『「租税特別措置法（山林所得・譲渡所得関係）の取扱いについて」等の一部改正について（法令解釈通達）』の趣旨説明（情報）
措置法第41条の5の2《特定居住用財産の譲渡損失の損益通算及び繰越控除》関係
※ アンダーラインを付した部分が改正関係部分である。
41の5の2−1 総合短期譲渡所得（譲渡所得のうち所得税法第33条第3項第1号に掲げる所得で、措置法第32条第1項の規定の適用がない所得をいう。以下この項において同じ。）の金額又は総合長期譲渡所得（譲渡所得のうち所得税法第33条第3項第2号に掲げる所得で、措置法第31条第1項及び措置法第32条第1項の規定の適用がない所得をいう。以下この項において同じ。）の金額を計算する場合において、これらの所得の基因となった資産のうちに譲渡損失の生じた資産があるときは、その年中に譲渡した資産を総合短期譲渡所得の基因となる資産及び総合長期譲渡所得の基因となる資産に区分して、これらの資産の区分ごとにそれぞれの総収入金額から当該資産の取得費及び譲渡費用の合計額を控除して譲渡損益を計算する。この場合において、その区分ごとに計算した金額の一方に損失の金額が生じた場合又は特定居住用財産の譲渡損失の金額（措置法第41条の5の2第1項に規定する特定居住用財産の譲渡損失の金額をいう。以下41の5の2−6までにおいて同じ。）がある場合のその損失の金額の譲渡益からの控除は次による。
（1） 総合長期譲渡所得の損失の金額は、総合短期譲渡所得の譲渡益から控除する。
（2） 総合短期譲渡所得の損失の金額は、総合長期譲渡所得の譲渡益から控除する。
（3） 特定居住用財産の譲渡損失の金額は、（1）又は（2）による控除後の譲渡益について、総合短期譲渡所得の譲渡益、総合長期譲渡所得の譲渡益の順に控除する。ただし、納税者がこの取扱いと異なる順序で控除して申告したときはその計算を認める。
1 平成16年度税制改正により、土地建物等の譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額については、原則として、土地建物等の譲渡所得以外の所得との損益通算及び翌年以後3年間の純損失の繰越控除を認めないこととされ（措法31,32）、例外として、居住用財産の譲渡損失の金額及び特定居住用財産の譲渡損失の金額のみを損益通算及び繰越控除が可能な譲渡損失とすることとされた。
また、総合譲渡所得など土地建物等の譲渡所得以外の所得の金額の計算上生じた損失の金額についても、土地建物等の譲渡所得の金額との損益通算を認めないこととされた。
2 これを受け、個人が、平成16年1月1日から平成18年12月31日までの間に、その有する家屋又は土地等でその年の1月1日において所有期間が5年を超えるもののうち当該個人の居住の用に供しているもの（以下「譲渡資産」という。）の譲渡をした場合（当該個人が当該譲渡に係る契約を締結した日の前日において当該譲渡資産に係る住宅借入金等の金額を有する場合に限る。）において、次の内容の「特定居住用財産の譲渡損失の損益通算及び繰越控除」（措法41の5の2）が新たに創設された。
イ 譲渡資産に係る譲渡損失の金額のうち、分離譲渡所得の金額の計算上控除してもなお控除しきれない譲渡損失の金額（特定居住用財産の譲渡損失の金額）がある場合には、その特定居住用財産の譲渡損失の金額については、土地建物等の譲渡所得以外の所得（株式等の譲渡所得等を除く。）との損益通算をすることができる。
ロ 損益通算後なお控除しきれない特定居住用財産の譲渡損失の金額（通算後譲渡損失の金額）がある場合には、その通算後譲渡損失の金額について、その譲渡の年の翌年以後3年内の各年分の総所得金額等からの繰越控除をすることができる。
3 このため、今回の通達改正により、措通31・32共−2（譲渡所得の金額の計算）の取扱いを、分離譲渡所得内における通算に限定した取扱いに改めることとし、従来の総合譲渡所得の間との通算の順序の取扱いは、損益通算の特例である居住用財産の譲渡損失の金額又は特定居住用財産の譲渡損失の金額の取扱いにおいて定めることと整理したところである（詳細は、措通31・32共−2の説明を参照）。
4 本項は、この整理を受け、特定居住用財産の譲渡損失の金額を総合譲渡所得の金額から控除するに当っては、総合譲渡所得間の通算を行った後の残額について、原則として、総合短期譲渡所得、総合長期譲渡所得の順に控除することを明らかにしたものである。
なお、例えば、総合短期譲渡所得の譲渡益が収用等の場合の5,000万円控除（措法33の4）の対象である場合のように、総合長期譲渡所得から先に控除する方が有利となる場合があることに留意する必要がある。