平成22年6月30日付課法2−1ほか1課共同「法人税基本通達等の一部改正について」（法令解釈通達）の趣旨説明
第1 法人税基本通達関係
4 負債の利子の計算
【改正】（合併の場合の基準年度）
3−2−14 法人を合併法人とする適格合併が行われている場合における負債利子控除割合の計算について、合併法人と被合併法人の事業年度が異なっているときであっても、その計算の基礎となる被合併法人に係る基準年度は、平成22年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始する被合併法人の各事業年度となることに留意する。
【解説】
1 受取配当等の益金不算入の計算上、控除負債利子の額の簡便計算方法（法令22
）を用いることができる法人は、平成22年4月1日に存する内国法人（当該内国法人が同日後に行われる適格合併に係る合併法人である場合には当該内国法人及び当該適格合併に係る被合併法人のすべてが同日に存していたもの（当該適格合併が法人を設立する合併である場合にあっては、当該適格合併に係る被合併法人のすべてが同日に存していたもの）に限り、連結法人を除く。）とされている。
また、控除負債利子の額の簡便計算方法の基準となる事業年度、すなわち基準年度は、「平成22年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各事業年度」とされている。
そして、この簡便計算方法による場合の控除負債利子の額は、法人の有する
関係法人株式等、
完全子法人株式等及び関係法人株式等のいずれにも該当しない株式等のそれぞれにつき、法人が当該事業年度において支払う負債の利子の額の合計額に、基準年度において支払った負債の利子の額の合計額（以下「基準年度の負債利子額の合計額」という。）のうちに基準年度の又はの株式等に係る負債の利子の額として法人税法施行令第22条第1項又は第2項の規定により計算した金額（原則法であるいわゆる総資産あん分法により計算した基準年度の控除負債利子の額）の合計額の占める割合を乗じて計算することになる。
2 ところで、法人を合併法人とする適格合併が行われた場合において、当該適格合併に係る合併法人と被合併法人の事業年度が異なるときに、「基準年度の負債利子額の合計額」をどのように計算するのか疑義が生じる。具体的には、被合併法人が基準年度に支払った負債の利子の額とは、合併法人の基準年度に対応した期間に被合併法人が支払った負債の利子の額をいうのか、あるいは、被合併法人の平成22年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各事業年度に支払った負債の利子の額をいうのかという問題である。
3 この点、被合併法人が基準年度に支払った負債の利子の額は、合併法人の事業年度にかかわりなく被合併法人の基準年度において支払った負債の利子の額をいい、「基準年度の負債利子額の合計額」について、合併法人と被合併法人の事業年度が異なる場合には、それぞれの平成22年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各事業年度に支払った負債の利子の額を合計することとなる。
本通達では、このことを明らかにしている。