研究開発税制は、次のとおり、1「試験研究費の総額に係る税額控除制度」、2「中小企業技術基盤強化税制」及び3「特別試験研究費の額に係る税額控除制度」の3つの制度によって構成されています。なお、12は同時に選択することはできません(選択適用)。
 また、下記4の「平均売上金額の10%相当額を超える試験研究費の額に係る税額控除制度(高水準型)」については、令和元年度税制改正により廃止されていますので、平成31年4月1日以後に開始する事業年度は適用できません。
 各制度の内容については、「試験研究費の総額に係る税額控除制度」はコード5442、「特別試験研究費の額に係る税額控除制度」はコード5443、「中小企業技術基盤強化税制」はコード5444、をそれぞれ参照してください。

なお、中小企業者(適用除外事業者を除きます。)又は農業協同組合等以外の法人が平成30年4月1日から令和3年3月31日までの間に開始する各事業年度において、下記5の要件を満たさない場合には、1及び3の適用が受けられません。

1 試験研究費の総額に係る税額控除制度(総額型)

この制度は、青色申告法人の各事業年度において、損金の額に算入される試験研究費の額がある場合に、その試験研究費の額に一定割合を乗じて計算した金額を、その事業年度の法人税額から控除することを認めるものです。

2 中小企業技術基盤強化税制

この制度は、中小企業者(適用除外事業者を除きます。)又は農業協同組合等である青色申告法人の各事業年度において、損金の額に算入される試験研究費の額がある場合に、上記1の「試験研究費の総額に係る税額控除制度」に代えて適用するときは、その試験研究費の額に一定割合を乗じて計算した金額を、その事業年度の法人税額から控除することを認めるものです。

3 特別試験研究費の額に係る税額控除制度(オープンイノベーション型)

この制度は、青色申告法人の各事業年度において損金の額に算入される特別試験研究費の額がある場合に、上記1及び2の制度とは別枠でその特別試験研究費の額の一定割合の金額をその事業年度の法人税額から控除することを認めるものです。
 なお、「特別試験研究費の額に係る税額控除制度」の対象となる特別試験研究費の額は、「試験研究費の総額に係る税額控除制度」又は「中小企業技術基盤強化税制」の計算の基礎に含めることはできません。

4 平均売上金額の10%相当額を超える試験研究費の額に係る税額控除制度(高水準型)

この制度は、青色申告法人の平成20年4月1日から平成31年3月31日までの間に開始する各事業年度に、当期の損金の額に算入される試験研究費の額が平均売上金額の10%を超える場合に、その事業年度の法人税額からその超える部分の金額に超過税額控除割合を乗じて計算した金額を控除することを認めるものです。
 超過税額控除割合とは、当期の試験研究費の額の平均売上金額に対する割合から10%を控除した割合に0.2を乗じて計算した割合をいいます。

5 その他注意事項

 この制度は、中小企業者(注1)又は農業協同組合等以外の法人が、平成30年4月1日から令和3年3月31日までの間に開始する各事業年度において次の要件のいずれにも該当しない場合(その事業年度の所得金額が前事業年度の所得金額以下である場合を除きます。)には、適用できません。

  1. (1) 継続雇用者給与等支給額(注2) > 継続雇用者比較給与等支給額(注3)
  2. (2) 国内設備投資額(注4) > 当期償却費総額(注5) × 30%(注6)
    1. (注1) 中小企業者とは、次に掲げる法人をいいます。なお、平成31年4月1日以後に開始する事業年度においては、中小企業者のうち適用除外事業者(その事業年度開始の日前3年内に終了した各事業年度の所得金額の年平均額が15億円を超える法人等をいいます。)に該当するものは除かれます。
        1. (1) 資本金の額又は出資金の額が1億円以下の法人のうち次に掲げる法人以外の法人
          1. イ その発行済株式又は出資(平成31年4月1日以後に開始する事業年度においては、自己の株式又は出資を除きます。以下同じです。)の総数又は総額の2分の1以上を同一の大規模法人に所有されている法人
          2. ロ 上記イのほか、その発行済株式又は出資の総数又は総額の3分の2以上を複数の大規模法人に所有されている法人
        2. (注) 大規模法人とは、次に掲げる法人をいい、中小企業投資育成株式会社を除きます。なお、(3)及び(4)に掲げる法人については、平成31年4月1日以後に開始する事業年度において、大規模法人となります。
          1. (1) 資本金の額又は出資金の額が1億円を超える法人
          2. (2) 資本又は出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が1,000人を超える法人
          3. (3) 大法人(次に掲げる法人をいいます。以下同じです。)との間にその大法人による完全支配関係がある法人
            1. イ 資本金の額又は出資金の額が5億円以上の法人
            2. ロ 相互会社及び外国相互会社のうち、常時使用する従業員の数が1,000人を超える法人
            3. ハ 受託法人
          4. (4) 100%グループ内の複数の大法人に発行済株式又は出資の全部を直接又は間接に保有されている法人((3)に掲げる法人を除きます。)
        3. ハ 受託法人
      1. (2) 資本又は出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が1,000人以下の法人(受託法人を除きます。)
    2. (注2) 継続雇用者給与等支給額とは、法人の適用年度及び前事業年度の期間内の各月においてその法人の給与等の支給を受けた国内雇用者(雇用保険法の一般被保険者に限られ、高年齢者等の雇用の安定等に関する法律に定める継続雇用制度の対象者を除くこととされています。以下同じです。)に対する適用年度の給与等の支給額をいいます。
    3. (注3) 継続雇用者比較給与等支給額とは、法人の適用年度及び前事業年度の期間内の各月においてその法人の給与等の支給を受けた国内雇用者に対する前事業年度の給与等の支給額をいいます。
    4. (注4) 国内設備投資額とは、法人が適用年度において取得等をした国内にある法人の事業の用に供する法人税法施行令第13条各号に掲げる資産(時の経過によりその価値の減少しないものは除きます。)でその適用年度終了の日において有するものの取得価額の合計額をいいます。
    5. (注5) 当期償却費総額とは、法人が有する減価償却資産につき適用年度においてその償却費として損金経理をした金額の合計額をいいます。
    6. (注6) 令和2年3月31日以前に開始した事業年度については10%となります。

(※) この制度については、経済産業省ホームページに「研究開発税制Q&A」等(https://www.meti.go.jp/policy/tech_promotion/tax.html)が掲載されていますので、詳細はそちらをご参照ください。

(措法42の4、42の12の5、42の13、措令27の4、27の12の5、27の13、措規20、平29改正法附則62、平30改正法附則93、平31改正令附則16、令2改正法附則78)

[令和2年4月1日現在法令等]