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消費税及び地方消費税の更正等及び加算税の取扱いについて(事務運営指針)

[平成12年7月3日 課消 2−17]
課所 4−20
課法 2−11
課料 3−18
査調 4−13
査察 1−34

 標題のことについては、下記のとおり定めたから、今後処理するものからこれにより取り扱われたい。


(趣旨)
 消費税及び地方消費税の更正等を行う場合並びにこれらの税について過少申告加算税、無申告加算税及び重加算税を課する場合の取扱基準の整備等を図ったものである。


課消 2−17
課所 4−20
課法 2−11
課料 3−18
査調 4−13
査察 1−34
平成12年7月3日

国税局長殿
沖縄国税事務所長殿

国税庁長官

消費税及び地方消費税の更正等及び加算税の取扱いについて(事務運営指針)

 標題のことについては、下記のとおり定めたから、今後処理するものからこれにより取り扱われたい。

(趣旨) 消費税及び地方消費税の更正等を行う場合並びにこれらの税について過少申告加算税、無申告加算税及び重加算税を課する場合の取扱基準の整備等を図ったものである。

第1 消費税及び地方消費税の更正等の取扱い

(調査等により免税事業者であることが判明した場合の確定申告書等の取扱い)

1  消費税法(以下「法」という。)第45条第1項《課税資産の譲渡等についての確定申告》又は第46条第1項《還付を受けるための申告》の規定に基づく申告書の提出があった場合において、その後の、調査等により当該申告書が法第9条第1項《小規模事業者に係る納税義務の免除》の規定により消費税の納税義務が免除される課税期間に係るものであることが判明した場合には、当該申告書の提出により確定した納付すべき税額又は還付を受けるべき税額については、国税通則法(以下「通則法」という。)第19条第1項《修正申告》の規定による修正申告書(以下「修正申告書」という。)の提出又は同法第24条《更正》の規定による更正(以下「更正」という。)(同法第23条第1項《更正の請求》の規定による更正の請求(以下「更正の請求」という。)による場合を含む。)により是正するのであるから留意する。

(消費税又は地方消費税の一方が増加する場合の修正申告)

2  一の申告に係る消費税及び地方消費税の納付すべき税額の合計額が正当である場合であっても、消費税又は地方消費税の一方が過少であるときには、修正申告書の提出又は更正により是正する必要があることに留意する。
 なお、過少である税について修正申告書の提出により是正する場合、過大となっている他方の税については、併せて更正の請求書を提出させ減額更正を行う。

(注) 過少である税について更正を行う場合には、過大となっている他方の税と併せて更正を行う。

(地方消費税の納付額等の端数計算)

3  地方消費税の確定金額に100円未満の端数があるとき若しくはその全額が100円未満であるとき又は還付金の額に1円未満の端数があるとき若しくはその全額が1円未満であるときは、消費税の例により、通則法第119条《国税の確定金額の端数計算等》又は第120条《還付金額等の端数計算等》の規定に基づきその端数を処理するのであるから留意する。

第2 消費税及び地方消費税の加算税の取扱い

1 共通

(地方消費税の加算税の賦課決定)

1  地方消費税に係る加算税を課する場合は、地方税法附則第9条の4第1項及び第2項《譲渡割の賦課徴収の特例等》の規定に基づき、消費税の例により通則法第65条《過少申告加算税》に規定する過少申告加算税、同法第66条《無申告加算税》に規定する無申告加算税又は同法第68条《重加算税》に規定する重加算税を課することになるのであるから留意する。

(消費税及び地方消費税に係る加算税の具体的な計算)

2  消費税及び地方消費税に係る加算税の額は、地方税法附則第9条の9第1項《譲渡割に係る延滞税等の計算の特例》の規定により、更正等による納付すべき消費税額及び地方消費税額の合算額を基礎として計算することとなる。また、算出された加算税の額をその計算の基礎となった消費税の額及び地方消費税の額であん分した額に相当する金額がそれぞれ消費税又は地方消費税に係る加算税の額となる。
 なお、加算税の端数計算については、地方税法附則第9条の9第3項の規定により、消費税と地方消費税を一の税とみなして行うことになるから、加算税の計算の基礎となる税額及び加算税の確定金額は、当該合算額及び当該合算額を基礎として計算したあん分前の額について通則法第118条第3項及び第119条第4項を適用した後の金額となる。

