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課法2-9
課料3-14
査調4-11
査察1-30
平成12年7月3日
改正 平成23年6月30日
改正 平成28年12月12日

国税局長 殿
沖縄国税事務所長 殿

国税庁長官

法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて(事務運営指針)

標題のことについて、国税通則法(以下「通則法」という。)第65条及び第66条の規定の適用に関し留意すべき事項等を下記のとおり定めたから、今後処理するものからこれにより取り扱われたい。

(趣旨)

法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の賦課に関する取扱基準の整備等を図ったものである。

第1 過少申告加算税の取扱い

(過少申告の場合における正当な理由があると認められる事実)

1 通則法第65条の規定の適用に当たり、例えば、納税者の責めに帰すべき事由のない次のような事実は、同条第4項第1号に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う。

(1) 税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令解釈が明確化されたため、その法令解釈と法人の解釈とが異なることとなった場合において、その法人の解釈について相当の理由があると認められること。

(注) 税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない。

(2) 調査により引当金等の損金不算入額が法人の計算額より減少したことに伴い、その減少した金額を認容した場合に、翌事業年度においていわゆる洗替計算による引当金等の益金算入額が過少となるためこれを税務計算上否認(いわゆるかえり否認)したこと。

(修正申告書の提出が更正があるべきことを予知してされたと認められる場合)

2 通則法第65条第1項又は第5項の規定を適用する場合において、その法人に対する臨場調査、その法人の取引先の反面調査又はその法人の申告書の内容を検討した上での非違事項の指摘等により、当該法人が調査のあったことを了知したと認められた後に修正申告書が提出された場合の当該修正申告書の提出は、原則として、これらの規定に規定する「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当する。

(注) 臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当しない。

(調査通知に関する留意事項)

3 通則法第65条第5項に規定する調査通知(以下「調査通知」という。)を行う場合の同項の規定の適用については、次の点に留意する。

(1) 通則法第65条第5項の規定は、納税義務者(通則法第74条の9第5項に規定する場合に該当するときは、納税義務者又は同項に規定する税務代理人)に対して調査通知を行った時点から、適用されない。

(注)

  1. 1 この場合の税務代理人とは、調査通知を行う前に提出された国税通則法施行規則第11条の3第1項に規定する税務代理権限証書(同項に規定する納税義務者への調査の通知は税務代理人に対してすれば足りる旨の記載があるものに限る。)に係る税務代理人(以下「同意のある税務代理人」という。)をいう。
  2. 2 同意のある税務代理人が数人ある場合には、いずれかの税務代理人(通則法第74条の9第6項に規定する代表する税務代理人を定めた場合は当該代表する税務代理人)に対して調査通知を行った時点から、通則法第65条第5項の規定は適用されない。

(2) 調査通知を行った場合において、調査通知後に修正申告書が提出されたときは、当該調査通知に係る調査について、実地の調査が行われたかどうかにかかわらず、通則法第65条第5項の規定の適用はない。

(3) 調査通知後の修正申告書の提出が、次に掲げる場合には、調査通知がある前に行われたものとして取り扱う。

1 当該調査通知に係る調査について、通則法第74条の11第1項の通知をした後又は同条第2項の調査結果の内容に基づき納税義務者から修正申告書が提出された後若しくは通則法第29条第1項に規定する更正若しくは通則法第32条第5項に規定する賦課決定をした後に修正申告書が提出された場合

2 納税義務者の事前の同意の上、同一事業年度の法人税の調査について、移転価格調査とそれ以外の部分の調査に区分する場合で、当該調査通知に係る調査の対象としなかった部分に係る修正申告書が提出された場合。
 ただし、当該修正申告書に当該調査通知に係る調査の対象としている部分が含まれる場合には、当該調査通知に係る調査の対象としている部分は、調査通知がある前に行われたものとして取り扱わない。

3 事前確認(平成13年6月1日付査調7−1ほか3課共同「移転価格事務運営要領の制定について」(事務運営指針)又は平成28年6月28日付査調7−1ほか3課共同「恒久的施設帰属所得に係る所得に関する調査等に係る事務運営要領の制定について」(事務運営指針)に定める事前確認をいう。)の内容に適合させるための修正申告書が提出された場合。
 ただし、当該修正申告書に当該事前確認の内容に適合させるための部分以外の部分が含まれる場合には、当該事前確認の内容に適合させるための部分以外の部分は、調査通知がある前に行われたものとして取り扱わない。

4 当該修正申告書が、例えば、消費税及び地方消費税について更正の請求に基づく減額更正が行われたことに伴い提出された場合。
 ただし、当該修正申告書に当該減額更正に係る部分以外の部分が含まれる場合には、当該減額更正に係る部分以外の部分は、調査通知がある前に行われたものとして取り扱わない。

第2 無申告加算税の取扱い

(期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があると認められる事実)

