セルフメディケーション税制は医療費控除の特例であり、通常の医療費控除との選択適用となりますので、いずれか一方を選択して適用を受けることになります。
 したがって、セルフメディケーション税制の適用を受けることを選択した納税者は通常の医療費控除を受けることができず、通常の医療費控除を受けることを選択した納税者はセルフメディケーション税制の適用を受けることはできません。このため例えば、セルフメディケーション税制の適用を受ける場合には、この特例の対象となる特定一般用医薬品等購入費以外の医療費の額が適用下限額(10万円と総所得金額の5%相当額のいずれか低い方の金額)を超える場合であっても、通常の医療費控除を併せて受けることはできません。

(注) セルフメディケーション税制の適用を受けることを選択して確定申告書を提出した場合には、その後において納税者が更正の請求をし、又は修正申告書を提出するときにおいて、セルフメディケーション税制から通常の医療費控除へ適用を変更することはできません。通常の医療費控除を受けることを選択した場合も同様です。

(所法73、措法41の17の2)

参考: 関連コード

(平成31年4月1日現在の法令等によっています。)