平成15年度税制改正において特定医療法人制度が改正され、平成15年4月1日から特定医療法人の承認は国税庁長官(改正前は財務大臣)が行うこととなりました。
 これを受け、国税庁では、特定の医療法人の法人税率の特例の適用を受けるための申請手続に関して、財務省主税局が行っていたのと同じく、正式な承認申請書の提出前に事前審査を行うこととしております。事前審査は各国税局(沖縄国税事務所を含みます。)で行うこととしておりますので、申請をお考えの方は国税局の担当部署まで連絡していただき、事前審査の申出を行ってください。
 なお、事前審査の申出については、遅くとも法人税率の特例の適用を受けようとする事業年度終了の日前6月前(3月決算の医療法人の場合には前年の9月末)までにお願いします。それ以後に申出をされた場合には、申出日を含む事業年度から法人税率の特例の適用は受けられないおそれがありますので、ご注意願います。

【3月決算の医療法人の場合の審査スケジュール】

1 9月末までに、国税局に事前審査の申出を行います。(事前審査時に用意する書類等について

2 国税庁では、承認要件を充足しているかにつき、事前に提出された書類に加え、直接医療法人に伺い、具体的な審査を行った上で、概ね12月下旬までに審査結果を医療法人に連絡します。

3 承認内示の連絡があった場合には、都道府県に定款変更の申請を行い、翌年1月末までに所轄税務署に承認申請書及び添付書類を各3部提出します。

4 3月末までに「特定医療法人の承認申請の承認通知書」が国税庁から医療法人宛に送付されます。