20−1−1 租特法第86条の5第1項《納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例》に規定する被災事業者とは、特定非常災害の被災者である事業者をいうのであるから、例えば、次に掲げる事業者は被災事業者に該当することとなる。（平29課消2-5により追加）
(1) その特定非常災害に係る通則法令第3条第1項又は第3項《災害等による期限の延長》の規定の適用を受けた事業者
(2) (1)に掲げる事業者以外の事業者で、その特定非常災害に係る通則法令第3条第1項に基づく国税庁長官の指定した地域（以下20−1−1において｢指定地域｣という。）以外の地域に納税地を有する事業者のうち、指定地域内に所在する支店等が当該特定非常災害により被災した事業者
20−1−2 租特法第86条の5第1項《納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例》に規定する指定日（以下この章において「指定日」という。）とは、通則法令第3条第1項から第3項まで《災害等による期限の延長》の規定に基づき指定される期日とは別に、国税庁長官がその特定非常災害の状況及び当該特定非常災害に係る通則法第11条の規定による申告に関する期限の延長の状況を勘案して定める日をいうのであるから留意する。（平29課消2-5により追加）
20−1−3 通則法第11条《災害等による期限の延長》の規定の適用を受けた者でない被災事業者が、租特法第86条の5第4項、第5項又は第6項《納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例》の規定の適用を受けようとする場合には、次に掲げる場合の区分に応じ、次に掲げる日までに、それぞれ同条第4項括弧書、第5項括弧書又は第6項括弧書に規定する届出書を納税地を所轄する税務署長へ提出する必要があることに留意する。（平29課消2-5により追加、令2課消2-9により改正）
(1) 新設法人（法第12条の2第1項《新設法人の納税義務の免除の特例》に規定する新設法人をいう。以下20−1−4において同じ。）又は特定新規設立法人（法第12条の3第1項《特定新規設立法人の納税義務の免除の特例》に規定する特定新規設立法人をいう。以下20−1−4において同じ。）が被災事業者となった場合 当該新設法人又は当該特定新規設立法人の基準期間がない事業年度のうち最後の事業年度終了の日と指定日とのいずれか遅い日
(2) 被災事業者が、被災日（事業者が被災事業者となった日をいう。以下20−1−3において同じ。）前又は被災日から指定日以後2年を経過する日の属する課税期間の末日までの間に、法第12条の4第1項《高額特定資産を取得した場合等の納税義務の免除の特例》に規定する高額特定資産の仕入れ等を行った場合に該当していた又は該当することとなった場合 当該該当していた又は該当することとなった場合における高額特定資産の仕入れ等の日（同項各号に掲げる区分に応じ当該各号に定める日をいう。）の属する課税期間の末日と指定日とのいずれか遅い日
(3) 被災事業者が、被災日前又は被災日から指定日以後2年を経過する日の属する課税期間の末日までの間に、租特法第86条の5第6項《納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例》に規定する高額特定資産等に係る棚卸資産の調整を受けることとなった場合に該当することとなった場合 当該調整を受けることとなった場合に該当することとなった日の属する課税期間の末日と指定日とのいずれか遅い日
20−1−4 被災事業者のうち通則法第11条《災害等による期限の延長》の規定の適用を受けた新設法人若しくは特定新規設立法人又は租特法第86条の5第4項《納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例》に規定する届出書を同項括弧書に規定する日までに提出した新設法人若しくは特定新規設立法人は、同項の規定により法第12条の2第2項《新設法人の納税義務の免除の特例》又は法第12条の3第3項《特定新規設立法人の納税義務の免除の特例》の規定が適用されないこととなる。
したがって、これら新設法人又は特定新規設立法人の基準期間ができた以後の課税期間における納税義務の有無の判定は、法第9条第1項《小規模事業者に係る納税義務の免除》又は法第9条の2第1項《前年又は前事業年度等における課税売上高による納税義務の免除の特例》の規定によることとなるのであるから留意する。（平29課消2-5により追加）
(注) 当該新設法人又は当該特定新規設立法人が、合併又は分割等により設立された法人である場合には、基準期間ができた以後の課税期間における納税義務の有無の判定は、法第9条第1項又は法第9条の2第1項の規定によるほか法第11条《合併があった場合の納税義務の免除の特例》又は法第12条《分割等があった場合の納税義務の免除の特例》の規定によることとなる。
20−1−5 租特法第86条の5第1項、第3項、第10項、第12項及び第13項《納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例》の規定の適用を受けようとする事業者に係るこれらの項に規定する届出書については、法第9条第4項《課税事業者の選択》及び法第37条第1項《中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例》の規定の適用を受け又は適用を受けることをやめようとする開始課税期間を所定の欄に明記するとともに、届出書の参考事項欄又は余白に「特定非常災害の被災事業者である」旨を記載するものとする。（令2課消2-9により改正）