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5. 義務的修正申告における租税特別措置法第33条の4と第35条の適用関係について

【照会要旨】

　私は、所有する居住用財産とその他の財産（テニスコート）を同一の収用事業のために譲渡し、期限内申告において、居住用部分に相当する譲渡（譲渡価額 4,000万円）について租税特別措置法第35条及び第31条の3の規定を、また、その他の部分に相当する譲渡（譲渡価額 7,000万円）について代替資産を取得する見込みであるとして見積額により同法第33条の規定を適用しました。
　その後、私は代替資産の取得期限までに代替資産を取得しなかったため、同法第33条の5の規定により修正申告書を提出し当該譲渡について同法第33条の4の適用を受けたいと思うのですが、同法第35条において、その譲渡に同法第33条の4の規定の適用を受ける場合には、重複して同法第35条の規定を適用できない旨規定していることから、当該義務的修正申告書において、その他の部分に相当する譲渡について同法第33条の4の規定を適用するため、居住用部分に相当する譲渡については同法第35条の規定の適用を撤回したいと考えています。
　この場合、期限内申告において一旦適法に同法第35条の規定を適用していますので、撤回することはできず、上記の考え方による修正申告は行えないのでしょうか。

【回答要旨】

　租税特別措置法第35条の規定の適用を撤回することにより同法第33条の4の規定を適用することはできませんが、照会の場合は、見積額による同法第33条の規定の適用について、代替資産を取得できなかったため、その義務的修正申告において、同法第33条の4の規定を適用するものですから、同法第35条の規定の適用を撤回するまでもなく、措置法の規定上、重複して同法第35条の規定を適用することはできないこととなります（このため、結果として、あなたの考えている内容と同様の課税関係となります。）。
　この場合、同法第33条の4の5,000万円控除は、その他の部分に相当する譲渡、居住用部分に相当する譲渡の順に控除することとなります（措通31−1(3)）。
　なお、同法第31条の3については、同法第33条の4との重複適用を排除する規定がないことから、居住用部分に相当する譲渡について同法第31条の3の規定が適用できます。

【関係法令通達】

　租税特別措置法第31条の3、33条、33条の4、33条の5、35条
　租税特別措置法関係通達31-1、31の3−1、35−1

注記
　令和６年８月１日現在の法令・通達等に基づいて作成しています。
　この質疑事例は、照会に係る事実関係を前提とした一般的な回答であり、必ずしも事案の内容の全部を表現したものではありませんから、納税者の方々が行う具体的な取引等に適用する場合においては、この回答内容と異なる課税関係が生ずることがあることにご注意ください。