消費税及び地方消費税の更正等及び加算税の取扱いについて（事務運営指針）

1 消費税法（以下「法」という。）第45条第1項《課税資産の譲渡等についての確定申告》又は第46条第1項《還付を受けるための申告》の規定に基づく申告書の提出があった場合において、その後の、調査等により当該申告書が法第9条第1項《小規模事業者に係る納税義務の免除》の規定により消費税の納税義務が免除される課税期間に係るものであることが判明した場合には、当該申告書の提出により確定した納付すべき税額又は還付を受けるべき税額については、国税通則法（以下「通則法」という。）第19条第1項《修正申告》の規定による修正申告書（以下「修正申告書」という。）の提出又は同法第24条《更正》の規定による更正（以下「更正」という。）（同法第23条第1項《更正の請求》の規定による更正の請求（以下「更正の請求」という。）による場合を含む。）により是正するのであるから留意する。

2 一の申告に係る消費税及び地方消費税の納付すべき税額の合計額が正当である場合であっても、消費税又は地方消費税の一方が過少であるときには、修正申告書の提出又は更正により是正する必要があることに留意する。
 なお、過少である税について修正申告書の提出により是正する場合、過大となっている他方の税については、併せて更正の請求書を提出させ減額更正を行う。

(注) 過少である税について更正を行う場合には、過大となっている他方の税と併せて更正を行う。

3 地方消費税の確定金額に100円未満の端数があるとき若しくはその全額が100円未満であるとき又は還付金の額に1円未満の端数があるとき若しくはその全額が1円未満であるときは、消費税の例により、通則法第119条《国税の確定金額の端数計算等》又は第120条《還付金額等の端数計算等》の規定に基づきその端数を処理するのであるから留意する。

1 地方消費税に係る加算税を課する場合は、地方税法附則第9条の4第1項及び第2項《譲渡割の賦課徴収の特例等》の規定に基づき、消費税の例により通則法第65条《過少申告加算税》に規定する過少申告加算税、同法第66条《無申告加算税》に規定する無申告加算税又は同法第68条《重加算税》に規定する重加算税を課することになるのであるから留意する。

2 消費税及び地方消費税に係る加算税の額は、地方税法附則第9条の9第1項《譲渡割に係る延滞税等の計算の特例》の規定により、更正等による納付すべき消費税額及び地方消費税額の合算額を基礎として計算することとなる。また、算出された加算税の額をその計算の基礎となった消費税の額及び地方消費税の額であん分した額に相当する金額がそれぞれ消費税又は地方消費税に係る加算税の額となる。
 なお、加算税の端数計算については、地方税法附則第9条の9第3項の規定により、消費税と地方消費税を一の税とみなして行うことになるから、加算税の計算の基礎となる税額及び加算税の確定金額は、当該合算額及び当該合算額を基礎として計算したあん分前の額について通則法第118条第3項及び第119条第4項を適用した後の金額となる。

3 通則法第65条第3項第1号に規定する累積増差税額には、同条第5項の規定の適用がある修正申告書の提出により納付すべき税額は含まれないものとし、通則法第66条第3項に規定する累積納付税額には、同条第6項の規定の適用がある期限後申告書又は修正申告書の提出により納付すべき税額は含まれないものとする。

4 通則法第65条第2項《過少申告加算税の加重計算》の規定に基づき、消費税及び地方消費税に係る過少申告加算税を計算する場合の同項に規定する「期限内申告税額」は、消費税額及び地方消費税額の合算額であることに留意する。

5 通則法第119条第4項の規定に基づき重加算税の全額が切り捨てられる場合には、その切り捨てられることとなった重加算税の計算の基礎となった消費税の額及び地方消費税の額（通則法第118条第3項の規定を適用する前の額をいう。）は、過少申告加算税及び無申告加算税の計算の基礎となる通則法第65条第1項及び第66条第1項に規定する納付すべき税額に含まれないのであるから留意する。

3 通則法第65条の規定の適用に当たり、例えば、税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令の解釈が明確化されたため、その法令解釈と事業者の解釈とが異なることとなった場合において、その事業者の解釈について相当の理由があると認められる、といった納税者の責めに帰すべき事由のない事実は、同条第5項第1号に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う。

