第46条 削除（平27課消3‐68）
第47条 平成元年3月31日以前に製造場から移出され、又は保税地域から引き取られた製造たばこが、平成元年4月1日以降に製造場に戻し入れられた場合等には、所得税法等の一部を改正する法律（昭和63年法律第109号。以下「改正法」という。）附則第51条《戻入れ等に係る経過措置》の規定により、法第16条第1項、第3項及び第5項《戻入れの場合のたばこ税の控除等》の規定が適用されるのであるから留意する。
なお、平成元年1月21日付間消1‐2ほか1課共同「消費税の導入に伴う物品税等の課税済流通在庫品に対する税負担調整措置について」通達により、税負担調整措置を受けた、又は受けることの明らかな製造たばこ（第49条において「税負担調整済製造たばこ」という。）については、この限りでない。（平元間消1‐13改正）
第48条 改正法による改正前のたばこ消費税法第23条《保全担保》の規定により提供されたたばこ消費税に係る保全担保は、改正法附則第52条《担保に係る経過措置》の規定によりたばこ税に係る担保とみなされるが、たばこ消費税法第22条第1項又は第2項《納期限の延長》の規定により提供されたたばこ消費税に係る納期限の延長担保は、たばこ税に係る担保とはみなされないのであるから留意する。
したがって、平成元年4月1日以降に製造場から移出され、又は保税地域から引き取られる製造たばこについて、納期限の延長を受けようとする場合には、たばこ消費税に係る納期限の延長担保として根担保を提供しているときであっても、新たにたばこ税としての納期限の延長担保を提供する必要がある。
なお、平成元年3月31日以前に製造場から移出され、又は保税地域から引き取られた製造たばこについての納期限の延長担保は、当該延長に係るたばこ消費税が完納された場合には、直ちに解除するのであるから留意する。（平元間消1‐13改正）
第49条 平成元年3月31日以前に製造場から移出され、又は保税地域から引き取られたたばこ消費税が課せられた製造たばこ（税負担調整済製造たばこを除く。）が、平成元年4月1日以降に災害減免法第1条《目的》に規定する災害により亡失し、滅失し、又はその本来の用途に供することができない状態になった場合には、改正法附則第86条《災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の一部改正に伴う経過措置》の規定により、たばこ税が課せられたものとみなされ、災害減免法第7条《控除》の規定が適用されるのであるから留意する。（平元間消1‐13改正）
第50条 削除（平元間消1‐13改正）
附則
この法令解釈通達による改正前の第46条《軽減税率が適用される製造たばこの取扱い》は、当分の間、なおその効力を有するものとして取り扱う。この場合において、同条中「法附則第２条《税率に係る経過措置》の規定により軽減税率が適用される」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成27年法律第９号）附則第49条《たばこ税法の一部改正に伴う一般的経過措置》から第52条《たばこ税に係る手持品課税》までに規定する」と読み替えるものとする。（平27課消3-68追加）