(過少申告加算税の加重額を計算する場合)

3  通則法第65条第2項《過少申告加算税の加重計算》の規定に基づき、消費税及び地方消費税に係る過少申告加算税を計算する場合の同項に規定する「期限内申告税額」は、消費税額及び地方消費税額の合算額であることに留意する。

(重加算税について少額不徴収に該当する場合の過少対象税額の計算)

4  通則法第119条第4項の規定に基づき重加算税の全額が切り捨てられる場合には、その切り捨てられることとなった重加算税の計算の基礎となった消費税の額及び地方消費税の額(通則法第118条第3項の規定を適用する前の額をいう。)は、過少申告加算税及び無申告加算税の計算の基礎となる通則法第65条第1項及び第66条第1項に規定する納付すべき税額に含まれないのであるから留意する。

2 過少申告加算税の取扱い

(過少申告の場合における正当な理由があると認められる事実)

1  通則法第65条の規定の適用に当たり、例えば、納税者の責めに帰すべき事由のない次のような事実は、同条第4項に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う。

(1) 税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令の解釈が明確化されたため、その法令解釈と事業者の解釈とが異なることとなった場合において、その事業者の解釈について相当の理由があると認められること。

(注) 税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない。

(2) 消費税の申告書に記載された納付税額又は還付税額(以下「申告税額」という。)につき、通則法第24条の規定による減額更正(還付税額を増額する更正を含み、更正の請求に基づいてされたものを除く。)があった場合において、その後の修正申告又は再更正による税額が申告税額に達しないこと。

(注) 当該修正申告又は再更正による税額が申告税額を超えた場合であっても、当該修正申告又は再更正による増差税額のうち申告税額に達するまでの部分に対応する税額は、この(2)の事実に基づくものと同様に取り扱う。

(修正申告書の提出が更正があるべきことを予知してされたと認める場合)

2  通則法第65条第5項の規定を適用する場合において、その事業者に対する臨場調査、その事業者の取引先に対する反面調査又はその事業者の申告書の内容を検討した上での非違事項の指摘等により、当該事業者が具体的な調査があったことを了知したと認められた後に修正申告書が提出された場合の当該修正申告書は、原則として、同項に規定する「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当する。

(注) 臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として、「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当しない。

(免税事業者であることが判明した場合の還付申告に係る加算税)

3  第1の1《調査等により免税事業者であることが判明した場合の確定申告書等の取扱い》に該当する場合で、当初提出された申告書が法第45条第1項に規定する確定申告書で同項第5号に規定する不足額が記載されたもの又は法第46条第1項に規定する申告書であるときは、当初の申告書の提出日にかかわらず、修正申告書の提出又は更正による納付すべき税額には、過少申告加算税を課するのであるから留意する。

(基準期間の正当な理由以外の理由により簡易課税制度の適用がなくなった場合の過少対象税額)

4  その課税期間について簡易課税制度の適用を受けていた事業者が、調査等の結果、その課税期間の基準期間における課税売上高が5,000万円を超えるためその課税期間について簡易課税制度の適用を受けられなくなった場合、これに起因して生じた増差税額は、基準期間における課税売上高が5,000万円を超えることとなった事実について正当な理由がある場合を除き、通則法第65条第1項に規定する納付すべき税額に含まれる。

3 無申告加算税の取扱い

(期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があると認められる事実)

1  通則法第66条の規定を適用する場合において、災害、交通・通信の途絶その他期限内に申告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められる場合は、期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があるものとして取り扱う。

(期限後申告書等の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたと認める場合)

2  2の2《修正申告書の提出が更正があるべきことを予知してされたと認める場合》の取扱いは、通則法第66条第3項の規定を適用する場合において、期限後申告書又は修正申告書の提出が、決定又は更正があるべきことを予知してされたものであるかどうかの判定について準用する。

