に繰り入れた金額
(2) 被災連結事業年度終了の日の翌日から1年経過連結事業年度終了の日までにおいて被災資産に係る修繕費用等として損金の額に算入する金額の合計額(保険金等により補される金額がある場合には、当該金額の合計額を控除した残額。以下20−2−18において「修繕済額」という。)
(注)
1 上記の取扱いの適用を受ける場合には、その取扱いの適用を受ける前の1年経過連結事業年度までの各連結事業年度において、修繕済額と災害損失特別勘定の残額から修繕費用等の見込額(1年経過連結事業年度終了の日の翌日から修繕完了連結事業年度終了の日までに支出することが見込まれる修繕費用等の金額の合計額(保険金等により補される金額がある場合には、当該金額の合計額を控除した残額とし、災害損失特別勘定の残額を限度とする。)をいう。)を控除した金額との合計額に相当する災害損失特別勘定の金額を益金の額に算入することとなる。
2 「修繕完了連結事業年度」、「被災連結事業年度」及び「1年経過連結事業年度までの各連結事業年度」は、その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度とする。
（災害損失特別勘定の益金算入時期の延長確認申請書の書式）
20−2−19 20−2−18《修繕等が遅れた場合の災害損失特別勘定の益金算入の特例》により災害損失特別勘定の益金算入時期の延長確認の申請を行う場合の申請書の書式は、法人税基本通達12−2−13《災害損失特別勘定の益金算入時期の延長確認申請書の書式》の付表の書式(これに準ずる書式を含む。)による。(平29年課法2−2「三」により追加)
（繰延資産の基因となった資産について損壊等の被害があった場合）
20−2−20 20−2−12から20−2−19まで《災害損失特別勘定の設定等》は、災害により令第156条第3項《連結欠損金の繰戻しによる還付》において準用する令第154条の3第3項《欠損金の繰戻しによる還付をする場合の解散等に準ずる事実等》に規定する繰延資産につき、当該繰延資産に係る他の者の有する固定資産について損壊等の被害があった場合について準用する。(平29年課法2−2「三」により追加)
（修繕費用等の支出がある場合の災害損失の額の計算）
20−2−21 法第81条の31第5項《連結欠損金の繰戻しによる還付》の規定の適用に当たり、20−2−12《災害損失特別勘定の設定》により災害損失特別勘定に繰り入れた被災連結事業年度(当該事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度)後の連結事業年度開始の日において災害損失特別勘定の金額がある場合には、当該連結事業年度において修繕費用等として損金の額に算入した金額(保険金等により補された金額がある場合には、当該金額の合計額を控除した残額とし、災害損失の額に該当する部分の金額に限る。)の合計額から当該連結事業年度開始の日における災害損失特別勘定の金額を控除した残額が当該連結事業年度における災害損失の額となることに留意する。(平29年課法2−2「三」により追加)
（災害損失欠損金額と連結欠損金額がある場合の繰戻し還付）
20−2−22 連結親法人(措置法第68条の97各号《中小連結法人の欠損金等以外の欠損金の繰戻しによる還付の不適用》に掲げる連結親法人（新型コロナウイルス感染症等の影響に対応するための国税関係法律の臨時特例に関する法律（令和2年法律第25号）第8条《大規模法人等以外の連結親法人の連結欠損金の繰戻しによる還付》の規定により、令和2年2月1日から令和4年1月31日までの間に終了する各連結事業年度において措置法第68条の97の規定（当該連結事業年度が令和2年3月31日以前に終了した連結事業年度である場合には、所得税法等の一部を改正する法律（令和2年法律第8号）附則第105条第1項《中小連結法人の欠損金等以外の欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置》の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第15条《租税特別措置法の一部改正》の規定による改正前の措置法第68条の98《中小連結法人の欠損金等以外の欠損金の繰戻しによる還付の不適用》の規定）の適用を受けない連結親法人を含む。）に限る。)が、法第81条の31第5項《連結欠損金の繰戻しによる還付》において読み替えて準用する同条第1項に規定する欠損連結事業年度(連結中間事業年度を除く。)において、同条第5項の規定の適用を受ける災害損失欠損金額以外の連結欠損金額を有する場合には、当該連結欠損金額について同条第1項の規定による連結所得に対する法人税の還付請求ができることに留意する。(平29年課法2−2「三」により追加、令2年課法2−17「十」により改正)