(注) 税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない。

4 通則法第65条第6項に規定する調査通知（以下「調査通知」という。）を行う場合の同項の規定の適用については、次の点に留意する。

(1) 通則法第65条第6項の規定は、納税義務者（通則法第74条の9第5項に規定する場合に該当するときは、納税義務者又は同項に規定する税務代理人）に対して調査通知を行った時点から、適用されない。

(2) 調査通知を行った場合において、調査通知後に修正申告書が提出されたときは、当該調査通知に係る調査について、実地の調査が行われたかどうかにかかわらず、通則法第65条第6項の規定の適用はない。

(3) 調査通知後の修正申告書の提出が、当該調査通知に係る調査について、通則法第74条の11第1項の通知をした後又は同条第2項の調査結果の内容に基づき納税義務者から修正申告書が提出された後若しくは更正等（通則法第29条第1項に規定する更正又は通則法第32条第5項に規定する賦課決定をいう。）をした後に行われたものである場合には、調査通知がある前に行われたものとして取り扱う。

5 第1の1《調査等により免税事業者であることが判明した場合の確定申告書等の取扱い》に該当する場合で、当初提出された申告書が法第45条第1項に規定する確定申告書で同項第5号に規定する不足額が記載されたもの又は法第46条第1項に規定する申告書であるときは、当初の申告書の提出日にかかわらず、修正申告書の提出又は更正により納付すべき税額には、過少申告加算税を課するのであるから留意する。

6 その課税期間について簡易課税制度の適用を受けていた事業者が、調査等の結果、その課税期間の基準期間における課税売上高が5,000万円を超えるためその課税期間について簡易課税制度の適用を受けられなくなった場合、これに起因して生じた増差税額は、基準期間における課税売上高が5,000万円を超えることとなった事実について正当な理由がある場合を除き、通則法第65条第1項に規定する納付すべき税額に含まれる。

1 通則法第66条の規定を適用する場合において、災害、交通・通信の途絶その他期限内に申告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められる場合は、期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があるものとして取り扱う。

2 �Uの1《通則法第65条第1項又は第6項の更正予知》の取扱いは、通則法第66条第1項、第7項又は第8項の規定を適用する場合において、期限後申告書又は修正申告書の提出が、決定又は更正があるべきことを予知してされたものであるかどうかの判定について準用する。

4 �Uの4《通則法第65条第6項の調査通知に関する留意事項》の取扱いは、調査通知を行う場合の通則法第66条第7項の規定の適用について準用する。

5 通則法第66条の規定による無申告加算税を課す場合には、次の点に留意する。

(1) 申告書が期限後に提出され、その期限後に提出されたことについて通則法第66条第1項ただし書に規定する正当な理由があると認められた場合又は同条第8項の規定の適用があった場合において、当該申告書について、更に修正申告書の提出があり、又は更正があったときは、当該修正申告又は更正による増差税額については無申告加算税を課さないで通則法第65条の規定による過少申告加算税を課する。

(2) 通則法第66条第6項において準用する通則法第65条第5項第1号に定める正当な理由があると認められる事実は、�Uの3《通則法第65条第5項第1号の正当な理由があると認められる事実》に定めるような事実とする。

(3) 通則法第119条第4項の規定により無申告加算税又は重加算税の全額が切り捨てられた場合には、通則法第66条第5項に規定する「無申告加算税（……）又は重加算税（……）を課されたことがあるとき」に該当しない。

(4) 通則法第66条第5項の規定の適用上、被合併法人の各課税期間の消費税について課された同項に規定する無申告加算税等（以下(4)において「無申告加算税等」という。）は、合併法人の行為に基因すると認められる場合に限り、当該合併法人について無申告加算税等が課されたことがあるものとして取り扱う。

(注) 無申告加算税等を課された一の法人について、その後分割が行われた場合には、分割承継法人（法第12条第1項に規定する新設分割子法人を含む。）は無申告加算税等を課されたことには該当しない。

(5) その課税期間について法第9条第1項《小規模事業者に係る納税義務の免除》の規定により消費税の納税義務が免除されていた事業者が、調査等の結果、その課税期間の基準期間における課税売上高が1,000万円を超えるためその課税期間について同項の適用を受けられなくなった場合、これに起因して生じた増差税額は、基準期間における課税売上高が1,000万円を超えることとなった事実について正当な理由がある場合を除き、通則法第66条第1項に規定する納付すべき税額に含まれる。

