所得税法等の一部を改正する法律（平成20年法律第23号。以下「平成20年改正法」という。）附則第43条《上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置》又は第45条《特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例に関する経過措置》の規定の適用がある場合における37の10-3、37の10-4、37の11の2-12、37の11の3-5、37の11の5-3、37の12-1及び37の12の2-4の取扱い並びにこの法令解釈通達による改正前の37の10-29（下記8において「旧37の10-29」という。）及び37の13-4（下記9において「旧37の13-4」という。）の取扱いについては、次に定めるところによる。

1　株式等に係る譲渡所得等の金額の計算（37の10-3関係）

平成20年改正法附則第43条第2項の規定の適用がある場合における株式等に係る譲渡所得等の金額の計算は、次に掲げる順序によって計算することに留意する。

1. （1） 租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成20年政令第161号。以下「平成20年改正令」という。）附則第18条第3項の規定により、株式等に係る事業所得、譲渡所得又は雑所得の金額の計算上控除する損失の金額がある場合には、まず、それぞれの所得ごとに控除する。
2. （2） 株式等に係る事業所得、譲渡所得又は雑所得の金額のいずれかに、その金額の計算上生じた損失の金額がある場合には、措置法令第25条の8第1項、平成20年改正令附則第18条第1項及び同条第2項の規定により読み替えられた同令附則第17条第3項の規定により、当該損失の金額を他の株式等に係る事業所得、譲渡所得又は雑所得の金額から控除する。
3. （3） 「特定投資株式の取得に要した金額の控除等の特例」の適用を受ける場合には、当該特例を適用する。
4. （4） 「特定投資株式に係る譲渡所得等の課税の特例」（平成20年改正法附則第48条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第8条の規定による改正前の措置法第37条の13の3第1項に規定する特例をいう。以下同じ。）の適用を受ける場合には、当該特例を適用する。
5. （5） 「特定投資株式に係る譲渡損失の繰越控除」の適用を受ける場合には、当該繰越控除に係る譲渡損失の金額を控除する。
6. （6） 「上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除」の適用を受ける場合には、当該繰越控除に係る譲渡損失の金額を控除する。
7. （7） 所得税法第71条《雑損失の繰越控除》第1項に規定する雑損失の金額（下記2において「雑損失の金額」という。）がある場合には、同項の規定による控除を行う。
   （注） 上記（1）から（4）までの計算に当たっては、措置法令第25条の8第1項、平成20年改正令附則第18条第1項、同条第3項及び同条第2項の規定により読み替えられた同令附則第17条第3項の規定により、まず、それぞれの譲渡を次の区分（以下「譲渡区分」という。）ごとに行うことに留意する。
   1.  「公開等」
      「特定投資株式に係る譲渡所得等の課税の特例」の適用がある株式等の譲渡に該当するもの
   2.  「上場」
      措置法第37条の11の3第2項に規定する上場株式等（以下「上場株式等」という。）の譲渡（同法第37条の10の2第2項に規定する譲渡をいう。）のうち同法第37条の12の2第2項各号に掲げる上場株式等の譲渡（上記に該当するものを除く。）に該当するもの
   3.  「未公開」
      上記及び以外の株式等の譲渡に該当するもの

2　雑損失の繰越控除及び所得控除の順序（37の10-4関係）

その年の前年以前3年内の各年において生じた雑損失の金額の控除は、「租税特別措置法（山林所得・譲渡所得関係）の取扱いについて」（法令解釈通達）31・32共-4によるのであるが、株式等に係る譲渡所得等の金額から控除する場合には、株式等に係る譲渡所得等の金額（未公開分）又は株式等に係る譲渡所得等の金額（上場分）から順次控除するものとする。また、その年分の所得控除についても、これと同様に取り扱う。

（注）

• 1 株式等に係る譲渡所得等の金額（未公開分）とは、措置法第37条の10第1項の規定の対象となる株式等の譲渡に係るもの（次の（2）に該当するものを除く。）をいう。
• 2 株式等に係る譲渡所得等の金額（上場分）とは、平成20年改正法附則第43条第2項の規定の対象となる株式等の譲渡に係るものをいう。

3 上場株式等の取得費の特例を適用した場合の株式等に係る譲渡所得等の金額の計算等における取扱い（37の11の2-12関係）

「上場株式等の取得費の特例」を適用することにより生じた譲渡所得の損失の金額は、措置法令第25条の8第1項、平成20年改正令附則第18条第1項、同条第3項及び同条第2項の規定により読み替えられた同令附則第17条第3項に規定する計算並びに「上場株式等に係る譲渡損失の損益通算」及び「上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除」の適用上、控除することができることに留意する。また、同特例を適用した場合においても、所得税法第59条第2項《時価の2分の1未満で譲渡した場合の譲渡損失》及び措置法第39条《相続財産に係る譲渡所得の課税の特例》の規定の適用があることに留意する。

