66の4の3(9)−1 措置法第66条の4の3第1項に規定する「当該内部取引は、独立企業間価格によるものとする」とは、外国法人の本店等とその恒久的施設との間の内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格と異なることにより、当該外国法人の当該事業年度の恒久的施設帰属所得（法第141条第1号イに掲げる国内源泉所得をいう。以下同じ。）に係る所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額が過少となる場合にはその差額を当該事業年度の益金の額に算入し、損金の額に算入すべき金額が過大となる場合にはその差額を当該事業年度の損金の額に算入しないことをいうことに留意する。(平26年課法2−9「三」により追加、令元年課法2-10「三十九」により改正)
(注) この差額の調整が、寄附金の損金算入限度額、外国税額の控除限度額等に影響を及ぼす場合には、それらについても再計算することに留意する。
66の4の3(9)−2 恒久的施設がその本店等から支払を受けることとされる内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格を超える場合又は当該本店等に支払うこととされる内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格に満たない場合における独立企業間価格との差額については、恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算上、確定申告書等において減額できないことに留意する。(平26年課法2−9「三」により追加、令元年課法2-10「三十九」により改正)
66の4の3(9)−3 内部取引に該当する資産の移転につき、恒久的施設がその本店等に支払うこととされる当該内部取引の対価の額とした額が独立企業間価格を超える場合において、当該対価の額とした額と独立企業間価格との差額の全部又は一部に相当する金額が当該事業年度終了の日において当該恒久的施設に帰せられる当該資産の取得価額に算入されているため当該事業年度の恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算上損金の額に算入されていないときは、その損金の額に算入されていない部分の金額に相当する金額を当該資産の取得価額から減額することができる。(平26年課法2−9「三」により追加、令元年課法2-10「三十九」により改正)
(注) この取扱いにより減価償却資産の取得価額を減額した場合には、その減額した後の金額を基礎として各事業年度の償却限度額を計算することに留意する。