［ 連結納税関連 ］
第1 連結納税基本通達関係
1−2−1 法第4条の2《連結納税義務者》に規定する他の内国法人の株主等に外国法人が含まれている場合には、同条に規定する完全支配関係（以下「完全支配関係」という。） は成立しないことに留意する。
【解説】
本通達は、「内国法人」が外国子会社を通じて間接的に株式の全部を保有している「他の内国法人」は、連結納税の対象となる連結子法人とはならないことを留意的に明らかにしたものである。
連結納税を適用することができる法人は、内国法人と当該内国法人との間に完全支配関係がある他の内国法人のすべてとされている（法4の2）。この場合の「完全支配関係」とは、発行済株式又は出資の全部を直接又は間接に保有する関係として一定のものとされていることから、法人税法第4条の2《連結納税義務者》に規定する内国法人（親会社）が他の内国法人（子会社）の発行済株式の全部を間接に保有する関係があれば、たとえこれらの子会社のうちに外国法人が含まれていたとしても完全支配関係は成立し、当該他の内国法人（子会社）は連結子法人として連結納税を適用することができるのではないかという考えも生じ得る。
しかし、当該他の内国法人が当該親会社との間に完全支配関係があるかどうかを判定するに当たり、法人税法施行令第14条の3第2項《連結納税における株式の保有関係等》の規定により読み替えて準用される同令第4条の2第11項第1号及び第2号《間接保有割合》の規定では、間接保有の資本関係者である「株主等である法人」及び「一又は二以上の法人」は「他の内国法人に限る」と規定されている。すなわち、その判定の対象となる他の内国法人の株主等である法人が外国法人である場合には、たとえ当該他の内国法人の発行済株式等が親会社によって間接的に全部が保有されていたとしても、当該他の内国法人は当該親会社との間に完全支配関係を有することにはならず、連結子法人として連結納税を適用することはできないこととなる。
1−2−8 法第4条の5第2項第5号《連結納税の承認のみなし取消し》に規定する「連結完全支配関係を有しなくなったこと」には、例えば、次に掲げる事実がこれに該当する。
（1） 連結子法人の発行済株式又は出資（以下1−2−8において「発行済株式等」という。）の全部又は一部が当該連結子法人との間に連結完全支配関係がない者に保有されることとなったこと
（2） 連結子法人の発行済株式等の全部又は一部を直接又は間接に保有する他の連結子法人（以下第3節までにおいて「株式等保有連結子法人」という。）に次に掲げる事実が生じたことに基因して連結完全支配関係を有しなくなったこと
イ 株式等保有連結子法人の発行済株式等の全部又は一部が当該株式等保有連結子法人との間に連結完全支配関係のない者に保有されることとなったこと
ロ 解散（合併による解散を除く。）
ハ 合併による解散（当該株式等保有連結子法人との間に連結完全支配関係がある連結法人との合併による解散を除く。）
ニ 同条第1項《連結納税の承認の取消し》の規定により連結納税の承認を取り消されたこと
ホ 令第14条の3第1項第2号《連結納税における株式の保有関係等》に規定する「割合」が5%以上となったこと
（3） 連結親法人が法第4条の5第1項の規定により連結納税の承認を取り消されたこと
【解説】
本通達は、連結子法人に係る承認のみなし取消しの原因となる「連結完全支配関係を有しなくなったこと」とは、具体的にどのような事実が生じた場合のことをいうのかを例示したものである。
法人税法第4条の5第2項第1号、第3号、第4号及び第5号《連結納税の承認のみなし取消し》の規定では、連結子法人に係る連結納税の承認のみなし取消しの基因となる事実が列挙されている。
これらの規定のうち、同項第1号、第3号及び第4号の規定には具体的な事実が掲げられているが、同項第5号の規定は、連結子法人（解散したものを除く。）が同項第1号又は第3号に規定する事実以外の事実に基因して連結完全支配関係を有しないこととなる事実を包括的に規定している。
そこで本通達では、具体的にどのような事実が生じた場合に同項第5号の規定により承認が取り消されることとなるのか、例示したものである。
まず、本通達の（1）では、連結子法人の発行済株式等の全部又は一部が自己の連結グループに属さない者によって保有されるに至った場合を掲げている。
次に、本通達の（2）では、当該連結子法人の発行済株式等の全部又は一部を直接又は間接に保有する他の連結子法人（株式等保有連結子法人）について一定の事実（（2）イ〜ホ）が生じた場合を列挙している。
（2）のイからホまでに掲げた事実とは、株式等保有連結子法人が連結グループから離脱する基因となる事実であり、これらの事実が生じたことに伴い、当該連結子法人についても、連結親法人との間に完全支配関係を有しないこととなり、結果、その連結グループから離脱することとなる。
最後に、本通達の（3）では、連結親法人が帳簿書類の不備などの法人税法第4条の5第1項各号《連結納税の承認の取消し》に掲げる事実が生じたため、連結納税の承認の取消しが行われた場合に、その連結グループに属する連結子法人は、同条第2項第5号の規定により、その承認を取り消されることとなることを念のため明らかにしている。