30の2-1 措置法第30条の2第1項に規定する森林計画特別控除の対象となる山林所得は、森林法の規定による市町村長、都道府県知事又は農林水産大臣の認定を受けた同法第11条第1項に規定する森林経営計画（以下この項において「認定森林経営計画」という。）に基づいて伐採又は譲渡した山林に係る山林所得に限られるから、当該森林経営計画を有する者が山林を伐採又は譲渡した場合であっても、次に掲げる山林に係る山林所得については、森林計画特別控除の特例は適用されないことに留意する。（平19課資3-5、課個2-15、課審6-9、平24課資3-8、課個2-39、課審7-18、平25課資3-4、課個2-14、課法9-4、課審7-15、平29課資3-4、課個2-20、課法10-4、課審7-14改正）
（1） 認定森林経営計画の対象とされていない山林
（2） 認定森林経営計画の対象とされている山林のうち当該森林経営計画に基づいて伐採又は譲渡しなかった部分
（3） 交換、出資若しくは措置法第33条第1項《収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例》に規定する収用等又は所得税法第59条第1項第1号《贈与等の場合の譲渡所得等の特例》に規定する贈与（法人に対するものに限る。）、相続（限定承認に係るものに限る。）若しくは遺贈（法人に対するもの及び個人に対する限定承認に係る包括遺贈に限る。）により譲渡した山林
（4） 森林法第11条第5項第2号ロに規定する公益的機能別森林施業を実施するための森林経営計画のうち、森林法施行規則第39条第2項第2号に規定する特定広葉樹育成施業森林に係る森林経営計画（当該特定広葉樹育成施業森林を対象とする部分に限る。）の対象とされていた山林
（5） 認定森林経営計画につき森林法第16条《認定の取消し》又は木材の安定供給の確保に関する特別措置法第9条第4項《森林経営計画の変更の特例》の規定による認定の取消しがあった場合の当該森林経営計画の対象とされていた山林
（注） 認定森林経営計画につき森林法第16条又は木材の安定供給の確保に関する特別措置法第9条第4項の規定による認定の取消しがあった場合における措置法第30条の2第1項の規定の適用については、その森林経営計画は認定を受けなかったものとみなされる。したがって、この場合においては、その認定の取消しをされた森林経営計画に基づいて伐採又は譲渡をした山林に係るその取消し前の各年分の山林所得につき同項の規定の適用を受けていた者は、同条第5項の規定により、その認定の取消しがあった日から4か月以内に当該山林所得に係る所得税の修正申告書を提出しなければならないことに留意する。
30の2-2 措置法第30条の2第1項の規定は、同項に規定する森林経営計画に基づく山林の伐採又は譲渡による収益を所得税法施行令第78条の2《分収造林契約又は分収育林契約の収益》に規定する分収造林契約又は分収育林契約により分収する場合における山林所得の金額の計算についても適用があるものとする。 （平24課資3-8、課個2-39、課審7-18改正）
30の2-3 その年中に伐採又は譲渡した森林計画特別控除の対象となる山林のなかに、山林所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき必要経費の額を措置法第30条第1項《山林所得の概算経費控除》の規定により算出することとなる山林（以下この項において「概算経費控除対象山林」という。）とその他の山林がある場合における森林計画特別控除額は次に掲げる金額の合計額となることに留意する。
（1） 概算経費控除対象山林に係る部分の収入金額を基として計算した措置法第30条の2第2項第1号に掲げる金額
（2） その他の山林に係る部分の収入金額及び必要経費の額を基として計算した措置法第30条の2第2項第1号及び第2号に掲げる金額のうちいずれか低い金額
（注） 措置法第30条の2第2項第2号に規定する「必要経費の額」は、森林計画特別控除の対象となる山林のうち概算経費控除対象山林以外の山林に係る部分の必要経費の額をいうことに留意する。