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ホーム税について調べる事務運営指針>連結法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて(事務運営指針)

課法 2−7
課総 5−2
査調 4−4
査察 1−5
平成16年3月26日

(改正)課法 2−10
課総 5−10
査調 4−10
査察 1−24
平成23年6月30日

国税局長 殿
沖縄国税事務所長 殿

国税庁長官

連結法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて(事務運営指針)

 標題のことについて、国税通則法(以下「通則法」という。)第65条及び第66条の規定の適用に関し留意すべき事項等を下記のとおり定めたから、今後処理するものからこれにより取り扱われたい。

(趣旨)
 連結法人税(連結所得に対する法人税をいう。以下同じ。)の過少申告加算税及び無申告加算税の賦課等に関する取扱基準の整備等を図ったものである。

第1 過少申告加算税の取扱い

(過少申告の場合における正当な理由があると認められる事実)

1 通則法第65条の規定の適用に当たり、例えば、納税者の責めに帰すべき事由のない次のような事実は、同条第4項に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う。

(1) 税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令解釈が明確化されたため、その法令解釈と連結法人の解釈とが異なることとなった場合において、その連結法人の解釈について相当の理由があると認められること。

(注) 税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない。

(2) 調査により引当金等の損金不算入額が連結法人の計算額より減少したことに伴い、その減少した金額を認容した場合に、翌連結事業年度においていわゆる洗替計算による引当金等の益金算入額が過少となるためこれを税務計算上否認(いわゆるかえり否認)したこと。

(3) 連結法人税の申告書に記載された税額(以下「申告税額」という。)につき、通則法第24条の規定による減額更正(通則法第23条の規定による更正の請求に基づいてされたものを除く。)があった場合において、その後の修正申告又は通則法第26条の規定による再更正による税額が申告税額に達しないこと。

(注) 当該修正申告又は再更正による税額が申告税額を超えた場合であっても、当該修正申告又は再更正により納付することとなる税額のうち申告税額に達するまでの税額は、この(3)の事実に基づくものと同様に取り扱う。

(修正申告書の提出が更正があるべきことを予知してされたと認められる場合)

2 通則法第65条第5項の規定を適用する場合において、その連結法人に対する臨場調査、その連結法人の取引先の反面調査又はその連結法人税の申告書若しくは連結法人の個別帰属額等の届出書の内容を検討した上での非違事項の指摘等により、当該連結法人が調査のあったことを了知したと認められた後に修正申告書が提出された場合の当該修正申告書の提出は、原則として、同項に規定する「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当する。

(注) 臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当しない。

第2 無申告加算税の取扱い

(期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があると認められる事実)

1 通則法第66条の規定を適用する場合において、災害、交通・通信の途絶その他期限内に申告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められたときは、期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があるものとして取り扱う。

(期限後申告書等の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたと認められる場合)

2 第1の2の取扱いは、通則法第66条第5項の規定を適用する場合において、期限後申告書又は修正申告書の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたものである場合の判定について準用する。

(無申告加算税を課す場合の留意事項)

3 通則法第66条の規定による無申告加算税は、正当な理由がないにもかかわらず、期限内に申告書の提出がなかったことに基づいて課されるものであるから、次のことに留意する。

(1) 申告書が期限後に提出され、その期限後に提出されたことについて正当な理由があると認められた場合において、当該申告について、更に修正申告書の提出があり、又は更正があったときは、当該修正申告又は更正による納付することとなる税額については無申告加算税を課さないで過少申告加算税を課す。

(2) 通則法第66条第4項により準用する第65条第4項に定める正当な理由があると認められる事実がある場合は、第1《過少申告加算税の取扱い》による。

第3 過少申告加算税額等の計算

(加算税の計算の基礎となる税額の計算方法)

1 過少申告加算税又は無申告加算税(以下「過少申告加算税等」という。)の計算の基礎となる税額を計算する場合において、通則法第65条第4項の規定により控除すべきものとして国税通則法施行令第27条に規定する正当な理由があると認められる事実(以下「正当事実」という。)のみに基づいて更正、決定、修正申告又は期限後申告(以下「更正等」という。)があったものとした場合の税額の基礎となる連結所得金額は、その更正等があった後の連結所得金額から正当事実に基づかない部分の連結所得金額(以下「過少対象連結所得」という。)を控除して計算する。

(過少対象連結所得の計算)

2 過少対象連結所得は、正当事実以外の事実に基づく益金の額及び損金の額を基礎として計算する。

(重加算税について少額不徴収に該当する場合の過少対象連結所得金額の計算)

3 通則法第119条第4項の規定により重加算税を課さない場合には、その課さない部分に対応する連結所得金額は、過少対象連結所得に含まれないのであるから留意する。