(無申告加算税を課す場合の留意事項)

3  通則法第66条の規定による無申告加算税は、正当な理由がないにもかかわらず、期限内に申告書の提出がなかったことに基づいて課されるのであるから、次のことに留意する。

(1) 申告書が期限後に提出され、その期限後に提出されたことについて正当な理由があると認められた場合において、当該申告書について、更に修正申告書の提出があり、又は更正があったときは、当該修正申告又は更正による増差税額については無申告加算税を課さないで過少申告加算税を課する。

(2) 通則法第66条第2項において準用する同法第65条第4項に定める正当な理由があると認められる事実がある場合については、2《過少申告加算税の取扱い》による。

(3) その課税期間について法第9条第1項《小規模事業者に係る納税義務の免除》の規定により消費税の納税義務が免除されていた事業者が、調査等の結果、その課税期間の基準期間における課税売上高が1,000万円を超えるためその課税期間について同項の適用を受けられなくなった場合、これに起因して生じた増差税額は、基準期間における課税売上高が1,000万円を超えることとなった事実について正当な理由がある場合を除き、通則法第66条第1項に規定する納付すべき税額に含まれる。

4 重加算税の取扱い

(地方消費税に係る重加算税の賦課決定)

1  地方消費税と消費税の課税対象は同一であることから、事業者が消費税の通則法第68条第1項又は第2項《重加算税》に規定する課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装していたこと(以下「不正事実」という。)により重加算税を課する場合には、地方消費税についても当然に重加算税を課することになるのであるから留意する。

(所得税等に不正事実がある場合)

2  所得税又は法人税(以下「所得税等」という。)につき不正事実があり、所得税等について重加算税を賦課する場合には、当該不正事実が影響する消費税の不正事実に係る増差税額については重加算税を課する。

(重加算税を課す消費税固有の不正事実)

3  所得税等の所得金額には影響しないが、消費税額に影響する不正事実(消費税固有の不正事実)により、消費税が過少申告となった場合については、消費税の重加算税を課するのであるが、この場合には、例えば、次のような不正事実が該当する。

イ 課税売上げを免税売上げに仮装する。

ロ 架空の免税売上げを計上し、同額の架空の課税仕入れを計上する。

ハ 不課税又は非課税仕入れを課税仕入れに仮装する。

ニ 非課税売上げを不課税売上げに仮装し、課税売上割合を引き上げる。

ホ 簡易課税制度の適用を受けている事業者が、資産の譲渡等の相手方、内容等を仮装し、高いみなし仕入率を適用する。

(重加算税対象税額の計算)

4  重加算税の計算の基礎となる税額(以下「重加算税対象税額」という。)は、通則法第68条及び国税通則法施行令第28条の規定により、その原因となった更正等があった後の税額から隠ぺい又は仮装をされていない事実だけに基づいて計算した税額を控除して計算するのであるが、例えば、次のような場合の重加算税対象税額は、更正等があった後の税額から、不正事実がなかったとして計算した納付すべき税額を控除した残額となる。

(1) 不正事実に基づく課税売上げ又は非課税売上げの除外があったことに伴い、課税売上割合が変動した結果、仕入控除税額が増加又は減少した場合

(2) 簡易課税制度を適用している場合において、不正事実に基づく課税売上げの除外があったこと等により、みなし仕入率が変動した結果、仕入控除税額が増加又は減少した場合

(重加算税を課する場合の留意事項)

5  その課税期間の基準期間たる課税期間(以下「前々課税期間」という。)に係る消費税の増差税額に対して重加算税を課す場合(通則法第119条第4項の規定により、重加算税の全額が切り捨てられる場合を含む。)には、その原因たる前々課税期間の不正事実に連動した次の事実に起因して当該課税期間に係る消費税額が増加するときであっても、その増加額に重加算税を課すべきことにならないのであるから留意する。

(1) 基準期間における課税売上高が1,000万円を超え、当該課税期間について課税事業者となることが判明した場合

(2) 基準期間の課税売上高が5,000万円を超え、簡易課税制度の適用を受けられないことが判明した場合