課消２－17
課所４－20
課法２－11
課料３－18
査調４－13
査察１－34
平成12年７月３日
（最終改正）課消２－６
課総８－26
課個２－11
課法５－43
査調７－１
査察１－67
令和5年6月23日
国税局長 殿
沖縄国税事務所長 殿
国税庁長官
1 消費税法（以下「法」という。）第45条第１項《課税資産の譲渡等についての確定申告》又は第46条第１項《還付を受けるための申告》の規定に基づく申告書の提出があった場合において、その後の、調査等により当該申告書が法第９条第１項《小規模事業者に係る納税義務の免除》の規定により消費税の納税義務が免除される課税期間に係るものであることが判明した場合には、当該申告書の提出により確定した納付すべき税額又は還付を受けるべき税額については、国税通則法（以下「通則法」という。）第19条第１項《修正申告》の規定による修正申告書（以下「修正申告書」という。）の提出又は同法第24条《更正》の規定による更正（以下「更正」という。）（同法第23条第１項《更正の請求》の規定による更正の請求（以下「更正の請求」という。）による場合を含む。）により是正するのであるから留意する。
2 一の申告に係る消費税及び地方消費税の納付すべき税額の合計額が正当である場合であっても、消費税又は地方消費税の一方が過少であるときには、修正申告書の提出又は更正により是正する必要があることに留意する。
なお、過少である税について修正申告書の提出により是正する場合、過大となっている他方の税については、併せて更正の請求書を提出させ減額更正を行う。
(注) 過少である税について更正を行う場合には、過大となっている他方の税と併せて更正を行う。
3 地方消費税の確定金額に100円未満の端数があるとき若しくはその全額が100円未満であるとき又は還付金の額に1円未満の端数があるとき若しくはその全額が1円未満であるときは、消費税の例により、通則法第119条《国税の確定金額の端数計算等》又は第120条《還付金額等の端数計算等》の規定に基づきその端数を処理するのであるから留意する。
1 地方消費税に係る加算税を課する場合は、地方税法附則第９条の4第１項及び第２項《譲渡割の賦課徴収の特例等》の規定に基づき、消費税の例により通則法第65条《過少申告加算税》に規定する過少申告加算税、同法第66条《無申告加算税》に規定する無申告加算税又は同法第68条《重加算税》に規定する重加算税を課することになるのであるから留意する。
2 消費税及び地方消費税に係る加算税の額は、地方税法附則第９条の９第１項《譲渡割に係る延滞税等の計算の特例》の規定により、更正等による納付すべき消費税額及び地方消費税額の合算額を基礎として計算することとなる。また、算出された加算税の額をその計算の基礎となった消費税の額及び地方消費税の額であん分した額に相当する金額がそれぞれ消費税又は地方消費税に係る加算税の額となる。
なお、加算税の端数計算については、地方税法附則第９条の9第３項の規定により、消費税と地方消費税を一の税とみなして行うことになるから、加算税の計算の基礎となる税額及び加算税の確定金額は、当該合算額及び当該合算額を基礎として計算したあん分前の額について通則法第118条第３項及び第119条第４項を適用した後の金額となる。
3 通則法第65条第３項第１号に規定する累積増差税額には、同条第６項の規定の適用がある修正申告書の提出により納付すべき税額は含まれないものとし、通則法第66条第４項に規定する累積納付税額には、同条第８項の規定の適用がある期限後申告書又は修正申告書の提出により納付すべき税額は含まれないものとする。
4 通則法第65条第２項《過少申告加算税の加重計算》の規定に基づき、消費税及び地方消費税に係る過少申告加算税を計算する場合の同項に規定する「期限内申告税額」は、消費税額及び地方消費税額の合算額であることに留意する。
5 通則法第119条第４項の規定に基づき重加算税の全額が切り捨てられる場合には、その切り捨てられることとなった重加算税の計算の基礎となった消費税の額及び地方消費税の額（通則法第118条第３項の規定を適用する前の額をいう。）は、過少申告加算税及び無申告加算税の計算の基礎となる通則法第65条第１項及び第66条第１項に規定する納付すべき税額に含まれないのであるから留意する。
1 通則法第65条第１項又は第６項の規定を適用する場合において、その事業者に対する臨場調査、その事業者の取引先に対する反面調査又はその事業者の申告書の内容を検討した上での非違事項の指摘等により、当該事業者が調査のあったことを了知したと認められた後に、修正申告書が提出された場合の当該修正申告書は、原則として、これらの規定に規定する「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当する。
