第3 租税特別措置法関係通達（法人税編）関係
7 第68条《特定の協同組合等の法人税率の特例》関係
【改正】（基準所得金額の端数計算）
68−2 各事業年度の所得金額のうちに特例税率適用所得金額（措置法第42条の3の2第2項の規定による読替え後の措置法第68条の規定により100分の26の税率を適用するものとされる所得の金額をいう。）と当該特例税率適用所得金額以外の所得金額とがある場合において、同条第1項に規定する「各事業年度の所得の金額のうち10億円（事業年度が1年に満たない協同組合等については、10億円に当該事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額とする。）」に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。
なお、同条第1項に規定する「800万円（事業年度が1年に満たない協同組合等については、800万円に当該事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額とする。）」に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。ただし、当該切り捨てられる端数の金額が当該事業年度の所得金額について切り捨てられる端数の金額より多いときは、これを切り上げる。
【解説】
1 措置法第68条の規定の適用がある協同組合等（以下「特定の協同組合等」という。）に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の額は、各事業年度の所得の金額（以下「所得金額」という。）のうち年10億円を超える部分の金額については26％の税率を、年10億円以下の金額については22％の税率を乗じて計算することとされていたが、平成21年度の税制改正により、所得金額のうち年800万円以下の金額については18％の税率を乗じて計算することとされた。このため、事業年度が1年で所得金額が10億円を超える特定の協同組合等の場合には、税額計算に際して所得金額を800万円、800万円を超え10億円以下の金額、10億円を超える金額の3つに区分しなければならないこととなった（措法68
、42の3の2
）。
2 また、特定の協同組合等の事業年度が1年に満たないときには、「10億円」は「10億円に当該事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額」と、「800万円」は「800万円に当該事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額」とすることとされているため、事業年度が1年に満たない特定の協同組合等の場合は、年800万円相当額、年800万円相当額を超え年10億円相当額以下の金額、
10億円相当額を超える金額について、それぞれ端数が生じる場合がある。
3 この点について、各事業年度の課税標準たる所得金額については、1,000円未満の端数があればこれを切り捨てることとされているが（通則法118）、特定の協同組合等の事業年度が1年に満たない場合の、及びの端数計算については、所得金額の区分の問題であり、法令上は明らかにされていない。
そこで、本通達において、これらの端数計算の方法を次のとおり明らかにしている。
（1） 年10億円相当額以下の所得金額に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。
（2） 年800万円相当額以下の所得金額に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てることとし、その切り捨てられる端数の金額がその事業年度の所得金額について切り捨てられる端数の金額より多いときはこれを切り上げる。
なお、具体的な計算例は次のとおりである。
（例）特定の協同組合等の事業年度の月数 1月
当該事業年度の所得金額（別表一（二）の（「1」欄）） 100,000,700円
- 「(1)のうち年800万円相当額以下の金額 24」欄の計算
8,000,000×1／12＝666,666
666＜700（通則法118の端数）となるため、本通達なお書により切捨て
→666,000 - 「(1)のうち(24)を超え年10億円相当額以下の金額 25」欄の計算
1,000,000,000×1／12＝83,333,333
本通達本文により切捨て→83,333,000
83,333,000−666,000＝82,667,000
(「24」欄) - 「(1)のうち年10億円相当額を超える金額 26」欄の計算
1,000,000,000×1／12＝83,333,333
本通達本文により切捨て→83,333,000
100,000,000−83,333,000＝16,667,000
4 連結納税制度においても、同様の通達（連措通68の108−2）を定めている。