[平成12年7月3日 課法 7−8]
課所 4−18
課料 3−16
査察 1−32
この事務運営指針では、源泉所得税の重加算税の取扱いについて定めています。
（趣旨）
源泉所得税の重加算税の徴収に関する取扱基準の整備等を図ったものです。
課法 7−8
課所 4−18
課料 3−16
査察 1−32
平成12年7月3日
改正 平成24年12月21日
改正 平成28年12月12日
改正 平成29年11月28日
改正 令和5年6月23日
国税局長 殿
沖縄国税事務所長 殿
国税庁長官
標題のことについて、国税通則法（以下「通則法」という。）第68条第3項又は第4項第1号の規定の適用に関し留意すべき事項等を下記のとおり定めたから、今後処理するものからこれにより取り扱われたい。
（趣旨）
源泉所得税の重加算税の徴収に関する取扱基準の整備等を図ったものである。
記
（隠蔽又は仮装に該当する場合）
1 通則法第68条第3項に規定する「事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し」とは、例えば、次に掲げるような事実（以下「不正事実」という。）がある場合をいう。
(1) いわゆる二重帳簿を作成していること。
(2) 帳簿書類を破棄又は隠匿していること。
(3) 帳簿書類の改ざん（偽造及び変造を含む。)、帳簿書類への虚偽記載、相手方との通謀による虚偽の証ひょう書類の作成、帳簿書類の意図的な集計違算その他の方法により仮装の経理を行っていること。
(4) 帳簿書類の作成又は帳簿書類への記録をせず、源泉徴収の対象となる支払事実の全部又は一部を隠ぺいしていること。
（帳簿書類の範囲）
2 「1」の帳簿書類とは、源泉所得税及び復興特別所得税の徴収又は納付に関する一切のものをいうのであるから、会計帳簿、原始記録、証ひょう書類その他会計に関する帳簿書類のほか、次に掲げるような帳簿書類を含むことに留意する。
(1) 給与所得及び退職所得に対する源泉徴収簿その他源泉所得税及び復興特別所得税の徴収に関する備付帳簿
(2) 株主総会・取締役会等の議事録、報酬・料金等に係る契約書、給与等の支給規則、出勤簿、出張・超過勤務・宿日直等の命令簿又は事績簿、社会保険事務所、労働基準監督署又は地方公共団体等の官公署に対する申請又は届出等に関する書類その他の帳簿書類のうち、源泉所得税及び復興特別所得税の税額計算の基礎資料となるもの
(3) 支払調書、源泉徴収票、給与支払事務所等の開設届出書、給与所得又は退職所得の支払明細書その他源泉徴収義務者が法令の規定に基づいて作成し、かつ、交付し又は提出する書類
(4) 給与所得者の扶養控除等申告書、給与所得者の配偶者控除等申告書、給与所得者の保険料控除申告書、退職所得の受給に関する申告書、非課税貯蓄申告書、非課税貯蓄申込書、配当所得の源泉分離課税の選択申告書、年末調整による過納額還付請求書、租税条約に関する届出書その他源泉所得税及び復興特別所得税を徴収される者が法令の規定に基づいて提出し又は提示する書類
（源泉徴収義務者が直接不正に関与していない場合の取扱い）
3 不正事実は、源泉徴収義務者に係るものに限られるのであるから、例えば、源泉所得税及び復興特別所得税を徴収される者に係る不正の事実で、源泉徴収義務者が直接関与していないものは、不正事実に該当しないことに留意する。
（認定賞与等に対する重加算税の取扱い）
4 源泉所得税及び復興特別所得税が法定納期限までに完納されなかったことが不正事実に基づいている限り、重加算税の対象となる。
ただし、法人税について重加算税が賦課される場合において、法人税の所得金額の計算上損金の額に算入されない役員又は使用人の賞与、報酬、給与若しくは退職給与と認められるもの又は配当等として支出したと認められるもの（以下「認定賞与等」という。）の金額が当該重加算税の計算の基礎とされているときは、原則として、当該基礎とされている認定賞与等の金額のうち、当該重加算税の対象とされる所得の金額に達するまでの認定賞与等の金額については、源泉所得税及び復興特別所得税の重加算税の対象として取り扱わない。
(注) 当該認定賞与等の金額のうち、法人税の重加算税の対象とされる所得の金額に達するまでの金額は、事業年度首から順に成っているものとして取り扱う。
（通則法第68条第4項第1号の規定の適用に当たっての留意事項）
5 通則法第68条第4項第1号の規定の適用に当たっては、次の点に留意する。
(1) 通則法第119条第4項の規定により重加算税の全額が切り捨てられた場合には、通則法第68条第4項第1号に規定する「無申告加算税等を課され、又は徴収されたことがあるとき」に該当しない。
(2) 源泉徴収に係る所得税及び復興特別所得税とそれ以外の所得税及び復興特別所得税は同一税目として取り扱わない。
（重加算税額算出の基礎となるべき源泉所得税及び復興特別所得税の税額の計算）
6 源泉所得税及び復興特別所得税が納付漏れとなった給与等又は退職手当等の金額のうちに、不正事実に係るものとその他のものとがある場合には、重加算税の基礎となる税額は、当該不正事実に係るものをその他のものに上積みして計算した場合の当該不正事実に係るものに対応する増差税額によることに留意する。