1 地方消費税と消費税の課税対象は同一であることから、事業者が消費税の通則法第68条第1項又は第2項《重加算税》に規定する課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装していたこと（以下「不正事実」という。）により重加算税を課する場合には、地方消費税についても当然に重加算税を課することになるのであるから留意する。

2 所得税又は法人税（以下「所得税等」という。）につき不正事実があり、所得税等について重加算税を賦課する場合には、当該不正事実が影響する消費税の不正事実に係る増差税額については重加算税を課する。

3 所得税等の所得金額には影響しないが、消費税額に影響する不正事実（消費税固有の不正事実）により、消費税が過少申告となった場合については、消費税の重加算税を課するのであるが、この場合には、例えば、次のような不正事実が該当する。

イ 課税売上げを免税売上げに仮装する。

ロ 架空の免税売上げを計上し、同額の架空の課税仕入れを計上する。

ハ 不課税又は非課税仕入れを課税仕入れに仮装する。

ニ 非課税売上げを不課税売上げに仮装し、課税売上割合を引き上げる。

ホ 簡易課税制度の適用を受けている事業者が、資産の譲渡等の相手方、内容等を仮装し、高いみなし仕入率を適用する。

4 重加算税の計算の基礎となる税額（以下「重加算税対象税額」という。）は、通則法第68条及び国税通則法施行令第28条の規定により、その原因となった更正等があった後の税額から隠蔽又は仮装をされていない事実だけに基づいて計算した税額を控除して計算するのであるが、例えば、次のような場合の重加算税対象税額は、更正等があった後の税額から、不正事実がなかったとして計算した納付すべき税額を控除した残額となる。

(1) 不正事実に基づく課税売上げ又は非課税売上げの除外があったことに伴い、課税売上割合が変動した結果、仕入控除税額が増加又は減少した場合

(2) 簡易課税制度を適用している場合において、不正事実に基づく課税売上げの除外があったこと等により、みなし仕入率が変動した結果、仕入控除税額が増加又は減少した場合

5 その課税期間の基準期間たる課税期間（以下「前々課税期間」という。）に係る消費税の増差税額に対して重加算税を課す場合（通則法第119条第4項の規定により、重加算税の全額が切り捨てられる場合を含む。）には、その原因たる前々課税期間の不正事実に連動した次の事実に起因して当該課税期間に係る消費税額が増加するときであっても、その増加額に重加算税を課すべきことにならないのであるから留意する。

(1) 基準期間における課税売上高が1,000万円を超え、当該課税期間について課税事業者となることが判明した場合

(2) 基準期間の課税売上高が5,000万円を超え、簡易課税制度の適用を受けられないことが判明した場合

6 �Vの5《無申告加算税を課す場合の留意事項》中の(3)及び(4)の取扱いについては、通則法第68条第4項の適用に当たり、同項に規定する「無申告加算税等を課され、又は徴収されたことがあるとき」について準用する。

7 法第59条の２第１項《電磁的記録に記録された事項に関する重加算税の特例》に規定する「隠蔽し、又は仮装」の意義については、平成 10 年５月28 日付課法５−４ほか６課共同「電子帳簿保存法取扱通達の制定について（法令解釈通達）」（以下「電帳法通達」という。）８−３に準じて、同項に規定する「電磁的記録・・・に記録された事項に関し・・・同法第 68 条第１項又は第２項（重加算税）の規定に該当するとき」の意義については、電帳法通達８−21 に準じて、法第 59 条の２第１項の規定の適用がある場合の通則法第 68 条第４項の規定の適用関係については、電帳法通達８−22に準じて、それぞれ取り扱う。

8 消費税法施行規則第27条の２《電磁的記録に記録された事項に関する重加算税の特例の不適用》に規定する「電磁的記録を出力することにより作成した書面で保存されている場合」とは、消費税法令の規定に基づき保存することが求められる真正な電磁的記録を出力することにより作成した書面で保存されている場合をいうのであるから、例えば、改ざんされた電磁的記録を出力することにより作成した書面で保存されている場合は含まれないことに留意する。