(注) 臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として、「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当しない。
2 通則法第65条第４項の規定の適用については、次の点に留意する。
(1) 通則法第65条第４項に規定する「帳簿」とは、国税通則法施行規則（以下「通則規則」という。）第11条の２第１項第６号に掲げる帳簿のうち、通則法第65条第４項第１号に規定する特定事項（以下「特定事項」という。）に関する調査について必要があると認められるものであり、具体的には、特定事項に係る資産の譲渡等を行った年月日、当該資産の譲渡等の相手方の氏名又は名称及び当該資産の譲渡等の対価の額を記載したもの（以下(1)において「消費税に係る帳簿」という。）をいうことに留意する。
なお、特定事項に係る資産の譲渡等を行った年月日、当該資産の譲渡等の相手方の氏名又は名称及び当該資産の譲渡等の対価の額が、所得税又は法人税に関して備付け及び保存をしている帳簿（これらの税目に関して通則法第65条第４項の帳簿として取り扱われるものを含む。以下(1)において「所得税又は法人税に係る帳簿」という。）に記載されている場合には、所得税又は法人税に係る帳簿を消費税に係る帳簿として取り扱って差し支えない。
(2) 通則法第65条第４項の「納税者の責めに帰すべき事由がない場合」とは、災害その他やむを得ない事情により、帳簿の提示若しくは提出ができなかった場合又は特定事項の記載若しくは記録が不十分となった場合をいう。
(3) 通則法第65条第４項第１号の「帳簿の提示若しくは提出をしなかつた場合」とは、同項に規定する当該職員から帳簿の提示又は提出を求められた場合に、事業者が遅滞なく帳簿の提示又は提出をしなかった場合をいうことに留意する。
(4) 特定事項とは、通則規則第11条の２第２項に規定する「売上げ（業務に係る収入を含む。）」をいうのであるが、消費税に係る特定事項については、その資産の譲渡等の対価が次に掲げる事業者の区分に応じ次に定めるもの（特定資産の譲渡等に該当するものを除く。）に該当するか否かにより判定する。
イ 個人事業者 商品製品等の売上高、役務提供に係る売上高、賃貸料又は山林の伐採若しくは譲渡による売上高
ロ 法人 一般的に売上高、売上収入、営業収入等として計上される営業活動から生ずる収益
ただし、国内において事業者が行った資産の譲渡等の対価に該当しないものは、消費税に係る特定事項に該当しないことに留意する。
(5) 通則法第65条第４項第１号又は第２号の規定の適用に当たって、同項に規定する修正申告等の基因となる事項に係る課税期間（以下(5)において「対象課税期間」という。）の帳簿に記載し、又は記録すべき特定事項の金額（対象課税期間の帳簿に記載されていない、又は記録されていないものに限る。）であって次に掲げる金額があるときは、当該金額は、対象課税期間の帳簿に記載され、又は記録された特定事項の金額と取り扱って差し支えない。
イ 対象課税期間の帳簿の提示又は提出を求められた際に事業者が遅滞なく提示し、又は提出した対象課税期間以外の課税期間の帳簿に記載され、又は記録された特定事項の金額
ロ 事業者の通常の業務処理手順及び対象課税期間以前の帳簿の記載又は記録の状況等からみて、帳簿の提示又は提出を求められた日の属する課税期間の帳簿に確実に記載され、又は記録されると認められる特定事項の金額（イに掲げる金額を除く。）
(注) 特定事項の金額の記載又は記録が不十分であるかどうかの判定において、事業者が、対象課税期間の帳簿に記載し、又は記録すべき特定事項の金額について、その総額の２分の１以上の金額を申告し、かつ、当該申告された金額の根拠について特定事項に係る取引関係書類等を用いて明らかとした場合には、今後適正な帳簿の備付け及び保存を行う旨の申出等があるときに限り、本制度の円滑な運用を図る観点からの当面の配慮として、当該申告された特定事項の金額は、対象課税期間の帳簿に記載され、又は記録された特定事項の金額と取り扱って差し支えない。
3 通則法第65条の規定の適用に当たり、例えば、税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令の解釈が明確化されたため、その法令解釈と事業者の解釈とが異なることとなった場合において、その事業者の解釈について相当の理由があると認められる、といった納税者の責めに帰すべき事由のない事実は、同条第５項第１号に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う。
