19−1−4 法第81条の13《連結特定同族会社の特別税率》の規定を適用する場合において、法第81条の29若しくは第78条《所得税額等の還付》若しくは第133条《確定申告又は連結確定申告に係る更生等による所得税額等の還付》の規定による所得税額等の還付金額、法第81条の31若しくは第80条《連結欠損金繰戻しによる還付等》の規定による法人税額の還付金額又は地方法人税法第23条《欠損金の繰戻しによる法人税の還付があった場合の還付》の規定による地方法人税額の還付金額は、その額が確定した日の属する連結事業年度の連結所得等の金額に含まれる。（平19年課法2−3「四十三」、平26年課法2-6「五」、平29年課法2−17「二十二」により改正）
(注) 所得税額等の還付金額で、中間申告によるものはその連結中間申告書又は中間申告書の提出の日、確定申告によるものはその連結確定申告書又は確定申告書の提出の日、更正によるものはその更正のあった日にその額が確定する。
19−1−5 連結親法人が連結事業年度の中途において利益の配当又は剰余金の分配（みなし配当を含む。）を行い連結利益積立金額が減算した場合又は連結法人の当該連結事業年度前の各連結事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度）において損金の額に算入されなかった償却超過額、引当金、準備金の繰入額等を当該連結事業年度において損金の額に算入した場合には、その減算した金額又は損金の額に算入した金額は、法第81条の13第4項第3号《積立金基準額》に規定する「当該連結事業年度の連結所得等の金額に係る部分の金額」に該当する。したがって、当該連結事業年度の連結留保所得金額がある場合において、当該連結事業年度終了の時の連結利益積立金額は、連結法人が当該連結法人との間に連結完全支配関係を有しない法人との間で適格合併若しくは適格分割型分割を行ったこと又は連結法人による他の連結法人の株式の譲渡等があったことにより令第9条の2《連結利益積立金額》の規定に基づき加算又は減算する連結利益積立金額がある場合を除き、当該連結事業年度開始の時の連結利益積立金額と同額となることに留意する。（平15年課法2−22「十一」、平19年課法2−3「四十三」により改正）
19−1−6 法第81条の13第4項《連結留保控除額》の規定により連結留保控除額を計算する場合において、当該連結事業年度終了の時における連結親法人の資本金の額又は出資金の額の25%相当額から控除すべきその時における連結利益積立金額が負（マイナス）であるときは、同項第3号に規定する金額は当該資本金の額又は出資金の額の25%相当額とその負（マイナス）の金額との差額に相当する金額となることに留意する。（平19年課法2−3「四十三」により改正）
(注) 例えば、連結親法人の資本金の額の25%相当額が1,000万円で、連結利益積立金額がマイナスの500万円である場合には、同号に規定する金額は1,500万円となる。
19−1−7 法第81条の13《連結特定同族会社の特別税率》の規定を適用する場合における端数計算については、次による。（平19年課法2−3「四十三」により改正）
(1) 課税の対象となる連結留保金額に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。
(2) 法第15条の2第1項《連結事業年度の意義》に規定する連結親法人事業年度の期間が1年に満たない場合において、年1億円に相当する金額に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。ただし、当該切り捨てられる端数の金額が(1)により切り捨てられる端数の金額より多いときは、これを切り上げる。