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国税庁長官が認定した認定NPO法人に関するQ&A

(問1) 旧制度に基づき国税庁長官の認定を受けた認定NPO法人で、その認定の有効期間の終了する日が平成24年4月1日以降に到来しますが、「特定非営利活動促進法の一部を改正する法律(平成23年6月22日公布)」(以下「改正NPO法」といいます。)が施行された平成24年4月1日に国税庁長官から受けた認定の有効期間が終了したことになるのでしょうか。
(答) 改正NPO法が平成24年4月1日から施行されたことにより、国税庁長官が認定する認定制度(以下「旧制度」といいます。)が廃止され、都道府県の知事又は指定都市の長(以下「所轄庁」といいます。)が認定する新たな認定制度(以下「新制度」といいます。)が開始されましたが、国税庁長官の認定を受けた認定NPO法人のその認定の有効期間は、従前どおり「国税庁長官の定める日から5年間」とされています(改正NPO法附則10丸1)。
 したがって、旧制度に基づき国税庁長官の認定を受けた認定NPO法人のその認定の有効期間については、改正NPO法が施行された平成24年4月1日に終了するものではありません。
 なお、認定の有効期間は従前どおりとなることから、事業年度終了後に提出する書類も引き続き国税庁長官あてに提出する必要があります。
(問2) 旧制度に基づき国税庁長官の認定を受けた認定NPO法人で、その認定の有効期間の終了する日が平成24年4月1日以降に到来しますが、4月1日以後に新たに認定を受けるための申請書はどこに提出すればいいのでしょうか。
(答)  旧制度に基づき国税庁長官の認定を受けた認定NPO法人でその認定の有効期間の終了する日が平成24年4月1日以降に到来する法人が、4月1日以後に認定の申請をする場合には、該当する所轄庁に対して行うこととなります。その場合、所轄庁に対して提出する申請書様式は、従来国税庁長官あてに提出していた申請書様式とは異なりますので、詳しくは該当する所轄庁にお問い合わせ願います。
(問3) 旧制度に基づき国税庁長官の認定を受けた認定NPO法人で、その認定の有効期間の終了する日が平成24年4月1日以降に到来します。当法人が国税庁長官の認定の有効期間内に所轄庁の認定を受けた場合には、国税庁長官の認定と所轄庁の認定が並存することになりますが、その場合、事業年度終了後に提出する書類は、国税庁長官と所轄庁の両方に提出する必要がありますか。
(答)  旧制度に基づき国税庁長官の認定を受けている認定NPO法人が、平成24年4月1日以降、その有効期間内に所轄庁の認定を受けた場合、国税庁長官の認定の有効期限が終了するまでの間は国税庁長官の認定と所轄庁の認定の両方の認定を受けていることとなります。
 この場合、事業年度終了後に提出する書類は、認定NPO法人の利便性の観点等から、所轄庁に提出すればよいこととされております。
 ただし、事業年度の途中で所轄庁の認定を受けた場合で、当該事業年度において旧制度の認定NPO法人であった時期と、旧制度の認定NPO法人かつ新制度の認定NPO法人という時期が並存する場合には、国税庁長官と所轄庁それぞれに対して提出することとなります。
 なお、国税庁長官に事業年度終了後に提出する書類と、所轄庁に提出する書類は、様式が異なりますのでご注意下さい。
(注) 助成金の支給を行った場合及び海外への送金又は金銭の持出し(その金額が200万円以下のものを除きます。)を行う場合又は法人の名称、主たる事務所の所在地、代表者の氏名に変更があった場合の届出書等も、上記と同様の取り扱いとなります。
【具体例丸1
(認定の有効期間が平成26年6月30日までである3月決算の認定NPO法人が、平成24年9月1日(事業年度の途中)に新制度に基づき所轄庁の認定を受けた場合)
⇒平成25年3月期(下図A)・・・国税庁長官と所轄庁それぞれに対しそれぞれの様式にて提出する必要があります。
平成26年3月期以降(下図B)・・・所轄庁の様式にて所轄庁に提出すればよいこととされております。
(認定の有効期間が平成26年6月30日までである3月決算の認定NPO法人が、平成24年9月1日(事業年度の途中)に新制度に基づき所轄庁の認定を受けた場合)
【具体例丸2
(認定の有効期間が平成26年6月30日までである3月決算の認定NPO法人が、平成25年4月1日(事業年度の開始日)に新制度に基づき所轄庁の認定を受けた場合)
⇒平成25年3月期(下図C)・・・国税庁長官が定める様式に従い国税庁長官に対してのみ提出する必要があります。
平成26年3月期以降(下図D)・・・所轄庁が定める様式に従い所轄庁に提出すればよいこととされております。
(認定の有効期間が平成26年6月30日までである3月決算の認定NPO法人が、平成25年4月1日(事業年度の開始日)に新制度に基づき所轄庁の認定を受けた場合)