68の44−1 措置法第68条の44第１項の規定は、連結法人が同項に規定する株式等（以下「株式等」という。）の同項に規定する取得（以下「取得」という。）後、その取得の日を含む連結事業年度終了の日までの間、同項に規定する中小連結法人（以下「中小連結法人」という。）である場合でなければ適用がないことに留意する。（令３年課法2-31「六」により追加）
(注) 当該連結事業年度後の連結事業年度においては、中小連結法人でなくなった場合においても、他の要件を満たす限り、同項の中小企業事業再編投資損失準備金を取り崩す必要はない。
68の44−2 連結法人が、各連結事業年度において措置法第68条の44第１項に規定する特定法人（以下「特定法人」という。）の株式等の帳簿価額を減額した場合において、当該特定法人の株式等が同項に規定する特定株式等（以下「特定株式等」という。）とその他の株式等から成っているときは、当該連結事業年度に取得した特定株式等に係る帳簿価額を減額した金額は、次により計算した金額によるものとする。（令３年課法2-31「六」により追加）
(1) 帳簿価額を減額した日に有する特定法人の株式等のその減額後の平均単価（当該株式等の帳簿価額を当該株式等の数で除して計算した金額をいう。以下同じ。）が特定株式等に係る取得単価以上である場合には、当該特定株式等に係る帳簿価額を減額した金額はないものとする。
(2) 帳簿価額を減額した日に有する特定法人の株式等の当該減額後の平均単価が特定株式等に係る取得単価に満たない場合には、その満たない金額に当該特定株式等の数を乗じて計算した金額（当該金額が当該特定法人の株式等に係る帳簿価額を減額した金額を超えるときは、当該帳簿価額を減額した金額）を特定株式等に係る帳簿価額を減額した金額とする。
68の44−3 連結法人が中小企業事業再編投資損失準備金への積立てを２以上の特定法人の株式等について行っている場合には、当該準備金の金額は、それぞれの特定法人について設けられているのであるから、措置法第68条の44第２項又は第３項（第６号を除く。）の規定による益金算入額は各特定法人ごとに計算することに留意する。（令３年課法2-31「六」により追加）
68の44−4 連結法人が、中小企業事業再編投資損失準備金に係る特定法人の株式等の帳簿価額を減額するとともに、その中小企業事業再編投資損失準備金の金額を取り崩した場合において、当該特定法人の株式等のその減額をした後の帳簿価額が時価を下回る等のため損金の額に算入されない部分の金額があることによりその取り崩した金額が措置法第68条の44第３項の規定により取り崩して益金の額に算入すべき金額を超えるときは、その超える部分の金額は取崩しがなかったものとし、当該金額に相当する法人計算外の中小企業事業再編投資損失準備金の金額があるものとして取り扱う。（令３年課法2-31「六」により追加）
68の44−5 連結法人が、当該連結事業年度前の連結事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度）から引き続き有している特定法人の株式等について帳簿価額を減額した場合には、当該株式等のうちに中小企業事業再編投資損失準備金の設定の基礎としなかった株式等があるときにおいても、その減額した日における中小企業事業再編投資損失準備金の金額のうちその減額した金額に達するまでの金額は、措置法第68条の44第３項第５号の規定により益金の額に算入しなければならないことに留意する。（令３年課法2-31「六」により追加）
68の44−6 措置法第68条の44第４項の規定により同条第１項の規定の適用がない同条第４項第１号及び第２号に掲げる連結法人は、同条第１項の規定を適用しようとする連結事業年度において合併以外の事由により解散した連結法人に限られることに留意する。したがって、連結子法人の解散（合併による解散を除く。）の日を含む連結事業年度においては、当該連結子法人及び同条第４項第３号に掲げる清算中の連結子法人以外の連結法人は、同条第１項の規定の適用を受けることができる。（令３年課法2-31「六」により追加）