(注) 税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない。
4 通則法第65条第６項に規定する調査通知（以下「調査通知」という。）を行う場合の同項の規定の適用については、次の点に留意する。
(1) 通則法第65条第６項の規定は、納税義務者（通則法第74条の9第５項に規定する場合に該当するときは、納税義務者又は同項に規定する税務代理人）に対して調査通知を行った時点から、適用されない。
(2) 調査通知を行った場合において、調査通知後に修正申告書が提出されたときは、当該調査通知に係る調査について、実地の調査が行われたかどうかにかかわらず、通則法第65条第６項の規定の適用はない。
(3) 調査通知後の修正申告書の提出が、当該調査通知に係る調査について、通則法第74条の11第１項の通知をした後又は同条第２項の調査結果の内容に基づき納税義務者から修正申告書が提出された後若しくは更正等（通則法第29条第１項に規定する更正又は通則法第32条第５項に規定する賦課決定をいう。）をした後に行われたものである場合には、調査通知がある前に行われたものとして取り扱う。
5 第１の１《調査等により免税事業者であることが判明した場合の確定申告書等の取扱い》に該当する場合で、当初提出された申告書が法第45条第１項に規定する確定申告書で同項第５号に規定する不足額が記載されたもの又は法第46条第１項に規定する申告書であるときは、当初の申告書の提出日にかかわらず、修正申告書の提出又は更正により納付すべき税額には、過少申告加算税を課するのであるから留意する。
6 その課税期間について簡易課税制度の適用を受けていた事業者が、調査等の結果、その課税期間の基準期間における課税売上高が5,000万円を超えるためその課税期間について簡易課税制度の適用を受けられなくなった場合、これに起因して生じた増差税額は、基準期間における課税売上高が5,000万円を超えることとなった事実について正当な理由がある場合を除き、通則法第65条第１項に規定する納付すべき税額に含まれる。
1 通則法第66条の規定を適用する場合において、災害、交通・通信の途絶その他期限内に申告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められる場合は、期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があるものとして取り扱う。
2 Ⅱの１《通則法第65条第１項又は第６項の更正予知》の取扱いは、通則法第66条第１項、第３項、第６項、第８項又は第９項の規定を適用する場合において、期限後申告書又は修正申告書の提出が、決定又は更正があるべきことを予知してされたものであるかどうかの判定について準用する。
3 通則法第66条第１項の規定に該当する場合において、Ⅱの３に掲げるような事実があると認められるときは、同条第３項の「加算後累積納付税額の計算の基礎となった事実のうちに（……）納税者の責めに帰すべき事由がないと認められるものがあるとき」に該当するものとして取り扱う。
(注) 通則法第66条第７項において準用する通則法第65条第５項（第１号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合において、同号に規定する「正当な理由があると認められる事実に基づく税額」は、通則法第66条第２項に規定する加算後累積納付税額には含まれないのであるから、当該事実に基づく税額は同条第３項の「納税者の責めに帰すべき事由がないと認められる事実に基づく税額」に含まれないことに留意する。
4 通則法第66条第３項各号に掲げる税額は、通則法第118条第３項の「その計算の基礎となる税額」に該当するのであるから、通則法第66条第３項の規定により無申告加算税の額を計算する場合において、同項各号に掲げる税額に区分された加算後累積納付税額若しくは累積納付税額のそれぞれの税額に１万円未満の端数があるとき又はこれらの税額の全額が１万円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てて計算することに留意する。
