16−1−4 削除（平15年課法2−7「五十五」により改正、平19年課法2−3「四十三」により削除）
16−1−5 法第67条《特定同族会社の特別税率》の規定を適用する場合において、法第78条《所得税額等の還付》若しくは第133条《更正等による所得税額等の還付》の規定による所得税額等の還付金額、法第80条《欠損金の繰戻しによる還付》の規定による法人税額の還付金額又は地方法人税法第23条《欠損金の繰戻しによる法人税の還付があった場合の還付》の規定による地方法人税額の還付金額は、その額が確定した日の属する事業年度の所得等の金額に含まれる。（平15年課法2−7「五十五」、平19年課法2−3「四十三」、平26年課法2-6「六」、平29年課法2-17「二十三」、令４年課法2−14｢五十六」により改正）
(注) 所得税額等の還付金額で、中間申告によるものはその中間申告書の提出の日、確定申告によるものはその確定申告書の提出の日、更正によるものはその更正のあった日にその額が確定する。
16−1−6 法人が事業年度の中途において剰余金の配当若しくは利益の配当又は剰余金の分配（みなし配当を含む。）を行い利益積立金額が減算した場合又は当該事業年度前の各事業年度において損金の額に算入されなかった償却超過額、引当金、準備金の繰入超過額等を当該事業年度において損金の額に算入した場合には、その減算した金額又は損金の額に算入した金額は、法第67条第5項第3号《特定同族会社の特別税率》に規定する「当該事業年度の所得等の金額に係る部分の金額」に該当する。したがって、当該事業年度の留保所得金額がある場合において、当該事業年度終了の時の利益積立金額は、適格合併、適格分割型分割又は通算法人による他の通算法人の株式の譲渡等があったことにより令第9条《利益積立金額》の規定に基づき加算又は減算する利益積立金額があるときを除き、当該事業年度開始の時の利益積立金額と同額となることに留意する。（平3年課法2−4「十三」、平14年課法2−1「三十八」、平15年課法2−7「五十五」、平15年課法2−22「十六」、平19年課法2−3「四十三」、令４年課法2−14｢五十六」により改正）
16−1−7 法第67条第5項《留保控除額》の規定により留保控除額を計算する場合において、当該事業年度終了の時における資本金の額又は出資金の額の25%相当額から控除すべきその時における利益積立金額が負（マイナス）であるときは、同項第3号に規定する金額は当該資本金の額又は出資金の額の25%相当額とその負（マイナス）の金額との差額に相当する金額となることに留意する。（平14年課法2−1「三十八」、平19年課法2−3「四十三」により改正）
(注) 例えば、資本金の額の25%相当額が1,000万円で、利益積立金額がマイナスの500万円である場合には、同号に規定する金額は1,500万円となる。
16−1−8 法第67条《特定同族会社の特別税率》の規定を適用する場合における端数計算については、次による。（平19年課法2−3「四十三」により改正）
(1) 課税の対象となる留保金額に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。
(2) 事業年度の期間が1年に満たない場合において、年1億円に相当する金額に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。ただし、当該切り捨てられる端数の金額が(1)により切り捨てられる端数の金額より多いときは、これを切り上げる。