1 通則法第66条の規定を適用する場合において、災害、交通・通信の途絶その他期限内に申告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められたときは、期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があるものとして取り扱う。

(期限後申告書等の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたと認められる場合)

2 第1の2の取扱いは、通則法第66条第1項、第6項又は第7項の規定を適用する場合において、期限後申告書又は修正申告書の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたものである場合の判定について準用する。

(調査通知に関する留意事項)

3 第1の3の取扱いは、調査通知を行う場合の通則法第66条第6項の規定の適用について準用する。

(無申告加算税を課す場合の留意事項)

4 通則法第66条の規定による無申告加算税を課す場合には、次のことに留意する。

(1) 申告書が期限後に提出され、その期限後に提出されたことについて通則法第66条第1項ただし書に規定する正当な理由があると認められた場合又は同条第7項の規定の適用があった場合において、当該申告について、更に修正申告書の提出があり、又は更正があったときは、当該修正申告又は更正により納付することとなる税額については無申告加算税を課さないで通則法第65条の規定による過少申告加算税を課す。

(2) 通則法第66条第5項において準用する通則法第65条第4項第1号に定める正当な理由があると認められる事実は、第1の1に定めるような事実とする。

(3) 通則法第119条第4項の規定により無申告加算税又は重加算税の全額が切り捨てられた場合には、通則法第66条第4項に規定する「無申告加算税(……)又は重加算税(……)を課されたことがあるとき」に該当しない。

(4) 通則法第66条第4項の規定の適用上、被合併法人の各事業年度の法人税について課された同項に規定する無申告加算税等(以下(4)において「無申告加算税等」という。)は、合併法人の行為に基因すると認められる場合に限り、当該合併法人について無申告加算税等が課されたことがあるものとして取り扱う。
 また、連結納税の承認を取り消され又は連結納税の適用の取りやめの承認を受ける前の各連結事業年度の法人税について無申告加算税等を課されていた場合には、連結親法人であった法人について無申告加算税等を課されたことがあるものとして取り扱う。

(注) 無申告加算税等を課された一の法人について、その後分割が行われた場合には、分割承継法人について無申告加算税等を課されたことがあるときには該当しない。

第3 過少申告加算税等の計算

(累積増差税額等に含まれない税額)

1 通則法第65条第3項第1号に規定する累積増差税額には、同条第5項の規定の適用がある修正申告書の提出により納付すべき税額は含まれないものとし、通則法第66条第3項に規定する累積納付税額には、同条第6項の規定の適用がある期限後申告書又は修正申告書の提出により納付すべき税額は含まれないものとする。

(注) 通則法第65条第5項の規定の適用がある修正申告書又は通則法第66条第6項の規定の適用がある期限後申告書若しくは修正申告書において、第1の3(3)の取扱いによって、調査通知がある前に行われたものとして取り扱われないものが含まれる場合は、これに対応する納付すべき税額は、それぞれ通則法第65条第3項第1号に規定する累積増差税額又は通則法第66条第3項に規定する累積納付税額に含まれることに留意する。

(過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額の計算方法)

2 過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額を計算する場合において、通則法第65条第4項第1号(通則法第66条第5項において準用する場合を含む。)の規定により控除すべきものとして国税通則法施行令第27条第1項第1号に規定する正当な理由があると認められる事実(以下「正当事実」という。)のみに基づいて更正、決定、修正申告又は期限後申告(以下「更正等」という。)があったものとした場合の税額の基礎となる所得金額は、その更正等があった後の所得金額から正当事実に基づかない部分の所得金額(以下「過少対象所得」という。)を控除して計算する。

(過少対象所得の計算)

3 過少対象所得は、正当事実以外の事実に基づく益金の額及び損金の額を基礎として計算する。

(修正申告書又は期限後申告書の提出が調査通知後に行われた場合の留意事項)

4 第1の3(3)2から4までのただし書の取扱い(第2の3において準用する場合を含む。)を行う場合において、過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額を計算するときは、次の点に留意する。

(1) 通則法第65条第1項に規定する過少申告加算税の計算の基礎となる税額を計算する場合には、過少対象所得から第1の3(3)2から4までのただし書の調査通知がある前に行われたものとして取り扱う部分の所得金額を控除して計算する。

(2) 通則法第66条第1項に規定する無申告加算税の計算の基礎となる税額を計算する場合には、過少対象所得から第1の3(3)2から4までのただし書の調査通知がある前に行われたものとして取り扱う部分の所得金額を控除して計算する。

(注) 第2の3により準用される第1の3(3)2から4までのただし書の調査通知がある前に行われたものとして取り扱う部分には通則法第66条第6項の規定が適用される。

(重加算税について少額不徴収に該当する場合の過少対象所得金額の計算)

5 通則法第119条第4項の規定により重加算税を課さない場合には、その課さない部分に対応する所得金額は、過少対象所得に含まれないのであるから留意する。