5 通則法第66条第１項第１号に該当する場合には、期限後申告又は決定前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）は存在しないのであるから、その場合には、同条第２項に規定する加算後累積納付税額の計算の基礎となった事実については、その全てが、同条第３項の「申告、更正又は決定前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかったこと」となることに留意する。
6 Ⅱの２《通則法第65条第４項の加重措置の適用に関する留意事項》の取扱いは、通則法第66条第５項の規定の適用について準用する。
7 通則法第66条第６項の規定の適用に当たっては、次の点に留意する。
(1) 通則法第119条第４項の規定により無申告加算税又は重加算税の全額が切り捨てられた場合には、無申告加算税等（通則法第66条第６項第１号に規定する無申告加算税等をいう。以下７において同じ。）を課されたことがある場合に該当せず、通則法第119条第４項の規定により無申告加算税又は重加算税の全額が切り捨てられた、又は切り捨てられる場合には、特定無申告加算税等（通則法第66条第６項第２号に規定する特定無申告加算税等をいう。以下７において同じ。）を課されたことがあり、又は特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認める場合に該当しない。
(2) 被合併法人の各課税期間の消費税及び地方消費税について、無申告加算税等を課されたことがある場合又は特定無申告加算税等を課されたことがあり、若しくは特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認める場合には、これらの無申告加算税等又は特定無申告加算税等が合併法人の行為に基因すると認められるときに限り、当該合併法人について、無申告加算税等を課されたことがある場合又は特定無申告加算税等を課されたことがあり、若しくは特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認める場合に該当するものとして取り扱う。
(注) 無申告加算税等又は特定無申告加算税等を課された一の法人について、その後分割が行われた場合であっても、分割承継法人について、無申告加算税等を課されたことがある場合又は特定無申告加算税等を課されたことがある場合には該当せず、分割前の期間が含まれる分割法人の各課税期間の消費税及び地方消費税について特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認める場合であっても、分割承継法人について特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認める場合には該当しない。
(3) 通則法第66条第６項第２号の「課税期間の初日の属する年」の前年中又は前々年中に開始した各課税期間が１年未満のものがある場合には、同項（同号に係る部分に限る。）の規定は、当該前年中に課税期間が開始した消費税及び地方消費税のうちのいずれか及び当該前々年中に開始した課税期間の消費税及び地方消費税のうちのいずれかについて特定無申告加算税等を課されたことがあり、又は特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認める場合に該当するときに適用されるものであり、当該前年中及び当該前々年中に開始した各課税期間の消費税及び地方消費税の全てについて特定無申告加算税等を課されたことがあり、又は特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認める場合に該当することは要しない。
8 Ⅱの４《通則法第65条第６項の調査通知に関する留意事項》の取扱いは、調査通知を行う場合の通則法第66条第８項の規定の適用について準用する。
9 通則法第66条の規定による無申告加算税を課す場合には、次の点に留意する。
(1) 申告書が期限後に提出され、その期限後に提出されたことについて通則法第66条第１項ただし書に規定する正当な理由があると認められた場合又は同条第９項の規定の適用があった場合において、当該申告書について、更に修正申告書の提出があり、又は更正があったときは、当該修正申告又は更正による増差税額については無申告加算税を課さないで通則法第65条の規定による過少申告加算税を課する。
(2) 通則法第66条第７項において準用する通則法第65条第５項第１号に定める正当な理由があると認められる事実は、Ⅱの３《通則法第65条第５項第１号の正当な理由があると認められる事実》に定めるような事実とする。
