66の4の3(4)−1 措置法令第39条の12の3第1項において読み替えて準用される措置法令第39条の12第8項第1号に掲げる方法（以下「利益分割法」という。）は、同号イからハまでに掲げるいずれかの方法によって、内部取引に係る棚卸資産の販売等により恒久的施設及びその本店等に生じた所得（以下「分割対象利益等」といい、原則として、当該恒久的施設に係る営業利益又は営業損失に当該本店等に係る営業利益又は営業損失を加算した金額を用いるものとする。）を当該恒久的施設及び当該本店等に配分することにより独立企業間価格を算定する方法をいうことに留意する。(平26年課法2−9「三」により追加)
66の4の3(4)−2 利益分割法の適用に当たり、分割対象利益等又は措置法令第39条の12の3第1項において読み替えて準用される措置法令第39条の12第8項第1号ハ(2)に規定する残余利益等（以下「残余利益等」という。）の配分に用いる要因が複数ある場合には、それぞれの要因が分割対象利益等又は残余利益等の発生に寄与した程度に応じて、合理的に計算するものとする。(平26年課法2−9「三」により追加)
66の4の3(4)−3 利益分割法の適用に当たり、内部取引に係る本店等の営業利益等を換算する際に用いる外国為替の売買相場については、基本通達13の2−1−8の取扱いを準用する。(平26年課法2−9「三」により追加)
66の4の3(4)−4 残余利益分割法の適用に当たり、基本的利益とは、66の4の3(2)−1の(5)に掲げる取引に基づき算定される独自の機能を果たさない非関連者間取引において得られる所得をいうのであるから、分割対象利益等と恒久的施設及びその本店等に係る基本的利益の合計額との差額である残余利益等は、原則として、内部取引に係る棚卸資産の販売等において、当該恒久的施設及び当該本店等が独自の機能を果たすことにより当該恒久的施設及び当該本店等に生じた所得となることに留意する。
また、残余利益等を恒久的施設及びその本店等で配分するに当たっては、その配分に用いる要因として、例えば、当該恒久的施設及び当該本店等が無形資産（重要な価値のあるものに限る。以下66の4の3(4)-4において同じ。）を用いることにより独自の機能を果たしている場合には、当該無形資産による寄与の程度を推測するに足りるものとして、当該恒久的施設及び当該本店等に帰せられる無形資産の価額、当該無形資産の開発のために支出した費用の額等を用いることができることに留意する。(平26年課法2−9「三」により追加、令元年課法2-10「三十九」により改正)