通算親法人との間に完全支配関係を有することとなった法人が特例決算期間（会計期間）の末日の翌日に適格合併により消滅する場合について
【照会要旨】
当社（３月末決算）は自己を通算親法人とする法人税法第64条の９第１項の承認を受けているところ、会計期間の途中（×１年10月末）にＡ社（３月末決算）の発行済株式の全てを取得し、Ａ社との間に完全支配関係を有することとなりました。
当社は、Ａ社のグループ通算制度への加入に際して、所定の期限までに必要事項を記載した書類（加入時期の特例を適用する旨を記載した書類）を所轄税務署長に提出することで、Ａ社のグループ通算制度の適用上、Ａ社の会計期間（特例決算期間）の末日（×２年３月31日）の翌日（×２年４月１日）に通算承認の効力を生ずる特例の適用を受けることとしています（法法14
一、64の９
、法規８の３の３四）。
今般、経営計画の変更により、当社を合併法人とし、Ａ社を被合併法人とする適格合併（以下「本件適格合併」といいます。）を×２年４月１日に行うこととなったところ、Ａ社は、特例決算期間の末日（×２年３月31日）まで、継続して通算親法人である当社との間に当社による完全支配関係があり、通算承認の効力が生ずる日（×２年４月１日）に消滅します。
Ａ社において通算承認の効力が生ずる日と本件適格合併に伴うＡ社の消滅の日とが同日となる場合、グループ通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益（法法64の12）、時価評価除外法人に該当しない場合における欠損金の切捨て（法法57
）等の規定の適用を受けることとなりますか。
【回答要旨】
本件適格合併により消滅するＡ社は、特例決算期間の末日の翌日（×２年４月１日）に通算承認の効力が生ずることとなるため、グループ通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益、時価評価除外法人に該当しない場合における欠損金の切捨て等の規定についてそれぞれ所定の要件に該当する場合には、これらの規定の適用を受けることとなります。
（理由）
１ 内国法人が、通算親法人との間にその通算親法人による完全支配関係を有することとなった場合、所定の期限までに通算親法人が一定の事項を記載した書類（加入時期の特例を適用する旨を記載した書類）を提出することを要件に、その内国法人の事業年度について、次の(1)又は(2)の区分に応じ、それぞれ次のとおりとすることができる特例措置（以下「加入時期の特例」といいます。）が講じられています（法法14）。
(1) 通算親法人との間に完全支配関係を有することとなった日（以下「加入日」といいます。）からその加入日の前日の属する特例決算期間（注）の末日まで継続してその内国法人との間にその通算親法人による完全支配関係がある場合には、その内国法人については、加入日の前日の属する特例決算期間の末日の翌日（以下「特例日」といいます。）を「通算親法人による完全支配関係を有することとなった日」として、その特例決算期間の末日を事業年度終了の日とすることとされています（法法14
一、一）。
（注） 特例決算期間とは、その内国法人の月次決算期間（会計期間をその開始の日以後一月ごとに区分した各期間をいいます。）又は会計期間のうち「完全支配関係を有することとなった旨を記載した書類及びグループ通算制度への加入時期の特例を適用する旨を記載した書類」（加入時期の特例を適用する旨を記載した書類）に記載された期間をいいます（法法14一）。
(2) 上記(1)の場合以外の場合には、その内国法人については、通算承認の効力が生ずることはなく（法法64の９）、その内国法人の会計期間等による事業年度となります（法法14二）。
上記(1)の特例措置の適用を受ける場合、特例日において通算承認があったものとみなされ、通算承認の効力はその特例日から生ずるものとするとされています（法法64の９）。
２ Ａ社が特例決算期間の途中で適格合併に伴い消滅する場合には、特例決算期間の末日まで継続して貴社による完全支配関係がないため、上記１(2)のとおり、通算承認の効力が生ずることはありませんが、本照会の場合、Ａ社は、特例決算期間の末日である×２年３月31日まで貴社による完全支配関係を有することから、上記１(1)の特例措置の適用により、その翌日である×２年４月１日に通算承認の効力が生ずることとなります。このようにＡ社に通算承認の効力が生ずるものの、本件適格合併により同日に解散し、消滅して、通算承認の効力を失う（法法64の10五）ため、グループ通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益、時価評価除外法人に該当しない場合における欠損金の切捨て等、通算承認の効力が生じたことに伴い、これらの規定の適用を受けることとなるのか疑問も生ずるところです。
この点、上記１(1)のとおり、加入日からその加入日の前日の属する特例決算期間の末日まで継続して通算親法人による完全支配関係がある場合には、特例日に通算承認があったものとみなすこととされ、同日に通算子法人が合併により消滅し、通算承認の効力を失うこととなりますが、このように通算承認の効力が生ずる日と合併により通算承認の効力を失う日が同日となる場合に通算承認の効力が生じないとする規定はありません。
このため、Ａ社は、通算承認があったものとみなされる日（×２年４月１日）に行われる本件適格合併により消滅し、通算承認の効力を失うこととなりますが、特例決算期間の末日である×２年３月31日まで通算親法人である貴社とＡ社との間には貴社による完全支配関係があることから、その翌日（特例日）である×２年４月１日に通算承認の効力が生ずることとなります。
したがって、Ａ社は、グループ通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益、時価評価除外法人に該当しない場合における欠損金の切捨て等の規定についてそれぞれ所定の要件に該当する場合には、これらの規定の適用を受けることとなります。
【関係法令通達】
法人税法第14条第４項、第８項、第57条第６項、第64条の９第11項、第64条の10第６項第５号、第64条の12
法人税法施行規則第８条の３の３第４号
注記
令和5年8月1日現在の法令・通達等に基づいて作成しています。
この質疑事例は、照会に係る事実関係を前提とした一般的な回答であり、必ずしも事案の内容の全部を表現したものではありませんから、納税者の方々が行う具体的な取引等に適用する場合においては、この回答内容と異なる課税関係が生ずることがあることにご注意ください。