4　特定口座以外の株式等に係る譲渡所得等の金額との合計（37の11の3-5関係）

措置法第37条の11の3第1項に規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額若しくは雑所得の金額又は同条第2項に規定する信用取引等に係る上場株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額と特定口座以外における株式等に係る譲渡所得等の金額との合計は次の順序により行う。

1. （1） 居住者等が有する特定口座が2以上ある場合には、金融商品取引業者等から交付を受けた同条第7項に規定する報告書（以下「特定口座年間取引報告書」という。）に基づき、それぞれの特定口座年間取引報告書に記載された譲渡に係る年間取引損益の各欄の金額を合計する。
2. （2） 上記（1）により合計された年間取引損益の各欄の金額について、特定口座以外の株式等に係る譲渡所得等の金額と合計する。この場合において、特定口座年間取引報告書に記載された譲渡に係る年間取引損益の上場分及び特定信用分のそれぞれの譲渡区分は上記1の注書きに定める「上場」に該当するものとして計算する。

5　源泉徴収選択口座において生じた所得の金額等を申告する場合の計算（37の11の5-3関係）

源泉徴収選択口座（措置法第37条の11の4第1項に規定する源泉徴収選択口座をいう。以下同じ。）において生じた所得又は損失の金額を申告する場合の株式等に係る譲渡所得等の金額の計算は次の順序により行う。

1. （1） まず、申告しようとする源泉徴収選択口座が2以上ある場合には、金融商品取引業者等から交付を受けた当該源泉徴収選択口座に係る特定口座年間取引報告書に基づき、それぞれの特定口座年間取引報告書に記載された譲渡に係る年間取引損益の各欄の金額を合計する。
2. （2） 次に、源泉徴収選択口座以外の特定口座との間で同様の合計計算を行う。
3. （3） 最後に、上記（2）により合計された年間取引損益の各欄の金額について、特定口座以外の株式等に係る譲渡所得等の金額と合計する。この場合において、特定口座年間取引報告書に記載された譲渡に係る年間取引損益の上場分及び特定信用分のそれぞれの譲渡区分は上記1の注書きに定める「上場」に該当するものとして計算する。

6　1株当たりの取得価額等の計算（37の12-1関係）

措置法第37条の12第1項の規定の適用を受ける所得に係る1株当たりの取得価額等の取扱いについては、37の10-1、37の10-2、37の10-5から37の10-28まで並びに上記1、2及び下記8の取扱いを準用する。

7　上場株式等に係る配当所得の金額もある場合の繰越控除の順序（37の12の2-4関係）

前年以前3年内の一の年において生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額の控除をする場合において、その年分の株式等に係る譲渡所得等の金額（特定投資株式に係る譲渡損失の繰越控除の適用がある場合にはその適用後の金額）及び上場株式等に係る配当所得の金額があるときは、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額は、措置法令第25条の11の2第8項第2号の規定により、まず当該株式等に係る譲渡所得等の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、当該上場株式等に係る配当所得の金額から控除することに留意する。
 なお、この場合において、当該株式等に係る譲渡所得等の金額のうちに平成20年改正法附則第43条第2項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額があるときは、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額は、平成20年改正令附則第26条第1項の規定により、まず当該株式等に係る譲渡所得等の金額から当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額を控除した残額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額から控除するのであるから留意する。

8　端数計算（旧37の10-29関係）

措置法第37条の10第1項に規定する「株式等に係る課税譲渡所得等の金額」に1,000円未満の端数があるとき又はその全額が1,000円未満であるときは、通則法第118条第1項《端数計算》の規定により、その端数金額又はその全額を切り捨てることとなるが、株式等に係る課税譲渡所得等の金額のなかに平成20年改正法附則第43条第2項に規定する「上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額」に係る部分の金額がある場合においても、この金額及びこの金額以外の「株式等に係る課税譲渡所得等の金額」に係る部分の金額に1,000円未満の端数があるとき又はそれぞれの金額が1,000円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てるものとする。

9　 控除対象額の控除の順序（旧37の13-4関係）

平成20年改正法附則第43条第2項の規定の適用がある場合又は同法附則第48条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第8条の規定による改正前の措置法第37条の13の3第1項の規定の適用がある場合における措置法令第25条の12第2項に規定する控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額（以下この項において「控除対象額」という。）の控除は、平成20年改正令附則第27条第3項の規定により読み替えられた措置法令第25条の12第2項に規定するところにより行うのであるが、同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額が2以上の譲渡区分（上記1の注書きに定める「公開等」、「上場」又は「未公開」の区分をいう。）に係る金額からなっている場合の当該控除対象額の控除は、「公開等」に係る金額、「上場」に係る金額又は「未公開」に係る金額の順に行うのであるから留意する。