(3) その課税期間について法第９条第１項《小規模事業者に係る納税義務の免除》の規定により消費税の納税義務が免除されていた事業者が、調査等の結果、その課税期間の基準期間における課税売上高が1,000万円を超えるためその課税期間について同項の適用を受けられなくなった場合、これに起因して生じた増差税額は、基準期間における課税売上高が1,000万円を超えることとなった事実について正当な理由がある場合を除き、通則法第66条第１項に規定する納付すべき税額に含まれる。
1 地方消費税と消費税の課税対象は同一であることから、事業者が消費税の通則法第68条第１項又は第２項《重加算税》に規定する課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装していたこと（以下「不正事実」という。）により重加算税を課する場合には、地方消費税についても当然に重加算税を課することになるのであるから留意する。
2 所得税又は法人税（以下「所得税等」という。）につき不正事実があり、所得税等について重加算税を賦課する場合には、当該不正事実が影響する消費税の不正事実に係る増差税額については重加算税を課する。
3 所得税等の所得金額には影響しないが、消費税額に影響する不正事実（消費税固有の不正事実）により、消費税が過少申告となった場合については、消費税の重加算税を課するのであるが、この場合には、例えば、次のような不正事実が該当する。
イ 課税売上げを免税売上げに仮装する。
ロ 架空の免税売上げを計上し、同額の架空の課税仕入れを計上する。
ハ 不課税又は非課税仕入れを課税仕入れに仮装する。
ニ 非課税売上げを不課税売上げに仮装し、課税売上割合を引き上げる。
ホ 簡易課税制度の適用を受けている事業者が、資産の譲渡等の相手方、内容等を仮装し、高いみなし仕入率を適用する。
4 重加算税の計算の基礎となる税額（以下「重加算税対象税額」という。）は、通則法第68条及び国税通則法施行令第28条の規定により、その原因となった更正等があった後の税額から隠蔽又は仮装をされていない事実だけに基づいて計算した税額を控除して計算するのであるが、例えば、次のような場合の重加算税対象税額は、更正等があった後の税額から、不正事実がなかったとして計算した納付すべき税額を控除した残額となる。
(1) 不正事実に基づく課税売上げ又は非課税売上げの除外があったことに伴い、課税売上割合が変動した結果、仕入控除税額が増加又は減少した場合
(2) 簡易課税制度を適用している場合において、不正事実に基づく課税売上げの除外があったこと等により、みなし仕入率が変動した結果、仕入控除税額が増加又は減少した場合
5 その課税期間の基準期間たる課税期間（以下「前々課税期間」という。）に係る消費税の増差税額に対して重加算税を課す場合（通則法第119条第４項の規定により、重加算税の全額が切り捨てられる場合を含む。）には、その原因たる前々課税期間の不正事実に連動した次の事実に起因して当該課税期間に係る消費税額が増加するときであっても、その増加額に重加算税を課すべきことにならないのであるから留意する。
(1) 基準期間における課税売上高が1,000万円を超え、当該課税期間について課税事業者となることが判明した場合
(2) 基準期間の課税売上高が5,000万円を超え、簡易課税制度の適用を受けられないことが判明した場合
6 Ⅲの７《通則法第66条第６項の規定の適用に当たっての留意事項》の取扱いは、通則法第68条第４項の適用について準用する。
7 法第59条の２第１項《電磁的記録に記録された事項に関する重加算税の特例》に規定する「隠蔽し、又は仮装」の意義については、平成 10 年５月28 日付課法５－４ほか６課共同「電子帳簿保存法取扱通達の制定について（法令解釈通達）」（以下「電帳法通達」という。）８－４に準じて、同項に規定する「電磁的記録・・・に記録された事項に関し・・・同法第 68 条第１項又は第２項（重加算税）の規定に該当するとき」の意義については、電帳法通達８－22 に準じて、法第 59 条の２第１項の規定の適用がある場合の通則法第 68 条第４項の規定の適用関係については、電帳法通達８－23に準じて、それぞれ取り扱う。
8 消費税法施行規則第27条の２《電磁的記録に記録された事項に関する重加算税の特例の不適用》に規定する「電磁的記録を出力することにより作成した書面で保存されている場合」とは、消費税法令の規定に基づき保存することが求められる真正な電磁的記録を出力することにより作成した書面で保存されている場合をいうのであるから、例えば、改ざんされた電磁的記録を出力することにより作成した書面で保存されている場合は含まれないことに留意する。