課法2-9
課総5-5
査調4-4
査察1-7
平成24年6月25日
改正 平成28年12月12日
各国税局長 殿
沖縄国税事務所長 殿
国税庁長官
標題のことについて、次に掲げる事務運営指針に定めるところに準じて取り扱うほか、国税通則法（以下「通則法」という。）第65条、第66条及び第68条第1項若しくは第2項又は第4項の規定の適用に関し留意すべき事項等を下記のとおり定めたから、これにより取り扱われたい。
1 平成12年7月3日付課法2−8ほか3課共同「法人税の重加算税の取扱いについて」（事務運営指針）
2 平成12年7月3日付課法2−9ほか3課共同「法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて」（事務運営指針）
3 平成16年3月26日付課法2−6ほか3課共同「連結法人税の重加算税の取扱いについて」（事務運営指針）
4 平成16年3月26日付課法2−7ほか3課共同「連結法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて」（事務運営指針）
記
1 法人税の確定申告書（期限後申告書を含む。以下同じ。）又は連結確定申告書（期限後申告書を含む。以下同じ。）に記載されたところにより計算した課税標準法人税額（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（平成23年法律第117号。以下「復興財源確保法」という。）第47条((課税標準))に規定する課税標準法人税額をいう。以下同じ。）がないため、同法第53条第1項ただし書((課税標準及び税額の申告))の規定により復興特別法人税申告書の提出がなかった場合において、その後その事業年度又は連結事業年度につき法人税の修正申告又は更正があったこと等に伴い、復興特別法人税について期限後申告書の提出があったとき又は決定をするときは、法人税について期限内申告が行われたかどうかにかかわらず、その期限後申告又は決定に係る復興特別法人税については、通則法第66条((無申告加算税))の規定を適用することに留意する。
2 法人税の確定申告書又は連結確定申告書に記載されたところにより計算した課税標準法人税額がないため、復興財源確保法第53条第1項ただし書((課税標準及び税額の申告))の規定により復興特別法人税申告書の提出を要しないこととなる法人が、課税標準法人税額を零とし、かつ、還付金額（同項第3号に規定する控除しきれなかった金額をいう。以下同じ。）の記載がない復興特別法人税に係る申告書を提出した場合には、当該申告書は、通則法第2条第6号((定義))に規定する納税申告書に該当するものとする。したがって、当該申告書に係る課税標準法人税額、復興特別法人税の額又は還付金額につきその後に税務署長が行う処分は、決定ではなく、更正となることに留意する。